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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-2-1 16:26:22 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-1 15:22
开四元环有释放环张力的驱动力,没有理由会断中间的键

您的意思是从环张力的角度,开环反应更占优势吗?我计算一下键解离能,红色部分的键解离能更大,是不是也可以辅助解释呢?谢谢

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发表于 Post on 2024-2-1 16:53:27 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我在找一个碳酸根夺取质子的过渡态(m062x/def2svp)在限制性优化(固定两个键)下可以看到一个明显的过渡态虚频,放开后优化不出来过渡态。固定其中一个键的时候也可以找到过渡态对应的虚频,放开后也是找不到,请各位老师看看该怎么处理? desktop.7z (1018.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2024-2-1 18:26:29 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-2-1 09:53
各位老师好,我在找一个碳酸根夺取质子的过渡态(m062x/def2svp)在限制性优化(固定两个键)下可以看到一 ...

确定这个反应不是无垒反应吗
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2024-2-1 18:29:36 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-2-1 03:03
请教各位老师,对于如图所示的结构,我计算了C1-C2和C2-C3键裂解形成双自由基的反应及后续反应通道。但是对 ...

找不到过渡态可能意味着这个反应是从反应物到产物一路上坡的,可以做一个柔性扫描,如果发现确实如此,那么不用报过渡态,粗略的做法可以把这一步的活化自由能取为反应自由能变,精确一点的做法是按https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.organomet.8b00456的方法处理,再精确的方法是用VRC-VTST计算(https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1616208113
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-2-1 19:09:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-1 18:29
找不到过渡态可能意味着这个反应是从反应物到产物一路上坡的,可以做一个柔性扫描,如果发现确实如此,那 ...

老师我扫过,能量确实是一直上升的,但是柔性扫描不一定意味着没有过渡态吧?我之前的一个反应同样也是扫描能量一直上升,但是在变平缓的那个点还是能找到过渡态。扫描步长都是0.02



好的老师,我再研究研究文献

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发表于 Post on 2024-2-1 19:18:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-1 18:26
确定这个反应不是无垒反应吗

老师,怎样判断是不是无垒反应啊? 柔性扫描吗?

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发表于 Post on 2024-2-1 19:29:07 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-2-1 12:09
老师我扫过,能量确实是一直上升的,但是柔性扫描不一定意味着没有过渡态吧?我之前的一个反应同样也是扫 ...

如果扫描范围足够宽,而且扫描曲线平滑,那么能量一直上升/一直下降必然意味着没有过渡态。
你说的情况很可能是扫描范围不够宽,再多扫几步能量就开始下降了
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-2-1 19:30:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-1 18:29
找不到过渡态可能意味着这个反应是从反应物到产物一路上坡的,可以做一个柔性扫描,如果发现确实如此,那 ...

谢谢王老师,扫描曲线如图,方法为“#p um062x 6-311g(d,p) guess(mix,always) opt=modredundant nosymm”。您的意思是把生成的两个环丁基的自由能减去反应物的自由能的得到的能垒当做这步反应的自由能变,然后计算k吗?

202402011929096442..png (25.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

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发表于 Post on 2024-2-1 19:56:17 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2024-2-1 12:30
谢谢王老师,扫描曲线如图,方法为“#p um062x 6-311g(d,p) guess(mix,always) opt=modredundant nosymm ...

对于粗略的计算可以这样做,靠谱一点的做法还是按我说的后两种做法
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发表于 Post on 2024-2-2 21:26:16 | 只看该作者 Only view this author
请问下cc-pVTZ-dkh这个基组在高斯中怎么调用?BSE没有找到这个,需要在原来的基组上做那些修改吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-3 05:03:09 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2024-2-2 21:26
请问下cc-pVTZ-dkh这个基组在高斯中怎么调用?BSE没有找到这个,需要在原来的基组上做那些修改吗?

那叫cc-pVTZ-DK
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发表于 Post on 2024-2-3 09:44:36 | 只看该作者 Only view this author

谢谢 我看到文章里写的cc-pVTZ-dkh,还纳闷找了半天没找到…会不会是有一个cc-pVTZ-dkh?

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发表于 Post on 2024-2-3 14:49:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2024-2-3 14:50 编辑

想跟各位老师请教一下,高斯寻找TS,跑IRC验证的时候maxpoints=50,和maxpoints=100计算都正常终止,但是最终结构不同maxpoints=100的结构更加稳定,应该以哪个结构作为反应的中间体呢?一般计算IRC的时候,maxpoints的取值一般是多少呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-3 15:17:31 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2024-2-3 09:44
谢谢 我看到文章里写的cc-pVTZ-dkh,还纳闷找了半天没找到…会不会是有一个cc-pVTZ-dkh?

没有。那是不标准的写法。怀疑这点的话你去看基组作者的网站http://tyr0.chem.wsu.edu/~kipeters/basis.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-3 15:23:11 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2024-2-3 14:49
想跟各位老师请教一下,高斯寻找TS,跑IRC验证的时候maxpoints=50,和maxpoints=100计算都正常终止,但是最 ...

IRC两端的点的能量没法直接用,必须做过几何优化再算能量才有实际意义
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