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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-2-3 20:53:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-3 15:17
没有。那是不标准的写法。怀疑这点的话你去看基组作者的网站http://tyr0.chem.wsu.edu/~kipeters/basis.h ...

谢谢sob老师!

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2807#
发表于 Post on 2024-2-3 22:08:48 | 只看该作者 Only view this author

请教碘酸的优化

本帖最后由 WSM2020 于 2024-2-4 08:57 编辑

方便帮我解答这个问题吗?我想优化碘酸,查找文献,使用的是混合机组的方法。可惜的是我不知道怎么实现。下面是文献中优化碘酸的方法。lowest energy conformer were performed at the M06-2X/Basis1 (Basis1 presents 6-31++G(d,p) for H and O atoms and aug-cc-pVTZ-PP with ECP28for I atoms46) level of theory.
下面是我写的优化命令

%chk=HIO3.chk
%nprocshared=40
%mem=50GB
#p m062x/gen     opt   Freq

Title Card Required

0 1      
I          -0.097221     0.004930    -0.243095
O          -0.843163     -1.345650   0.628433
O          -0.527112     1.503114    0.602173
O          1.779550      -0.182280   0.231752
H          1.878526      -0.062776   1.185167  

O 0
6-31g(d,p)
****
H 0
6-31g(d,p)
****
I 0
aug-cc-pVTZ-PP with ECP28
****

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-4 04:57:49 | 只看该作者 Only view this author
WSM2020 发表于 2024-2-3 22:08
各位王子公主吗,方便帮我解答这个问题吗?我想优化碘酸,查找文献,使用的是混合机组的方法。可惜的是我不 ...

本论坛是正经讨论学术的地方,没人用王子公主这种称呼

文献的做法不是优先选择,不要效仿。直接写m062x/def2TZVP opt Freq就完了

仔细把此文看了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-2-4 08:56:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 WSM2020 于 2024-2-4 10:17 编辑
sobereva 发表于 2024-2-4 04:57
本论坛是正经讨论学术的地方,没人用王子公主这种称呼

文献的做法不是优先选择,不要效仿。直接写m062 ...

称呼不妥,是在抱歉。感谢sob老师的教诲,我使用的是wb97xd/DEF2TZVP,能量计算wb97xd/DEF2QZVP,做的是碘酸和亚碘酸形成团簇在263k的吉布斯自由能变化值。和文献中相差3kcal/mol,文献中-18.29,我做出来是-14.92.我再找其他含碘酸的体系,验证一下哈。

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发表于 Post on 2024-2-4 14:23:35 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian计算报错原子离太近了怎么解决

我的3D结构是通过ChemDraw中化合物的CAS自动生成的,然后进行优化时报错2070,查看.out发现提示说原子距离太近了。

202402041423043676..png (58.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

输出文件

输出文件

202402041422303583..png (12.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2024-2-4 14:27:00 | 只看该作者 Only view this author
用gview画结构呗

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发表于 Post on 2024-2-4 15:01:05 | 只看该作者 Only view this author
可以尝试拿orca结构优化一下,再放回Gaussian里跑。我在orca里跑过靠得很近的dimer的结构优化。不行的话只能稍微再拉开一点了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-5 03:54:01 | 只看该作者 Only view this author
yang5211314 发表于 2024-2-4 14:23
我的3D结构是通过ChemDraw中化合物的CAS自动生成的,然后进行优化时报错2070,查看.out发现提示说原子距离 ...

gview打开gjf文件,看清楚100和54号原子在哪,恰当调节结构避免出现过近接触,重新保存gjf就完了
甭用6-31G,即便做预优化也无意义
谈谈量子化学中基组的选择
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发表于 Post on 2024-2-7 16:15:54 | 只看该作者 Only view this author
各位老师大家好,我阅读了一篇金属配合物TADF研究的文献,计算部分提到基态和激发态的几何优化是通过CAM-B3LYP计算的,然后进一步使用PBE0对单点能进行了计算,切换泛函的理由是PBE0对于这一类金属配合物的激发态能量更准并引用了文献(但文献都是直接采用PBE0进行计算的,也没有做泛函的比较),这样的说法是合适的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-7 17:02:33 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-2-7 16:15
各位老师大家好,我阅读了一篇金属配合物TADF研究的文献,计算部分提到基态和激发态的几何优化是通过CAM-B3 ...

这种泛函的切换显得有点莫名其妙,还不如优化也用PBE0
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发表于 Post on 2024-2-8 20:22:13 | 只看该作者 Only view this author

如何利用doml3得到优化后的坐标和电荷

学习了如何利用doml3优化原子结构,不知道坐标和电荷这么做,感谢指点

Screenshot_20240208_201334_edit_261853853833182.jpg (279.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

Screenshot_20240208_201334_edit_261853853833182.jpg

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-8 20:29:18 | 只看该作者 Only view this author
huoling 发表于 2024-2-8 20:22
学习了如何利用doml3优化原子结构,不知道坐标和电荷这么做,感谢指点

没有叫doml3的东西

为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
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发表于 Post on 2024-2-12 10:11:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Priscilla 于 2024-2-12 10:21 编辑

请问老师,高斯监控scf收敛过程提示的DIIS eror,这个是什么参数,是错误吗?

0820-20-31-2-100K_auto_2.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-12 17:44:45 | 只看该作者 Only view this author
Priscilla 发表于 2024-2-12 10:11
请问老师,高斯监控scf收敛过程提示的DIIS eror,这个是什么参数,是错误吗?
那叫error
DIIS误差,搞懂DIIS算法原理自然知道指的是什么
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发表于 Post on 2024-2-13 20:26:10 | 只看该作者 Only view this author

使用gaussian做了一个67原子的opt练习,得到E结果与目标结果不符,不知该如何修正。

本帖最后由 翟yingxin123 于 2024-2-13 21:05 编辑

得到E结果与目标结果不符,不知该如何修正。在此希望有老师或者同学们教受指点一下。opt-1.gjf和log的截图,是我在做的计算结果图,用的opt b3lyp/sto-3g,
得SCF Done:  E(RB3LYP) =  -4297.13795916     A.U. after   15 cycles         NFock= 15  Conv=0.96D-08     -V/T= 2.0132
附有一张原子图。和该图的坐标图,图中有E值(坐标图不全,可以查看输入文件)是目标文件。


屏幕截图 2024-02-13 203825.png (66.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

屏幕截图 2024-02-13 203825.png

QQ图片20240213201442.png (171.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

QQ图片20240213201442.png

HS-001.jpg (45.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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屏幕截图 2024-02-13 201807.png (91.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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opt-1.gjf

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