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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-6-11 00:12:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-10 23:26
没有振动的幅值信息
从经典的角度描述,可以在特定温度跑动力学,对轨迹进行统计得到特定正则模式上的概 ...

sobereva老师,我想请问一下Gaussian的频率计算输出文件.out并没有包含波函数信息,但是可以在GaussView中看到简振振动矢量,也有相应的振动幅度大小,那么这个振动幅度大小是怎么得来的呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-11 00:18:30 | 只看该作者 Only view this author
wang_ 发表于 2024-6-11 00:12
sobereva老师,我想请问一下Gaussian的频率计算输出文件.out并没有包含波函数信息,但是可以在GaussView ...

那个大小是任意的,没有实际意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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发表于 Post on 2024-6-11 08:46:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-11 00:18
那个大小是任意的,没有实际意义

原来是这样,我还奇怪是怎么来的,谢谢sobereva老师解答

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发表于 Post on 2024-6-11 09:27:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-10 15:51
和结构优化一样
不过你这个体系也不算很大,我建议优化用6-311G*甚至更好的def-TZVP,至少给关键位点附 ...

感谢老师。学生还有一个问题,学生所做的势能图中的能量用的是:结构优化PBE1PBE-D3/6-31G*-SDD中吉布斯自由能的校正值+单点能PBE1PBE-D3/def2tzvp scrf(smd,solvent=Dichloromethane)中的电子能量。那么在得到MECP的结构之后,还需要对MECP再做一遍结构优化再算单点能吗?
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发表于 Post on 2024-6-11 16:18:06 | 只看该作者 Only view this author
for_you 发表于 2024-6-11 02:27
感谢老师。学生还有一个问题,学生所做的势能图中的能量用的是:结构优化PBE1PBE-D3/6-31G*-SDD中吉布斯 ...

做完MECP优化,收敛且intersection space之内没有虚频,就可以直接用,不需要且不能再用非MECP算法做结构优化(那样优化出来就不叫MECP了)
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-6-11 17:41:34 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好

请问使用Gaussian计算卟啉类锌配合物的阴/阳离子自由基的吸收光谱,推荐使用什么样的方法和泛函呢?如果是ORCA呢?

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发表于 Post on 2024-6-11 18:10:05 | 只看该作者 Only view this author
求助linux版gaussian计算完,chk文件和log文件在电脑重启后消失的现象,我的gaussian安装于root目录下,我的gjf文件保存于D盘目录中,每次计算时,chk文件和log文件都会上把锁,可以正常查看,但每次一关机后再重启,两个文件都消失不见了
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发表于 Post on 2024-6-11 19:06:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请教一下关于在溶剂化下优化消除虚频的问题。
我的分子结构如图所示( ),因为需要优化大量的有机小分子,均在b3lyp-d3bj/def2tzvpd,smd下优化,这个有机小分子我尝试了sob老师此文的很多办法(http://sobereva.com/278),包括使用opt=tight乃至very tight,选上Manual Displacement并调整结构加上int=superfine关键词,及其opt=recalc,都会出现一个-19多的虚频。 也尝试过:先加弥散,是没有虚频的,但是再加溶剂化,就会有虚频。
对于这个分子,我必须在b3lyp-d3bj/def2tzvpd,smd级别下优化,想问问各种老师有没有其他可尝试的办法,并且我发现含-CF3基团的有机小分子在溶剂化优化下都很容易有虚频。

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发表于 Post on 2024-6-11 20:08:50 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-6-11 10:41
各位老师好

请问使用Gaussian计算卟啉类锌配合物的阴/阳离子自由基的吸收光谱,推荐使用什么样的方法和 ...

结构优化用wB97XD之类的HF exchange比较多的泛函,单点计算最好用多参考态方法,因为基态近简并且self-interaction error问题严重
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-11 20:09:27 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-6-11 11:10
求助linux版gaussian计算完,chk文件和log文件在电脑重启后消失的现象,我的gaussian安装于root目录下,我 ...

你用的是虚拟机吗?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-11 20:13:26 | 只看该作者 Only view this author
Roderick07 发表于 2024-6-11 12:06
各位老师好,请教一下关于在溶剂化下优化消除虚频的问题。
我的分子结构如图所示(),因为需要优化大量的 ...

SMD一般认为容易出虚频,一般建议用IEFPCM。对位CF3取代的苯基确实也是出了名的对格点敏感。
如果无法把你所有其他分子都用IEFPCM重算的话,可以按http://sobereva.com/699,结合你的研究目的和精度要求,评估一下能不能不管这个虚频
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-11 20:21:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-11 20:09
你用的是虚拟机吗?

不是,是windows,ubuntu双系统
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发表于 Post on 2024-6-11 21:21:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-11 20:13
SMD一般认为容易出虚频,一般建议用IEFPCM。对位CF3取代的苯基确实也是出了名的对格点敏感。
如果无法把 ...

好的,感谢老师的回复。我主要是想得到电子能量、偶极矩、分子定量表面分析这些量,都是通过Multiwfn读取优化的fchk得到的,优化水平是b3lyp-d3bj/def2tzvpd,smd。想请教老师:对于这个对位CF3取代的苯基结构,我在气相下优化结构,再用SMD算单点,能达到与其他分子计算水平一致的要求吗?

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发表于 Post on 2024-6-11 21:23:42 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-6-11 13:21
不是,是windows,ubuntu双系统

试试在ubuntu下手动在你chk、log文件所在的文件夹下建立一个新文件,重启后看看在不在。
如果也不见了,那么这个是计算机方面的问题,应该搜计算机相关论坛的帖子
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2024-6-11 22:18:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-11 21:23
试试在ubuntu下手动在你chk、log文件所在的文件夹下建立一个新文件,重启后看看在不在。
如果也不见了, ...

所有的gjf都在,但所有的chk和log都不在了
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