简单量子化学问题答疑专帖

〇66

wzkchem5 发表于 2024-5-3 23:15
sob老师的意思是你们服务器的管理员。因为你要知道的是你们服务器的内存可分配量上限，不是世界上随便一 ...

谢谢您的回复，不好意思搞错了。这是我服务器里的储存信息，看起来挺大的应该够用呢，为什么会出现这样的报错呀？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2024-5-4 04:12
王老师，抱歉再打扰您一下。在完成了MP2/cc-pVTZ计算后，我在输出文件里并没有找到MP2 correlation energ ...

不是叫你搜MP2 correlation energy这几个词。
E2 =    -0.1369536881D+01这个就是MP2 correlation energy，它的名字叫MP2 correlation energy，在文章里也必须这么叫，但在高斯里显示的名字是E2

wzkchem5

〇66 发表于 2024-5-4 06:11
谢谢您的回复，不好意思搞错了。这是我服务器里的储存信息，看起来挺大的应该够用呢，为什么会出现这样的 ...

问的是内存，不是硬盘。搞清楚什么叫内存什么叫硬盘

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2024-5-4 15:12
不是叫你搜MP2 correlation energy这几个词。
E2 =    -0.1369536881D+01这个就是MP2 correlation energ ...

谢谢王老师！

〇66

wzkchem5 发表于 2024-5-4 15:13
问的是内存，不是硬盘。搞清楚什么叫内存什么叫硬盘

看起来是256G

wzkchem5

〇66 发表于 2024-5-5 04:22
看起来是256G

其中你有权限使用的、且未被其他程序占用的物理内存有多少？

jelena

运行到一半报错了，不知道是什么问题
输入文件

1. %mem=1500MB
   
2. %nprocshared=4
   
3. %chk=E:\GaussView5.0\g09w\help\cip.chk
   
4. #p opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=generic,read,smd)
   
5. geom=connectivity em=gd3bj temp=313.15
   
6. 
   
7. carnosine
   
8. 
   
9. 0 1
   
10. C                 -5.67375783   -3.22408952   -2.06984712
    
11. C                 -4.30095683   -3.22408952   -2.06984712
    
12. C                 -3.57901883   -1.99896852   -2.06984712
    
13. C                 -4.29688883   -0.77510252   -2.06947712
    
14. C                 -5.71830483   -0.80447552   -2.06932312
    
15. C                 -6.38980983   -2.00245052   -2.06961312
    
16. H                 -3.73616783   -4.16841152   -2.07007512
    
17. C                 -3.57413883    0.44962348   -2.06936212
    
18. H                 -6.26554583    0.14998048   -2.06924112
    
19. C                 -2.20127783    0.44969148   -2.06963512
    
20. C                 -1.48526583   -0.77220052   -2.07009412
    
21. H                 -0.38563783   -0.74573552   -2.07027612
    
22. F                 -7.73942191   -2.03481140   -2.06948793
    
23. N                 -6.42310144   -4.48875712   -2.06995403
    
24. C                 -6.78629993   -5.10138134   -3.21531869
    
25. C                 -6.78607095   -5.10168699   -0.92472572
    
26. C                 -7.50989429   -6.32268577   -3.21537585
    
27. H                 -5.88807383   -5.27521486   -3.77018062
    
28. C                 -7.50968720   -6.32300286   -0.92476988
    
29. H                 -5.88772927   -5.27566526   -0.37009630
    
30. N                 -7.87286106   -6.93558356   -2.07010854
    
31. H                 -8.40823356   -6.14872434   -3.77001445
    
32. H                 -6.92559770   -7.02741864   -0.37020891
    
33. H                 -7.37003923   -4.39741289   -0.36985722
    
34. H                 -8.40791652   -6.14916103   -0.36991574
    
35. H                 -8.38262768   -7.79589629   -2.07017515
    
36. H                 -6.92591194   -7.02696528   -3.77022266
    
37. H                 -7.37039810   -4.39697235   -3.76987915
    
38. N                 -2.15729183   -1.96942552   -2.07011012
    
39. C                 -1.42604192   -3.24464062   -2.07008340
    
40. C                 -0.12955945   -3.34210439   -1.31976330
    
41. C                 -0.12983799   -3.34227910   -2.82083964
    
42. H                 -2.11243117   -4.10946103   -2.06986588
    
43. H                  0.24801323   -2.45400536   -0.78328104
    
44. H                  0.11086359   -4.27656830   -0.78304347
    
45. H                  0.11056106   -4.27696733   -3.35719291
    
46. H                  0.24772361   -2.45423287   -3.35743051
    
47. O                 -4.30769877    1.67713711   -2.06902422
    
48. C                 -1.41628241    1.77459983   -2.06988432
    
49. O                 -1.82250673    2.93586789   -2.06957930
    
50. O                 -0.07368735    1.57750094   -2.07061373
    
51. H                  0.39654263    2.42723303   -2.07076286
    
52. 
    
53. 1 2 1.5 6 1.5 14 1.0
    
54. 2 3 1.5 7 1.0
    
55. 3 4 1.5 29 1.0
    
56. 4 5 1.5 8 1.0
    
57. 5 6 1.5 9 1.0
    
58. 6 13 1.0
    
59. 7
    
60. 8 10 1.0 38 2.0
    
61. 9
    
62. 10 11 2.0 39 1.0
    
63. 11 12 1.0 29 1.0
    
64. 12
    
65. 13
    
66. 14 15 1.0 16 1.0
    
67. 15 17 1.0 18 1.0 28 1.0
    
68. 16 19 1.0 20 1.0 24 1.0
    
69. 17 21 1.0 22 1.0 27 1.0
    
70. 18
    
71. 19 21 1.0 23 1.0 25 1.0
    
72. 20
    
73. 21 26 1.0
    
74. 22
    
75. 23
    
76. 24
    
77. 25
    
78. 26
    
79. 27
    
80. 28
    
81. 29 30 1.0
    
82. 30 31 1.0 32 1.0 33 1.0
    
83. 31 32 1.0 34 1.0 35 1.0
    
84. 32 36 1.0 37 1.0
    
85. 33
    
86. 34
    
87. 35
    
88. 36
    
89. 37
    
90. 38
    
91. 39 40 2.0 41 1.0
    
92. 40
    
93. 41 42 1.0
    
94. 42
    
95. 
    
