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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-7-29 19:50:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-29 18:38
Inaccurate quadrature in CalDSu才是真正的报错信息。在这个论坛一搜就知道怎么解决

新手不太懂报错信息位置,感谢老师指导。

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发表于 Post on 2024-7-29 21:56:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-29 02:40
Even using counterpoise correction, 6-311G** is still too small for evaluating interaction energy. ...

Hi teacher,
I want to ask if I change basis set and functional many times, will the reviewers ask for a reason?
Thank you

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 05:41:37 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-29 21:56
Hi teacher,
I want to ask if I change basis set and functional many times, will the reviewers ask ...

If you use different functionals/basis sets in different stages of a research work, you must have clear reasons so that you can reply reviewers when they comment.
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 05:42:55 | 只看该作者 Only view this author
xionglvnan 发表于 2024-7-29 19:50
新手不太懂报错信息位置,感谢老师指导。

你提到的那个是正常提示

参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)的ppt:

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2024-7-30 09:13:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-30 05:42
你提到的那个是正常提示

参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_con ...

懂了,感谢sob老师指导。

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发表于 Post on 2024-7-31 00:01:03 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,
在画反应过程的能量折线图时,应保证原子守恒。
请问下面这种情况该怎么计算每一步的能量呢?
如:A+B→C+D;D+E→F。(C不参与第二步的反应,但第二步反应又引入了新的反应物E)
谢谢!

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发表于 Post on 2024-7-31 03:41:37 | 只看该作者 Only view this author
Miao 发表于 2024-7-30 17:01
各位老师好,
在画反应过程的能量折线图时,应保证原子守恒。
请问下面这种情况该怎么计算每一步的能量呢 ...

把D+E→F当作C+D+E→C+F算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-7-31 07:34:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-31 03:41
把D+E→F当作C+D+E→C+F算

老师您好,再请问一下,是把C+D+E作为一个体系去优化然后算能量吗,G(C+D+E)?
应该不是分开算吧,G(C)+G(D+E)。

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发表于 Post on 2024-7-31 15:08:22 | 只看该作者 Only view this author
Miao 发表于 2024-7-31 00:34
老师您好,再请问一下,是把C+D+E作为一个体系去优化然后算能量吗,G(C+D+E)?
应该不是分开算吧,G(C)+ ...

是分开算。至于D和E要不要分开,需要取决于D和E形成反应复合物的deltaG是正的还是负的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2024-7-31 15:11:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想算一个连接着两个芳环的C-C单键旋转时所要翻越的能垒。
请问:
1. OPT=TS用于做构象变化,搜索过渡态并计算能垒,是否合理可行呢?
2. 如果可行的话,我需要冻结这个分子的其他部分来进行运算吗?因为这个分子可旋转的地方比较多,我只想研究其中一个位点

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发表于 Post on 2024-7-31 15:12:24 | 只看该作者 Only view this author
社长您好 我想请教一下
怎么通过计算了解水溶液中相对比较稳定的水团簇的尺寸 我看有说法是15个水分子是比较稳定的团簇 也有说是12个 那我需要对不同尺寸(15-10)的水分子团簇进行建模、构想搜索、优化再计算水分子之间的键能? 还是有其他比较靠谱的指标? 谢谢社长

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发表于 Post on 2024-7-31 15:22:49 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-7-31 08:11
各位老师好,我想算一个连接着两个芳环的C-C单键旋转时所要翻越的能垒。
请问:
1. OPT=TS用于做构象变化 ...

1. 只要你能画出合理的过渡态初猜,就行
2. 冻结可能可以加速收敛,但是最后报道的结构必须是不冻结的。因为即使主要旋转的是你要研究的这根C-C键,其他键仍然会稍微连带着旋转,如果把后者冻结住了,会导致收敛的结构不是真实的过渡态

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cokie + 2 谢谢老师指教

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-7-31 15:23:25 | 只看该作者 Only view this author
土拔鼠 发表于 2024-7-31 08:12
社长您好 我想请教一下
怎么通过计算了解水溶液中相对比较稳定的水团簇的尺寸 我看有说法是15个水分子是 ...

先定义什么叫相对比较稳定
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-7-31 15:34:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-31 15:08
是分开算。至于D和E要不要分开,需要取决于D和E形成反应复合物的deltaG是正的还是负的

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2024-7-31 17:08:25 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-31 15:23
先定义什么叫相对比较稳定

感谢老师回复 我理解的相对稳定就是同一时间出现以15个水分子组成的团簇的出现概率是最大的 不知道这么理解对不对

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