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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-1-22 21:13:16 | 只看该作者 Only view this author

OCAR问题求教

我在使用ORCA时遇到一个这样的问题: 456 C     6.0000    0    12.011   18.764287    7.756947   24.525663
457 H     1.0000    0     1.008   18.756929    7.666084   18.126437
458 C     6.0000    0    12.011   10.119777   15.444540   22.223937
459 C     6.0000    0    12.011   13.047848   12.740773   19.725326
460 C     6.0000    0    12.011   14.927145   10.911672   19.687083
461 H     1.0000    0     1.008   10.110284   15.130501   26.294335
462 C     6.0000    0    12.011   17.760873    8.009606   22.072412
463 H     1.0000    0     1.008   17.529300    7.908335   26.147074
464 C     6.0000    0    12.011   11.370242   12.966341   21.780138
465 C     6.0000    0    12.011   15.240224    9.201405   21.702327
466 C     6.0000    0    12.011   11.431494   11.011554   23.589344
467 C     6.0000    0    12.011   13.320727    9.173142   23.551636
468 H     1.0000    0     1.008   10.069416   10.994967   25.114961
469 H     1.0000    0     1.008   13.373514    7.779707   25.047943
* core charge reduced due to ECP



           ************************************************************
           *        Program running with 48 parallel MPI-processes    *
           *              working on a common directory               *
           ************************************************************
One Electron integrals                  ... done
Pre-screening matrix                    ... done
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 20 with PID 34504 on node cpu7 exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------
2 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 48  /home/sims-chen/orca_4_2_0_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi CPP6_complex.int.tmp CPP6_complex
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
但是我在运行58个Ag团簇表面吸附苯分子时时正常的,而且成功算出来了,换了一个Au团簇表面吸附C60时候(总的原子数不超过500个),就出了这样问题,麻烦老师指点一下,真的万分感谢!

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发表于 Post on 2024-1-22 21:23:10 | 只看该作者 Only view this author
检查是不是内存不足
另外ORCA 5.0已经发布很长时间了,不建议再用4.2.0这种老版本了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-22 21:41:10 | 只看该作者 Only view this author
12237034 发表于 2024-1-22 21:13
我在使用ORCA时遇到一个这样的问题: 456 C     6.0000    0    12.011   18.764287    7.756947   24.5256 ...

近500原子体系对于DFT计算来说已经是相当大的体系了,内存不够很容易导致这种问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-23 03:26:52 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2024-1-22 15:58
大家好,我用高斯计算过渡态的时候,遇到了一些问题想跟大家请教下。想找一个过渡态的结构是64 66断键,66  ...

这种一堆图一堆字还有附件的问题不属于“简单量子化学问题”,应当单独发主贴,这样会有更多人看到、有更大概率得到回复
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发表于 Post on 2024-1-23 09:58:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 for_you 于 2024-1-23 10:04 编辑

老师,学生在找一个BP86泛函下的过渡态时没找到(报错SCF不收敛),随后换成B3LYP泛函时找到了想要的过渡态。学生目前想用guess=read读取B3LYP下收敛的波函数作为初猜去找BP86泛函下的过渡态;
然后学生有了点新想法,就是能否同时加上readfc和geom=allcheck去读取B3LYP下的.chk文件,也就是%oldchk=B3LYP-ts.chk # BP86/genecp opt=(ts,readfc) freq guess=read geom=allcheck,请问老师这样去找BP86下的过渡态是否可行呢?
学生查到geom=allcheck的作用是读取上一步的Title Card行、电荷、自旋多重度和坐标。学生还想请教一下,使用了geom=allcheck后会不会把上一步的B3LYP-ts的# B3LYP/genecp opt=(calcfc,ts) freq信息也都读取了呢?


道友请留步

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发表于 Post on 2024-1-23 11:17:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-23 03:26
这种一堆图一堆字还有附件的问题不属于“简单量子化学问题”,应当单独发主贴,这样会有更多人看到、有更 ...

好的老师,我下次注意。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-23 19:52:33 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-1-23 09:58
老师,学生在找一个BP86泛函下的过渡态时没找到(报错SCF不收敛),随后换成B3LYP泛函时找到了想要的过渡态。 ...