96. eps=50.50
    

复制代码

输出文件结尾

1. 
   
2. **** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.13945613D+02
   
3. 
   
4. Leave Link  801 at Sun May 05 18:39:45 2024, MaxMem=   196608000 cpu:         0.0
   
5. (Enter E:\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\G09W\l1101.exe)
   
6. Using compressed storage, NAtomX=    42.
   
7. Will process     43 centers per pass.
   
8. R6Disp: Adding Grimme-D3(BJ) dispersion energy 1st derivatives to the gradient.
   
9. Leave Link 1101 at Sun May 05 18:39:46 2024, MaxMem=   196608000 cpu:         1.0
   
10. (Enter E:\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\G09W\l1102.exe)
    
11. Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
    
12. IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
    
13. Leave Link 1102 at Sun May 05 18:39:46 2024, MaxMem=   196608000 cpu:         0.0
    
14. (Enter E:\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\G09W\l1110.exe)
    
15. Forming Gx(P) for the SCF density, NAtomX=    42.
    
16. Integral derivatives from FoFJK, PRISM(SPDF).
    
17. Do as many integral derivatives as possible in FoFJK.
    
18. G2DrvN: MDV=     196607694.
    
19. G2DrvN: will do    43 centers at a time, making    1 passes.
    
20. Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=F I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
    
21. FoFJK:  IHMeth= 1 ICntrl=    3107 DoSepK=F KAlg= 0 I1Cent=   0 FoldK=F
    
22. IRaf=         0 NMat=   1 IRICut=       1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0.
    
23. FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
    
24.          NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
    
25.          wScrn=  0.000000 ICntrl=    3107 IOpCl=  0 I1Cent=           0 NGrid=           0
    
26.          NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
    
27. Symmetry not used in FoFCou.
    
28. NEqPCM:  Using equilibrium solvation (IEInf=0, Eps=  50.5000, EpsInf=   0.0000)
    
29. EpsInf not defined for this solvent.
    
30. Error termination via Lnk1e in E:\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\Gaussian 09W 9.5 Revision D.01\G09W\l1110.exe at Sun May 05 18:47:01 2024.
    
31. Job cpu time:       0 days  0 hours  8 minutes 19.0 seconds.
    
32. File lengths (MBytes):  RWF=    437 Int=      0 D2E=      0 Chk=     17 Scr=      1

复制代码

jelena

已经修改%mem=1000MB

〇66

wzkchem5 发表于 2024-5-5 15:37
其中你有权限使用的、且未被其他程序占用的物理内存有多少？

是这样的老师，看起来也是够用的

sobereva

jelena 发表于 2024-5-5 21:46
运行到一半报错了，不知道是什么问题
输入文件
输出文件结尾

提示写明了EpsInf not defined for this solvent.
自行定义epsinf，下文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

moiumuio

Hi everyone,
I want to study the IFCT of a molecule in its solid state (a solid film on glass), and when I do TD-DFT, I do not include the solvent model. Is the result of that process usable?
Thank you

wzkchem5

moiumuio 发表于 2024-5-6 05:16
Hi everyone,
I want to study the IFCT of a molecule in its solid state (a solid film on glass), and ...

The result is probably unreliable. It's better to estimate or even guess the dielectric constant of the film and add a solvation model with that dielectric constant, than to do the calculation in vacuum. Of course, it would be even better if you account for the solid environment by background charges, but when you don't have the experimental crystal structure or when the solid is known to be amorphous, this can get quite involved.

jelena

sobereva 发表于 2024-5-5 23:36
提示写明了EpsInf not defined for this solvent.
自行定义epsinf，下文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶 ...

谢谢sob老师，已经理解并且自定义了epsinf解决了问题。还有两个问题想咨询一下：
1.如果极性溶剂在后面计算激发态需要epsinf不能用折射率的平方代替，但是溶剂不常见找不到参数，还有解决办法吗？

2.我的结构质子化后进行基态优化，C17H18FN3O3原先的电子数174，质子化后电子数173。在结构中加了质子后，输入文件修改了电荷为1，自旋多重态先设置为2.运行中高斯报错说是电子数只有174，多重态不能为2，就调整为1在运行计算。想问一下是我哪里理解错或者是步骤错了吗？

TinnKuka

各位老师好，请问如何判断有机小分子热分解是均裂还是异裂？我有看见sob老师说布居分析判断，请问可不可以通过生成分解产物自由基和生成分解产物离子的能量来对比呢？

wzkchem5

jelena 发表于 2024-5-6 09:37
谢谢sob老师，已经理解并且自定义了epsinf解决了问题。还有两个问题想咨询一下：
1.如果极性溶剂在后面 ...

1. 原文已经说了，极性溶剂既查不到epsinf又查不到折射率时，epsinf可以设为1.9
2. 质子化不会改变电子数目。不要以为电荷由0变成+1必然意味着电子数少一个，质子化的时候电荷加1的原因是多了一个质子，而不是少了一个电子，所以电子数不变