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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-2-13 22:52:16 | 只看该作者 Only view this author
卢老师,23年的基础班相对论效应这部分的讲义中Gaussian中使用的赝势基组中,def2部分相比于您之前的录屏,删去了“从第五周期开始是结合Stuttgart赝势的赝势基组。内置的此类基组支持的元素比实际定义的元素少的多。”这是后面G16后来的版本有增加了元素关于def2的赝势定义吗?

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发表于 Post on 2024-2-14 09:48:56 | 只看该作者 Only view this author
xyz文件中的能量是用什么软件/版本,什么方法计算出来的?
如果和你计算的软件/方法不一致的话结果不一样也很正常。
参考:http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html
Ph.D., Asst. Prof. at UOsaka.
Homepage: wongzit.github.io

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-14 11:55:21 | 只看该作者 Only view this author
翟yingxin123 发表于 2024-2-13 20:26
得到E结果与目标结果不符,不知该如何修正。在此希望有老师或者同学们教受指点一下。opt-1.gjf和log的截图 ...

谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678http://bbs.keinsci.com/thread-38911-1-1.html
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html

B3LYP/STO-3G算这个根本没有丝毫意义,还没像样的半经验级别的方法靠谱。

如果你是“认真地”用这个级别做计算而不是算着玩玩,建议正经学学基础知识再做计算。看:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
谈谈学量子化学如何正确地入门
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-14 11:58:48 | 只看该作者 Only view this author
linhai093 发表于 2024-2-13 22:52
卢老师,23年的基础班相对论效应这部分的讲义中Gaussian中使用的赝势基组中,def2部分相比于您之前的录屏, ...

没增加
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-2-14 12:59:02 | 只看该作者 Only view this author

谢谢。我当时查过G16.B01 user reference,但是没有找到。请问G16里面对每个赝势基组支持的情况应该从哪里查?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-14 13:07:19 | 只看该作者 Only view this author
linhai093 发表于 2024-2-14 12:59
谢谢。我当时查过G16.B01 user reference,但是没有找到。请问G16里面对每个赝势基组支持的情况应该从哪 ...

自带的基组支持的元素在手册里都有


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发表于 Post on 2024-2-14 13:33:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-14 13:07
自带的基组支持的元素在手册里都有

谢谢老师,光往赝势上面想了,没往基组上查

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发表于 Post on 2024-2-15 16:37:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-14 11:55
谈谈重复不出来计算化学文献里的数据的可能原因
http://sobereva.com/678(http://bbs.keinsci.com/thre ...

老师你好,我导师当时跟我说让我用sto-3g做结构优化,所以我才用的这个。不过老师也提到很多年不用高斯软件了,是否有可能是老师教授的是当是他所用的方法。如今不适用了。我也不好冒昧地去问导师。

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发表于 Post on 2024-2-15 18:40:47 | 只看该作者 Only view this author
翟yingxin123 发表于 2024-2-15 09:37
老师你好,我导师当时跟我说让我用sto-3g做结构优化,所以我才用的这个。不过老师也提到很多年不用高斯软 ...

STO-3G是70年代用的基组,哪怕80年代的机子都普遍能用3-21G乃至4-31G*了。B3LYP是90年代的泛函,基本B3LYP发明的时候STO-3G就已经过时了。
所以如果你导师是一个老教授,而且推荐的是HF/STO-3G,那还可以解释为很多年不用高斯(不过你导师也得很老才行)。但是B3LYP/STO-3G在历史上的任意时期都没有合理过,大家普遍用STO-3G的年代还没有B3LYP,B3LYP出来的时候STO-3G已经过时了。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-2-15 21:02:48 | 只看该作者 Only view this author
感谢回复,已了解

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发表于 Post on 2024-2-18 10:10:47 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我在学着文献计算有机胺吸收CO2时的相互作用,文献中研究了有机胺吸收CO2后形成的两个两性离子之间的相互作用。但是我在结构优化的时候发现两个两性离子会自发的中和,无法优化出两个两性离子稳定存在的结构。请问老师们是我在优化时有东西没有考虑进去吗,还是文献存在不合理的地方
文献中几何优化的模型和基组:B3LYP/6-31+G(d,p) 我用的r2-SCAN3c 在气相中优化
文中优化后的结构如图

202402181009307668..png (362.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202402181009307668..png

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发表于 Post on 2024-2-18 11:05:29 | 只看该作者 Only view this author

如何确定DFT计算的 the basis sets, exchange-correlation functionals, 和any a...

老师好,我在论文返修时,审稿人要求"Provide a more in-depthexplanation of the setup of the density functional theory calculations,including the basis sets, exchange-correlation functionals, and anyapproximations made",我原文中对DFT计算的表述如下:
DFTcalculations were performed utilizing the Gaussian 09 package. Structurecoordinates and electronic wave functions of SMX were generated via bothgeometry optimization and single-point energy calculations, employing theB3LYP-D3(BJ) theoretical method at 6-31G (d, p) basis set level, inaccordance with the works of...
我搜了DFT计算中的相关定义,不知理解是否正确。在我的文章中,the basis sets应该是6-31G (d, p) 吧?exchange-correlation functionals和 any approximations made这个该如何确定呢?谢谢您啦~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-18 12:49:39 | 只看该作者 Only view this author
giamhgle 发表于 2024-2-18 10:10
老师们好,我在学着文献计算有机胺吸收CO2时的相互作用,文献中研究了有机胺吸收CO2后形成的两个两性离子之 ...

带着隐式溶剂模型优化
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-18 12:51:53 | 只看该作者 Only view this author
suxin 发表于 2024-2-18 11:05
老师好,我在论文返修时,审稿人要求"Provide a more in-depthexplanation of the setup of the density fu ...


贴原文、原话的时候该有空格的地方必须有,注意换行的地方,否则妨碍别人阅读

通常当前这样描述就够了,审稿人的要求并不合理。
明确表示B3LYP-D3(BJ)是 exchange-correlation functional,并且更确切描述为什么选择当前的泛函和基组
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发表于 Post on 2024-2-18 13:07:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-18 12:51
贴原文、原话的时候该有空格的地方必须有,注意换行的地方,否则妨碍别人阅读

通常当前这样描述就够 ...

get,谢谢老师啦~

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