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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-28 03:03:29 | 只看该作者 Only view this author
Isidore 发表于 2024-1-27 22:22
而且不管是过渡态TS搜寻还是irc总之显示这句话,是因为自洽场错误吗?想请教怎么修改**** Warning!!: The s ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

**** Warning!!: The smallest beta delta epsilon is  0.62784469D-01是完全无害的提示

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-1-30 11:44:59 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我的体系包合物有一个单电子即总电荷为-1,自旋多重度为2,自旋密度图如图显示主要分布在N2(蓝色分子)和H2(白色分子)上,Hirshfeld电荷算出来氮气分子为负,而氢气分子始终为正电荷,请问这矛盾吗?如何理解呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-30 12:18:39 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-1-30 11:44
老师好,我的体系包合物有一个单电子即总电荷为-1,自旋多重度为2,自旋密度图如图显示主要分布在N2(蓝色分 ...

自旋密度和自旋布居才有可比性,而自旋布居和原子电荷并没有直接联系
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发表于 Post on 2024-1-30 14:16:52 | 只看该作者 Only view this author

感谢~发现SAC-CI可以。

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发表于 Post on 2024-1-30 17:29:18 | 只看该作者 Only view this author

计算中溶剂模型在文章中怎么写

老师,在计算过程中我加入关键词scrf=solvent=water,考虑了水对体系的作用,这个是什么溶剂模型呀?在文章中我应该如何呈现呢?

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发表于 Post on 2024-1-30 19:08:10 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-1-30 21:33:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lyy1 于 2024-1-30 21:40 编辑

请问一下老师,我的体系是(CF)60,向内加了一个惰性气体,优化时没加色散校正,现在已经基于此结构进行后续计算分析一大半了。请问老师这种结构需要重新加上色散再优化重新分析吗。

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发表于 Post on 2024-1-30 22:07:05 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2024-1-30 14:33
请问一下老师,我的体系是(CF)60,向内加了一个惰性气体,优化时没加色散校正,现在已经基于此结构进行后续 ...

建议先把加色散校正的结构优化跑上,如果碰巧结构和不加色散校正几乎一样,那就可以继续分析,文章SI里明确提一下你优化了加色散的结构,发现色散校正对这个结构影响不大
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-1-30 22:19:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-1-30 22:07
建议先把加色散校正的结构优化跑上,如果碰巧结构和不加色散校正几乎一样,那就可以继续分析,文章SI里明 ...

收到,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-31 01:42:36 | 只看该作者 Only view this author
Lyy1 发表于 2024-1-30 21:33
请问一下老师,我的体系是(CF)60,向内加了一个惰性气体,优化时没加色散校正,现在已经基于此结构进行后续 ...

是否需要色散校正从来都是看原本的泛函是否有足够描述色散作用的能力,不说清楚泛函问色散校正毫无意义。仔细看下文
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html
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曦然 发表于 2024-1-30 17:29
老师,在计算过程中我加入关键词scrf=solvent=water,考虑了水对体系的作用,这个是什么溶剂模型呀?在文章 ...

谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

上文说了,默认用的是IEFPCM,原文在Gaussian手册里可找到
就说用的是IEFPCM隐式溶剂模型表现水环境就完了
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发表于 Post on 2024-1-31 13:42:27 | 只看该作者 Only view this author
老师,在基态结构优化的时候我是在B3LYP/def2svp水平下计算的,在激发态优化的时候可以改成PBE1PBE/def2TZVP 水平计算吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-1 03:00:12 | 只看该作者 Only view this author
曦然 发表于 2024-1-31 13:42
老师,在基态结构优化的时候我是在B3LYP/def2svp水平下计算的,在激发态优化的时候可以改成PBE1PBE/def2TZV ...

没有明确理由
还不如都用PBE0/6-311G*优化
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发表于 Post on 2024-2-1 10:03:19 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,对于如图所示的结构,我计算了C1-C2和C2-C3键裂解形成双自由基的反应及后续反应通道。但是对于标红的C-C键,由于当时没有找到过渡态就没有计算。我该如何合理的解释不计算标红C-C键断裂反应呢?谢谢

202402011000142583..png (7.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

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发表于 Post on 2024-2-1 15:22:37 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-2-1 10:03
请教各位老师,对于如图所示的结构,我计算了C1-C2和C2-C3键裂解形成双自由基的反应及后续反应通道。但是对 ...

开四元环有释放环张力的驱动力,没有理由会断中间的键

本版积分规则 Credits rule

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