简单量子化学问题答疑专帖

giamhgle

sobereva 发表于 2024-2-18 12:49
带着隐式溶剂模型优化

谢谢sob老师！

lulu顺利毕业

低自旋态，高自旋态，基态，单重态。这几个概念总是不太清晰，读文献也没太明白。希望各位老师多多指教，这些概念之间的含义或者有关的文献，书籍等等。

sobereva

lulu顺利毕业 发表于 2024-2-19 11:39
低自旋态，高自旋态，基态，单重态。这几个概念总是不太清晰，读文献也没太明白。希望各位老师多多指教，这 ...

低自旋、高自旋看无机化学书关于过渡金属配合物部分便知

能量最低的电子态是基态，更高的是激发态

自旋多重度为1的电子态是单重态

这些我在北京科音初级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html）里讲授理论计算的背景知识的过程中也都专门讲了

Yi丢丢

我想请教一下，寻找一个铁配位的卡宾与烯烃的反应，机理是自由基机理，自旋度为2和4的都找到了，但是自旋度为6的输出文件中卡宾碳总是和配体氮有一个振动，我先后调整了键长键角数据，发现它还是与配体氮之间有振动。采用的计算方法是
%nprocshared=64%mem=96GB
#p opt=(calcfc,ts,noeigen,maxstep=5,notrust) freq ub3lyp/genecp
scrf=(smd,solvent=tetrahydrofuran)
是我的数据调整得有问题吗 如果有应该怎么调整改进呢

sobereva

Yi丢丢 发表于 2024-2-22 15:50
我想请教一下，寻找一个铁配位的卡宾与烯烃的反应，机理是自由基机理，自旋度为2和4的都找到了，但是自旋度 ...

这种体系计算应带上D3校正，最好用PBE0-D3(BJ)
不是每个自旋态都必定有期望的特征的过渡态。而且当前虚频本身也没什么必然问题，可以跑IRC考察对应什么反应过程

Yi丢丢

sobereva 发表于 2024-2-22 20:58
这种体系计算应带上D3校正，最好用PBE0-D3(BJ)
不是每个自旋态都必定有期望的特征的过渡态。而且当前虚 ...

好的，谢谢老师，IRC已经跑过了，产物是想要的，但是前体卡宾碳和配体氮之间成键了（预想二者是不成键的），是不是说明这个过渡态找的不正确呢？
同时，我也在B3LYP这个方法上加了D3校正项进行尝试，数据没有跑完，但是观察中途数据，发现配体氮与卡宾碳之间大概率可能存在一个振动，
我尝试用老师给的方法算一下看看。

wzkchem5

Yi丢丢 发表于 2024-2-23 07:33
好的，谢谢老师，IRC已经跑过了，产物是想要的，但是前体卡宾碳和配体氮之间成键了（预想二者是不成键的 ...

你预想的两者不成键，是预想当前自旋多重度下不成键，还是预想能量最低的自旋多重度下不成键？如果当前自旋多重度不是能量最低的自旋多重度，反应模式很可能和化学直觉有差异。
另外“存在一个振动”是错误的说法，正确说法是存在一个虚频。不是虚频的振动也是振动

Yi丢丢

wzkchem5 发表于 2024-2-23 17:11
你预想的两者不成键，是预想当前自旋多重度下不成键，还是预想能量最低的自旋多重度下不成键？如果当前自 ...

之前跑的自旋度为2和4的都是不成键的，找得过渡态虚频振动也只有卡宾碳和反应得碳原子，所以我预测的是当前自旋度为6的也不成键，但虚频振动确是卡宾碳、反应碳和配体氮三者之间存在振动，实际跑IRC配体氮与卡宾碳成键了，所以我不确定这个过渡态是不是找的有问题。
好的，感谢指正，是虚频表达以后会注意的

wzkchem5

Yi丢丢 发表于 2024-2-23 10:50
之前跑的自旋度为2和4的都是不成键的，找得过渡态虚频振动也只有卡宾碳和反应得碳原子，所以我预测的是当 ...

由共振式分析，自旋多重度为6时，确实不应该出现你观察到的虚频振动吗？
光是由自旋多重度2、4来类推是不靠谱的，自旋多重度稍微变一点、反应途径完全不一样，是极其常见的现象

Yi丢丢

wzkchem5 发表于 2024-2-23 18:36
由共振式分析，自旋多重度为6时，确实不应该出现你观察到的虚频振动吗？
光是由自旋多重度2、4来类推是 ...

老师，我这个参考了之前已经发表的文献，根据那个文献上的机理来进行寻找的。
我摆了很多结构，调整键长键角数据，但是最后几乎都跑成了我不想要的那个虚频振动，这是不是说明有可能6的反应途径与2和4是不一样的呢？

wzkchem5

Yi丢丢 发表于 2024-2-23 12:03
老师，我这个参考了之前已经发表的文献，根据那个文献上的机理来进行寻找的。
我摆了很多结构，调整键长 ...

有可能。此外可以跑一下IRC，有的时候虚频振动方向和预期不符，并不代表这个过渡态连接的反应物和产物不对。
考虑四个物种A、B、C、D，在势能面上的一个圆周上面顺时针排列。你要找A到D的过渡态，但是实际反应途径是A先到一个接近B的地方，再拐到C附近，再到D，而过渡态在B和C之间。此时你看虚频就以为这个过渡态是B到C的过渡态，只有跑IRC才能知道其实这个过渡态就是你想要的

Yi丢丢

wzkchem5 发表于 2024-2-23 20:40
有可能。此外可以跑一下IRC，有的时候虚频振动方向和预期不符，并不代表这个过渡态连接的反应物和产物不 ...

