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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-6-9 13:48:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-9 13:26
后HF任务不要和stable=opt搅合在一起做
正确做法是先做HF stable=opt任务,得到稳定波函数,然后后HF计 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-6-9 14:57:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2024-6-9 14:58 编辑


老师,这种反应的决速步骤是第一步还是第二步呢? 我只能分离出INT2,第二步的产物基本检测不到

int1就是反应前加和物,sub是分别计算的两个原料

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发表于 Post on 2024-6-9 16:15:18 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-6-9 07:57
老师,这种反应的决速步骤是第一步还是第二步呢? 我只能分离出INT2,第二步的产物基本检测不到

int1 ...

http://sobereva.com/506自行判断决速步
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-6-10 08:55:44 | 只看该作者 Only view this author
过渡态优化加关键词recalc=N就报错,不知道是出了什么问题
#p opt=(recalc=5,ts,gdiis,noeigen) freq ub3lyp scrf=(iefpcm,solvent=1,
4-dioxane) 6-31(d,p) em=gd3bj
报错QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
#p opt=(recalc=5,ts,gdiis,noeigen) freq
         '
Last state= "OPT2"
TCursr=    154897 LCursr=         8
Error termination via Lnk1e in /share/chemsoft/g09/l1.exe at Mon Jun 10 08:19:40 2024.

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发表于 Post on 2024-6-10 13:28:11 | 只看该作者 Only view this author
老师,学生目前计算的一个金属锰催化的体系,有125个原子,使用PBE1PBE-D3/6-31G*-SDD做结构优化和频率分析,使用PBE1PBE-D3/def2tzvp scrf(smd,solvent=Dichloromethane)计算单点能。
学生想用sobMECP程序[http://bbs.keinsci.com/forum.php ... d=865&fromuid=42277]计算极小能量交叉点,请问在设定Input_Header_A和Input_Header_B以及Input_Tail文件时的方法和基组是选用结构优化时的PBE1PBE-D3/6-31G*-SDD还是算单点时的PBE1PBE-D3/def2tzvp scrf(smd,solvent=Dichloromethane)呢?辅助SCF收敛的选项可以用scf=xqc吗?
道友请留步

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-10 15:39:26 | 只看该作者 Only view this author
Nankaier 发表于 2024-6-10 08:55
过渡态优化加关键词recalc=N就报错,不知道是出了什么问题
#p opt=(recalc=5,ts,gdiis,noeigen) freq ub3l ...

opt里的recalc从G16开始才支持
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-10 15:51:44 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-6-10 13:28
老师,学生目前计算的一个金属锰催化的体系,有125个原子,使用PBE1PBE-D3/6-31G*-SDD做结构优化和频率分析 ...

和结构优化一样
不过你这个体系也不算很大,我建议优化用6-311G*甚至更好的def-TZVP,至少给关键位点附近的用比6-31G*更好点的

不建议优先考虑xqc,下文说了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

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发表于 Post on 2024-6-10 17:26:00 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I have structures that have been optimized with B3LYP-D3(BJ) and I want to calculate charge transfer at S1. Can I use CAM-B3LYP without D3(BJ) like in the opt process?
Thank you.

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发表于 Post on 2024-6-10 18:36:15 | 只看该作者 Only view this author
老师您好!我想要获取单点能和对应的力,关键词写“wb97xd/6-31G*  force”是否正确。机器学习拟合数据集,发现力的误差非常大。

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发表于 Post on 2024-6-10 20:31:02 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2024-6-10 11:36
老师您好!我想要获取单点能和对应的力,关键词写“wb97xd/6-31G*  force”是否正确。机器学习拟合数据集, ...

没问题,但注意有的机器学习框架需要的是梯度而不是力,梯度和力互为相反数

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-6-10 21:30:46 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想请问下GaussView中振动频率的矢量方向在Gaussian输出文件里面有给出,但是振动的幅值应该看哪个参数?在频率对应的那一列似乎只给出了总的红外强度

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发表于 Post on 2024-6-10 23:09:03 | 只看该作者 Only view this author

老师们,在计算单点能,orca输入后立即停止

老师们,在计算单点能时,orca输入,显示【file orca_main/maininp4.cpp,line 11068】怎么解决
输入文件已经传上来啦

202406102307563964..png (18.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202406102307563964..png

Cu-C12 TSchutai.inp

4.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-10 23:23:38 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-6-10 17:26
Hi everyone,
I have structures that have been optimized with B3LYP-D3(BJ) and I want to calculate c ...

DFT-D3 correction only directly affects energy and its derivatives, it doesn't directly affect charge transfer character. Using CAM-B3LYP for excited state calculation is feasible.
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-10 23:26:41 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-10 21:30
各位老师好,想请问下GaussView中振动频率的矢量方向在Gaussian输出文件里面有给出,但是振动的幅值应该看 ...

没有振动的幅值信息
从经典的角度描述,可以在特定温度跑动力学,对轨迹进行统计得到特定正则模式上的概率分布
从量子的角度,需要求解振动态的核的波函数,转化为正则模式上的概率密度分布
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发表于 Post on 2024-6-11 00:00:32 | 只看该作者 Only view this author
wpj123 发表于 2024-6-10 16:09
老师们,在计算单点能时,orca输入,显示【file orca_main/maininp4.cpp,line 11068】怎么解决 ...

这是ORCA 4的写法,更早或更晚的版本都不支持。在论坛上搜GRIDX可以搜到其他版本orca的写法
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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