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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-6-11 22:51:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-10 20:31
没问题,但注意有的机器学习框架需要的是梯度而不是力,梯度和力互为相反数

老师您好!请问这个力是Gaussian程序旋转后坐标对应的力,还是输入文件给定坐标对应的力。

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发表于 Post on 2024-6-11 22:53:10 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-6-11 15:18
所有的gjf都在,但所有的chk和log都不在了

我的意思是在你之前chk、log文件存放的文件夹下,手动新建一个空文件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-6-11 22:54:21 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2024-6-11 15:51
老师您好!请问这个力是Gaussian程序旋转后坐标对应的力,还是输入文件给定坐标对应的力。

这个也要查阅你所用的机器学习框架的文档,不好笼统地说所有做量化机器学习的程序都是用的旋转前的或都是用的旋转后的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-12 09:59:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-11 16:18
做完MECP优化,收敛且intersection space之内没有虚频,就可以直接用,不需要且不能再用非MECP算法做结构 ...

感谢老师,学生还想问一个问题,请问DFT文章里势能图所显示的MECP的电子能量,是使用sobMECP程序算出来的MECP结构直接在Gaussian中计算单点能所得到的吗?
道友请留步

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发表于 Post on 2024-6-12 11:05:00 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-11 22:53
我的意思是在你之前chk、log文件存放的文件夹下,手动新建一个空文件

好的 感谢老师 我去试一试
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发表于 Post on 2024-6-12 16:28:14 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-6-12 02:59
感谢老师,学生还想问一个问题,请问DFT文章里势能图所显示的MECP的电子能量,是使用sobMECP程序算出来的 ...

如果你单点计算级别和结构优化级别不一致,那么是的。否则从sobMECP结果可以直接得到能量,不需要再提交一个高斯计算
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-12 16:47:24 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我最近在计算一个自由基阴离子的有机体系,因为原子数太多,结构优化时加弥散算的太慢。我能在结构优化时用6-31g**得到G-corr,再用def2-TZVPP计算单点能,进而再计算得到反应的能垒吗?

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发表于 Post on 2024-6-12 19:02:42 | 只看该作者 Only view this author
Nankaier 发表于 2024-6-12 09:47
各位老师,我最近在计算一个自由基阴离子的有机体系,因为原子数太多,结构优化时加弥散算的太慢。我能在结 ...

如果负电荷比较集中,那么只对带显著负电的原子加弥散就行了;如果负电荷很分散,那么未必要加弥散函数
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-12 21:23:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-12 16:28
如果你单点计算级别和结构优化级别不一致,那么是的。否则从sobMECP结果可以直接得到能量,不需要再提交 ...

感谢老师解惑
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发表于 Post on 2024-6-13 00:00:42 | 只看该作者 Only view this author
请问关于计算重原子的旋轨耦合是否可以用一种基组的标量势,加上另一种基组的旋轨势。比如用aug-cc-PVTZ-PP的标量势,dhf-TZVP-2c的旋轨势。

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发表于 Post on 2024-6-13 19:08:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,您好。在含碘体系中,为了考察旋轨耦合对能量的影响,我们对碘选用了aug-cc-PVTZ-pp基组,考虑到aug-cc-PVTZ-pp基组和dhf-TZVP-2c基组的标量势部分相同,我们把dhf-TZVP-2c基组的旋轨势部分手动加到aug-cc-PVTZ-pp基组中,请问您我们这种做法是否合理?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-14 02:29:26 | 只看该作者 Only view this author
lijing522 发表于 2024-6-13 19:08
sob老师,您好。在含碘体系中,为了考察旋轨耦合对能量的影响,我们对碘选用了aug-cc-PVTZ-pp基组,考虑到a ...

那还不如在dhf-TZVP-2c基组下对比是否考虑旋轨势的结果。本来aug-cc-PVTZ-pp就不是对考虑旋轨势的情况搞的基组。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-14 14:09:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-12 19:02
如果负电荷比较集中,那么只对带显著负电的原子加弥散就行了;如果负电荷很分散,那么未必要加弥散函数

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-6-14 14:09:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我最近在计算一个溶剂中的分解反应,A分解为B和C,其中A和B在溶剂中溶解,C为气体在溶剂中不溶。如果我要计算这个反应的吉布斯能变,那么A和B是在溶剂条件下算吉布斯自由能,C在气态条件下算吉布斯自由能吗?

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发表于 Post on 2024-6-14 14:40:05 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,想问一下如果想模拟多菌灵(C9H9N3O2)溶于甲醇,滴加在某处并干燥后的红外光谱,做多菌灵单分子的能量优化和振动分析就足够吗?还是说需要对晶体进行分析呢。因为之前试过单分子的振动分析,对不上实验测出的光谱,不知道是自己计算的问题还是说没法用单分子模拟呢。

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