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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-8-4 16:14:50 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-8-3 17:23
不仅溶液中的结果是这样的,我在固体/晶体中观察到的激基复合物的发光,依然出现上述情况(按说晶体应该 ...

如果涉及一个分子向另一个分子的CT跃迁,那么普通泛函容易低估激发能

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-8-5 00:43:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-8-4 16:14
可以。spin是自旋量子数,Ms是磁量子数

老师还有一个新问题想要请教,更新了ORCA 6.0之后,SOC CORRECTED TD-DFT/TDA-EXCITATION SPECTRA这部分打印的跃迁信息有所变化,比如下面这张图里,ORCA 5会直接写State,全都是 0 1,0 2这样;现在在ORCA 6中用跃迁来表达,0-1.0A显然还是基态(SOC State 0),我highlight出来的这几行表的是意思是从基态跃迁到了SOC 16/19/28 state,对应的混杂后的Spin=2.5/1.6/2.8吗?这个算是一个很大的变化了,在在线手册里没看到有描述。

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发表于 Post on 2024-8-5 01:20:31 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2024-8-4 17:43
老师还有一个新问题想要请教,更新了ORCA 6.0之后,SOC CORRECTED TD-DFT/TDA-EXCITATION SPECTRA这部分 ...

对。我不知道你说的没有描述指的是对哪方面没有描述,可以参考一下https://www.faccts.de/docs/orca/ ... -corrected-spectrum
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2024-8-5 23:43:41 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-8-5 01:20
对。我不知道你说的没有描述指的是对哪方面没有描述,可以参考一下https://www.faccts.de/docs/orca/6.0/ ...

好的 谢谢老师 就是看到小数形式的量子数比较冲击 原来的ORCA没有这么表述过 您发的这段正好有说he multiplicity of the relativistically corrected roots are not well defined anymore。

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发表于 Post on 2024-8-19 09:52:40 | 只看该作者 Only view this author

波函数稳定性stable=opt后Gaussian 坐标不变

尊敬的各位老师:
学生的t1波函数不稳定,相关的输入和输出文件放在附件中。显示该t1波函数已经稳定,接下啦是否是将stable=opt的输出结果放到Gview中存.gjf再加freq进行后面的计算。
另外做stable=opt和直接opt的Gaussian输出的结构.gjf时,并没有发现结构坐标有什么变化(或者说太细微没看到?)。
如果坐标没变的化,不是应该一样的吗?为什么后面的就显示稳定了呢[url=]波函数稳定性.zip    波函数稳定性.zip (150.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) [/url]

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-19 10:55:07 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2024-8-19 09:52
尊敬的各位老师:
学生的t1波函数不稳定,相关的输入和输出文件放在附件中。显示该t1波函数已经稳定,接下 ...

stable=opt是试图对当前几何结构下的波函数进行进一步优化,跟几何结构优化完全是两码事,几何结构显然不可能发生变化。搞清楚基本原理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-21 09:56:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lurensan 于 2024-8-21 11:22 编辑

各位老师好,我对下面的反应进行能垒计算,发现用pm7和b3lyp/6-31g*/iefpcm em=gd3时优化结构都很难收敛。使用gdiis,或者缩短步长也基本没什么效果,先使用loose预优化也需要很长时间才可能收敛。请问是计算方法有问题吗?
另外图中硫代磺酸酯被碳酸铯易裂的过程是亲核进攻的结果吗?
若是使用邻羟基的硫代磺酸酯进行计算,碳酸根更趋于直接夺取羟基的质子,每次把碳酸根放在S的附近,就直接优化成夺取氢的结构,请问有什么办法可以找到碳酸根断裂S-S键的过渡态呢?






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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-21 12:04:27 | 只看该作者 Only view this author
lurensan 发表于 2024-8-21 09:56
各位老师好,我对下面的反应进行能垒计算,发现用pm7和b3lyp/6-31g*/iefpcm em=gd3时优化结构都很难收敛。 ...

这种问题应当单独发帖
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-8-22 17:17:35 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我在尝试解释某分子的实验现象,用molclus计算出分子的Bolzman分布如下,在这种分布比例下,我只考虑构象占比最大的结构并充分计算其性质合理吗,还是说占比百分之十几的那三个结构的性质也要进行充分计算才合理
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发表于 Post on 2024-8-22 21:02:01 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,在td-dft做柔性扫描result-scan里读取的能量跟log文件里,Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =的能量不一致,倘若要看反应的势垒,应当直接从result-scan里导出能量还是从log文件中将每一个优化好的点的Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =读出
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-23 09:03:48 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-8-22 17:17
请问老师,我在尝试解释某分子的实验现象,用molclus计算出分子的Bolzman分布如下,在这种分布比例下,我只 ...

看你研究的性质对构象的敏感性的大小,以及那些主要构象的结构差异大小,没法一概而论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-23 09:05:09 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-8-22 21:02
请问老师,在td-dft做柔性扫描result-scan里读取的能量跟log文件里,Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =的能 ...

哪种都没意义
应当优化激发态势能面的过渡态,和相邻的激发态极小点结构能量求差。柔性扫描通常只能辅助确认合适的过渡态初猜
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发表于 Post on 2024-8-23 09:42:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-23 09:05
哪种都没意义
应当优化激发态势能面的过渡态,和相邻的激发态极小点结构能量求差。柔性扫描通常只能辅助 ...

若绘制三维势能面,请问将多个scan任务的scan-result中的能量用于绘制是有意义的吗?例如我要同时绘制1键长和2键长的势能面,我将1键长设为多个不同的初始值后并固定,扫描2键长,将多个一维任务的result-scan能量导出并绘制势能面是有意义并可行的吗?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-23 09:45:02 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-8-23 09:42
若绘制三维势能面,请问将多个scan任务的scan-result中的能量用于绘制是有意义的吗?例如我要同时绘制1键 ...

如果有特殊目的就是要这样做,原理上可以,只不过gview没法画,需要自己整理数据放到origin、sigmaplot等程序里绘制
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发表于 Post on 2024-8-23 10:01:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-23 09:45
如果有特殊目的就是要这样做,原理上可以,只不过gview没法画,需要自己整理数据放到origin、sigmaplot等 ...

好的 谢谢老师
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