好的，好的，谢谢老师

61s

不是学化学的，但是有个分析需要用到Gaussian，找了很多帖子实在找不到正确的解决方法，请各位大神帮忙看看！谢谢谢谢！
输入文件如下：
%mem=60MW
%chk=D:\Gaussian\graphene\cluster test.chk
# opt freq b3lyp/6-31g geom=connectivity graphene test


graphene test


0 1 0 1 0 1
C(Fragment=2)   -1    0.00000000    2.85211033    3.42895000
C(Fragment=2)   -1   -1.23500000    4.99119308    3.42895000
C(Fragment=2)   -1   -2.47000000    7.13027582    3.42895000
C(Fragment=2)   -1   -3.70500000    9.26935857    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    1.23500000    2.13908275    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    0.00000000    4.27816549    3.39500000
C(Fragment=2)   -1   -1.23500000    6.41724824    3.39500000
C(Fragment=2)   -1   -2.47000000    8.55633099    3.39500000
C(Fragment=2)   -1   -3.70500000   10.69541374    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    3.70500000    2.13908275    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    2.47000000    4.27816549    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    1.23500000    6.41724824    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    0.00000000    8.55633099    3.39500000
C(Fragment=2)   -1   -1.23500000   10.69541374    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    6.17500000    2.13908275    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    4.94000000    4.27816549    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    3.70500000    6.41724824    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    2.47000000    8.55633099    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    1.23500000   10.69541374    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    8.64500000    2.13908275    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    7.41000000    4.27816549    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    6.17500000    6.41724824    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    4.94000000    8.55633099    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    3.70500000   10.69541374    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    9.88000000    4.27816549    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    8.64500000    6.41724824    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    7.41000000    8.55633099    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    6.17500000   10.69541374    3.39500000
C(Fragment=2)   -1    2.47000000    2.85211033    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    1.23500000    4.99119308    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    0.00000000    7.13027582    3.42895000
C(Fragment=2)   -1   -1.23500000    9.26935857    3.42895000
C(Fragment=2)   -1   -2.47000000   11.40844132    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    4.94000000    2.85211033    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    3.70500000    4.99119308    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    2.47000000    7.13027582    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    1.23500000    9.26935857    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    0.00000000   11.40844132    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    7.41000000    2.85211033    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    6.17500000    4.99119308    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    4.94000000    7.13027582    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    3.70500000    9.26935857    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    2.47000000   11.40844132    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    9.88000000    2.85211033    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    8.64500000    4.99119308    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    7.41000000    7.13027582    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    6.17500000    9.26935857    3.42895000
C(Fragment=2)   -1    4.94000000   11.40844132    3.42895000
H(Fragment=1)    0   -0.92559857    2.31771574    3.47983918
H(Fragment=1)    0   -2.16059857    4.45679849    3.47983918
H(Fragment=1)    0   -3.39559857    6.59588124    3.47983918
H(Fragment=1)    0   -4.63059857    8.73496399    3.47983918
H(Fragment=1)    0    1.23500000    1.07029358    3.34411082
H(Fragment=1)    0   -4.63059857   11.22980832    3.34411082
H(Fragment=1)    0    3.70500000    1.07029358    3.34411082
H(Fragment=1)    0    6.17500000    1.07029358    3.34411082
H(Fragment=1)    0    8.64500000    1.07029358    3.34411082
H(Fragment=1)    0   10.80559857    4.81256008    3.34411082
H(Fragment=1)    0    9.57059857    6.95164283    3.34411082
H(Fragment=1)    0    8.33559857    9.09072557    3.34411082
H(Fragment=1)    0    7.10059857   11.22980832    3.34411082
H(Fragment=1)    0   -2.47000000   12.47723049    3.47983918
H(Fragment=1)    0    0.00000000   12.47723049    3.47983918
H(Fragment=1)    0    2.47000000   12.47723049    3.47983918
H(Fragment=1)    0   10.80559857    2.31771574    3.47983918
H(Fragment=1)    0    4.94000000   12.47723049    3.47983918


1 5 1.5 6 1.5 49 1.0
2 6 1.5 7 1.5 50 1.0
3 7 1.5 8 1.5 51 1.0
4 8 1.5 9 1.5 52 1.0
5 29 1.5 53 1.0
6 30 1.5
7 31 1.5
8 32 1.5
9 33 1.5 54 1.0
10 29 1.5 34 1.5 55 1.0
11 29 1.5 30 1.5 35 1.5
12 30 1.5 31 1.5 36 1.5
13 31 1.5 32 1.5 37 1.5
14 32 1.5 33 1.5 38 1.5
15 34 1.5 39 1.5 56 1.0
16 34 1.5 35 1.5 40 1.5
17 35 1.5 36 1.5 41 1.5
18 36 1.5 37 1.5 42 1.5
19 37 1.5 38 1.5 43 1.5
20 39 1.5 44 1.5 57 1.0
21 39 1.5 40 1.5 45 1.5
22 40 1.5 41 1.5 46 1.5
23 41 1.5 42 1.5 47 1.5
24 42 1.5 43 1.5 48 1.5
25 44 1.5 45 1.5 58 1.0
26 45 1.5 46 1.5 59 1.0
27 46 1.5 47 1.5 60 1.0
28 47 1.5 48 1.5 61 1.0
29
30
31
32
33 62 1.0
34
35
36
37
38 63 1.0
39
40
41
42
43 64 1.0
44 65 1.0
45
46
47
48 66 1.0
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66

stevenabing

文件命名不用汉字，不放空格，自己上网搜搜看。
cluster test-----》cluster_test

61s

stevenabing 发表于 2024-2-25 10:02
文件命名不用汉字，不放空格，自己上网搜搜看。
cluster test-----》cluster_test

好的谢谢！我试一下！