你不如先说清楚为什么非要用BP86。目前没什么理由用BP86找过渡态,对有机反应不适合,对金属有机反应还不如用通常更好收敛的PBE0-D3(BJ)
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发表于 Post on 2024-1-23 20:59:24 | 只看该作者 Only view this author

求助:结构优化结果原子之间相距很近

如图所示,在对铬酸与硫酸盐酸等发生脱水反应的产物进行结构优化时,发现优化结果中原子距离极近,但计算过程中没有报错,泛函与基组为B3LYP/6-31G*,Cr赝势用的是SDD,不知问题出在哪里,希望各位老师能指点一二

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HOCrO2_Cl.png

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HOCrO2_ONO2.png

HOCrO2_OSO3H.png (57.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 59)

HOCrO2_OSO3H.png

HOCrO2_OSO3H_opt_B3LYP_genecp_SDD_631gd_scrf.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-23 21:10:29 | 只看该作者 Only view this author
Mr.zhen 发表于 2024-1-23 20:59
如图所示,在对铬酸与硫酸盐酸等发生脱水反应的产物进行结构优化时,发现优化结果中原子距离极近,但计算过 ...

没给S定义基组
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发表于 Post on 2024-1-24 00:08:34 | 只看该作者 Only view this author
请问有色物质的UV-vis光谱在可见光波长范围内一定会有吸收峰吗?
参照sob老师的文章“使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图”http://sobereva.com/224计算并绘制了铬酸的UV-vis光谱,结果如图,发现基本在可见光范围之外,这种情况是正常的吗?计算关键词“#p td(nstates=500) b3lyp/genecp scrf”,其中Cr用SDD赝势,H、O用6-31G*,希望各位老师能指点一二

202401240007286896..png (162.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

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发表于 Post on 2024-1-24 01:06:00 | 只看该作者 Only view this author
Mr.zhen 发表于 2024-1-23 17:08
请问有色物质的UV-vis光谱在可见光波长范围内一定会有吸收峰吗?
参照sob老师的文章“使用Multiwfn绘制红 ...

一定有吸收,但未必有吸收峰,紫外区有一个峰、峰尾拖到可见区,也是很正常的现象。
如果想知道峰尾具体拖多远,建议做振动分辨光谱
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2024-1-24 10:28:45 | 只看该作者 Only view this author
老师好,想请教一个问题。
为了比较A与C、B与C的相互作用能,
其中,A是有机溶剂,B是离子液体,C是有机溶剂;
我使用了molclus程序对AC,BC进行了构型搜索,确定了稳定构型。

其中对AC构型优化的时候在B3LYP-D3(BJ)/6-311G(d,p)级别下进行,
在对BC构型优化的时候泛函用B3LYP-D3(BJ),基组采用混合基组,
离子液体部分用6-311+G(d,p),有机溶剂用6-311G(d,p)

最后在M06-2X-D3/ma-TZVP级别下计算AC、BC的相互作用能。

请问老师,这样比较最后的相互作用能大小可以吗?
谢谢老师

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发表于 Post on 2024-1-24 13:43:59 | 只看该作者 Only view this author
Mr.zhen 发表于 2024-1-24 00:08
请问有色物质的UV-vis光谱在可见光波长范围内一定会有吸收峰吗?
参照sob老师的文章“使用Multiwfn绘制红 ...

另外,铬酸显色的原理是电荷转移激发,B3LYP可能不足以合理描述

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发表于 Post on 2024-1-24 20:53:53 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2024-1-24 03:28
老师好,想请教一个问题。
为了比较A与C、B与C的相互作用能,
其中,A是有机溶剂,B是离子液体,C是有机 ...

可以,因为每个原子在所有计算里用的基组都是统一的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-1-24 21:31:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-23 19:52
你不如先说清楚为什么非要用BP86。目前没什么理由用BP86找过渡态,对有机反应不适合,对金属有机反应还不 ...

学生目前正在计算的一个体系,是包涵金属钴以及C H O N原子在50个原子左右。实验组在得到钴催化剂的晶体结构后,只是对催化剂的结构进行了计算,发现使用BP86泛函的结构优化后的结果与实验中测得的催化剂键长、键角最接近,并且使用其他泛函(已经使用过B3LYP以及PBE1PBE了)计算出的结果也与实验结果不符,因此导师那边要求使用BP86泛函。所以学生在BP86泛函下有几个过渡态找不到时,想用B3LYP先得出一个过渡态,再去拿BP86读取上一个B3LYP结构的波函数。
道友请留步

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