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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-6-14 14:53:36 | 只看该作者 Only view this author

一些文件几何优化报错

本帖最后由 〇66 于 2024-6-14 14:56 编辑

01JACS2023-046_wb97xd_water.gjf (5.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
01JACS2023-046_wb97xd_water.log (368 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

谢谢各位老师指点









01JACS2023-046_WB97XD_water.gjf

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发表于 Post on 2024-6-14 15:22:41 | 只看该作者 Only view this author
请问高斯计算得到的静态极化率的单位是什么?怎么转化为Å3

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发表于 Post on 2024-6-14 15:52:53 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,我用Multiwfn计算这个有机小分子的相关CDFT的量,我想提取特定原子的福井函数、电荷、双描述符作为描述符,结构优化在b3lyp-d3bj/tzvpd,smd下进行,三个价态单点计算水平与结构优化一致,这个分子结构是对称的,但是结果文件中这两个氮原子的福井函数、电荷、双描述符这些值差别有些大,是因为加了溶剂化的原因吗?还是其他原因造成的?因为我想提取其中一个作为我的描述符。望老师可以答疑解惑。

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发表于 Post on 2024-6-14 16:32:24 | 只看该作者 Only view this author
Nankaier 发表于 2024-6-14 07:09
各位老师,我最近在计算一个溶剂中的分解反应,A分解为B和C,其中A和B在溶剂中溶解,C为气体在溶剂中不溶。 ...

对,但计算部分最好注明哪些物质你是按气态算的,然后说其余都是在溶液里算的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-6-14 16:33:56 | 只看该作者 Only view this author
lynn_nj 发表于 2024-6-14 07:40
各位老师好,想问一下如果想模拟多菌灵(C9H9N3O2)溶于甲醇,滴加在某处并干燥后的红外光谱,做多菌灵单分 ...

不能脱离分子结构、所需精度讨论算一个分子够不够。
如果单分子计算结果和实验固体结果对不上,考虑以下原因
(1)没做构象搜索
(2)分子中含有羟基、羧基、酰胺等容易缔合,且缔合后IR与缔合前非常不同的基团
(3)甲醇没有完全挥发干
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-14 16:35:01 | 只看该作者 Only view this author
Roderick07 发表于 2024-6-14 08:52
请教老师,我用Multiwfn计算这个有机小分子的相关CDFT的量,我想提取特定原子的福井函数、电荷、双描述符作 ...

首先确定这个构象是不是你的分子的最稳定构象。如果不是,取最稳定构象重新计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
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发表于 Post on 2024-6-14 16:51:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-14 16:35
首先确定这个构象是不是你的分子的最稳定构象。如果不是,取最稳定构象重新计算

谢谢老师的回复。我是在结构优化后取的优化坐标计算的单点,改了电荷跟自旋多重度,然后再进行CDFT这些量的计算。之前也遇到过这种情况,是不一样的结构,但是这些描述符都差不多一致,误差在小数点后三位了。

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发表于 Post on 2024-6-14 16:57:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-14 16:32
对,但计算部分最好注明哪些物质你是按气态算的,然后说其余都是在溶液里算的

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-14 17:10:27 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-6-14 14:53
谢谢各位老师指点

这是振动分析过程中CPHF不收敛报错,不是几何优化报错

解决方式参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)的ppt:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-14 17:12:52 | 只看该作者 Only view this author
Roderick07 发表于 2024-6-14 15:52
请教老师,我用Multiwfn计算这个有机小分子的相关CDFT的量,我想提取特定原子的福井函数、电荷、双描述符作 ...

空间结构上不满足对称性,肯定结果有差异
你N上的两个氢是冲着同一侧的,把其中一个掰向另一侧重新优化,大概率能得到两个氢空间等价的结构,此时CDFT结果应当相同
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-14 17:13:34 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2024-6-14 15:22
请问高斯计算得到的静态极化率的单位是什么?怎么转化为Å3

用Multiwfn处理Gaussian输出结果,单位写得清清楚楚
使用Multiwfn分析Gaussian的极化率、超极化率的输出
http://sobereva.com/231
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2024-6-14 17:53:38 | 只看该作者 Only view this author
Roderick07 发表于 2024-6-14 09:51
谢谢老师的回复。我是在结构优化后取的优化坐标计算的单点,改了电荷跟自旋多重度,然后再进行CDFT这些量 ...

要做构象搜索,只做结构优化是不够的。仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html了解构象搜索和结构优化的区别
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-6-14 19:20:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-14 17:12
空间结构上不满足对称性,肯定结果有差异
你N上的两个氢是冲着同一侧的,把其中一个掰向另一侧重新优化 ...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-6-14 19:20:33 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-6-14 17:53
要做构象搜索,只做结构优化是不够的。仔细阅读http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html了解构象搜 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-6-15 21:20:48 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下VASP里面的赝势文件中,是不是价电子数目越大计算的精度就会越高呢?还有POTCAR里面应该看那个值判断价电子数目呢?我看Co_sv文件里面VRHFIN =Co: d8 s1这个是不是表示价电子就9个呢?,但是这个文件下面ZVAL   =   17.000这个是不是表示价电子是17个,这个时候这两个参数不会冲突吗?还是说主要以ZVAL值为主呢?

202406152120306257..png (62.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

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