计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

210

帖子

0

威望

564

eV
积分
774

Level 4 (黑子)

2641#
发表于 Post on 2023-12-25 23:43:43 | 只看该作者 Only view this author
我刚开始用orca,不知道orca里面有没有像g16里面的opt=addgic这样的功能。我在orca504版手册里看了限制性优化的章节,但是没有发现类似addgic的功能。

请问orca里面怎么做复合分子的两个部分的对称中心之间的距离扫描?

218

帖子

2

威望

2033

eV
积分
2291

Level 5 (御坂)

2642#
发表于 Post on 2023-12-25 23:46:40 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2023-12-25 23:43
我刚开始用orca,不知道orca里面有没有像g16里面的opt=addgic这样的功能。我在orca504版手册里看了限制性优 ...

用gaussian和orca联用的方法

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2643#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-26 02:22:22 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2023-12-25 23:43
我刚开始用orca,不知道orca里面有没有像g16里面的opt=addgic这样的功能。我在orca504版手册里看了限制性优 ...

没有

可联用实现
将Gaussian与ORCA联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/422http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

210

帖子

0

威望

564

eV
积分
774

Level 4 (黑子)

2644#
发表于 Post on 2023-12-26 11:29:41 | 只看该作者 Only view this author
ionexchangeC 发表于 2023-12-25 23:46
用gaussian和orca联用的方法

我研究一下,谢谢!

210

帖子

0

威望

564

eV
积分
774

Level 4 (黑子)

2645#
发表于 Post on 2023-12-26 11:34:48 | 只看该作者 Only view this author

谢谢社长!我大概看懂了orca.sh的联用脚本的内容,准备试下。

458

帖子

0

威望

1713

eV
积分
2171

Level 5 (御坂)

2646#
发表于 Post on 2023-12-26 14:58:32 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问ORCA可以计算考虑HT效应的自旋-轨道耦合常数(SOC)吗?我看手册的DOHT关键字都是应用在了ESD模块,但是SOC是在TD模块里应用的,所以不太清楚ORCA是否可以在计算SOC时考虑HT效应。如果不可以的话,市面上哪个软件有这个功能呢?

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

2647#
发表于 Post on 2023-12-26 15:37:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 护卫天使 于 2023-12-27 10:46 编辑

老师好,我想计算图中标绿色的键的键能。优化好了该 中性 复合物的结构。从复合物中提取了片段的结构,计算单点能时,电荷和自选多重度分别该如何设置?用什么理论基组比较好?

202312271046371318..png (199.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

202312271046371318..png

210

帖子

0

威望

564

eV
积分
774

Level 4 (黑子)

2648#
发表于 Post on 2023-12-26 20:54:53 | 只看该作者 Only view this author

我改了orca.sh中调用orca的路径,然后提交example中的TS.gjf,生成的TS.out文件报错 Failed to open output file from external program

我确认orca路径是对的,而且orca能成功单独运行。

我也试了在orca.sh里面加export orca=orca504/orca  还是同样的报错。

请问怎样解决报错?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2649#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 01:24:01 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2023-12-26 15:37
老师好,我想计算图中标绿色的键的键能。优化好了该 中性 复合物的结构。从复合物中提取了片段的结构,计算 ...

没看到图
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2650#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 01:25:07 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2023-12-26 20:54
我改了orca.sh中调用orca的路径,然后提交example中的TS.gjf,生成的TS.out文件报错 Failed to open outp ...

怎么使用脚本在博文里已经说得足够清楚了
这种事远程没法准确解答
搞清楚脚本运行原理,结合实际情况进行调试,早晚能弄清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

178

帖子

0

威望

737

eV
积分
915

Level 4 (黑子)

2651#
发表于 Post on 2023-12-27 10:47:38 | 只看该作者 Only view this author

不好意思,老师,耽误了您一点时间。图片已经重新上传了。

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

2652#
发表于 Post on 2023-12-27 11:05:56 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对图示结构,我想要寻找红色标注的C-C键断裂形成双自由基的过渡态,反应物和双自由基产物都可以优化出来,但是一直找不到过渡态。反应物C-C键扫描曲线也没有找到拐点,扫描任务设置为#p um062x/6-311g(d,p) guess(mix,always) opt=modredundant nosymm。请问这是什么原因呢?谢谢老师

202312271102351632..png (3.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202312271102351632..png

202312271104228204..png (25.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

反应物C-C键扫描曲线

反应物C-C键扫描曲线

218

帖子

2

威望

2033

eV
积分
2291

Level 5 (御坂)

2653#
发表于 Post on 2023-12-27 14:24:31 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-12-27 11:05
请教各位老师,对图示结构,我想要寻找红色标注的C-C键断裂形成双自由基的过渡态,反应物和双自由基产物都 ...

检查一下键长较长时是否真的得到了自旋极化单重态的波函数,另外注意双自由基体系基态可能是三重态的

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

2654#
发表于 Post on 2023-12-27 15:24:29 | 只看该作者 Only view this author
ionexchangeC 发表于 2023-12-27 14:24
检查一下键长较长时是否真的得到了自旋极化单重态的波函数,另外注意双自由基体系基态可能是三重态的

您好,构造初猜波函数的时候使用了stable=opt,得到的双自由基结构<S**2>= 0.9968,这样应该就可以说明是自旋极化单重态波函数吧?

210

帖子

0

威望

564

eV
积分
774

Level 4 (黑子)

2655#
发表于 Post on 2023-12-27 15:34:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-27 01:25
怎么使用脚本在博文里已经说得足够清楚了
这种事远程没法准确解答
搞清楚脚本运行原理,结合实际情况进 ...

我把所有文件改了权限后,就能跑了。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 17:43 , Processed in 0.453947 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list