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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-16 22:16:54 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2024-7-16 00:01
请问老师态密度图的纵坐标pDOS,它的单位是什么?有的写a.u.,有的写States/eV,有的不写单位,到底哪一个 ...

单位无所谓。本来DOS主要就是看个形状
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-16 22:18:49 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-7-16 14:45
老师,我找了一个过渡态,看频率的振动方向就很是想要的,但是IRC跑出来的却是两边都是产物,想问一下老师 ...

如果IRC从一开始两侧的轨迹就都是对称的,说明IRC跑得有问题,此文说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-16 23:02:29 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-7-15 19:39
各位老师好 想计算溶剂A与目标物B的相互作用能,E(AB)-E(A)-E(B),用counterpoise=2的方法计算E(AB)复合物 ...

说清楚A到底是什么东西,别那么抽象
一般意义的相互作用能算单体的时候直接用复合物的构型,算结合能时才用单独优化的片段的构型
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发表于 Post on 2024-7-17 09:16:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-16 23:02
说清楚A到底是什么东西,别那么抽象
一般意义的相互作用能算单体的时候直接用复合物的构型,算结合能时 ...

老师,溶剂A是低共熔溶剂,氯化胆碱和乙二醇,计算和目标物的相互作用能。E(A)和E(B)是需要从优化的AB复合物里扣出来计算吗?

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发表于 Post on 2024-7-17 09:21:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-16 23:02
说清楚A到底是什么东西,别那么抽象
一般意义的相互作用能算单体的时候直接用复合物的构型,算结合能时 ...

老师我用genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)这个方法做了之后,发现cl原子和另一个结构的氢键连上了

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发表于 Post on 2024-7-18 17:52:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-16 22:18
如果IRC从一开始两侧的轨迹就都是对称的,说明IRC跑得有问题,此文说了
在Gaussian中计算IRC的方法和常 ...

好的,老师,除了文章中说的问题,会不会可能那个产物的能量太低,就没有这个过渡态,可以直接生成产物?

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发表于 Post on 2024-7-21 00:54:35 | 只看该作者 Only view this author
Hi everyone,
I want to conduct raman through a 2-step in Gaussian. My process is
1.#p opt freq=raman b3lyp/6-31G** polar em=gd3bj
2.#p b3lyp/aug-cc-VTZ geom=read guess=read polar=raman em=gd3bj
However, I always have NtrErr called from FileIO. How can I fix that
Thank you

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发表于 Post on 2024-7-22 14:49:23 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,在计算正丁苯和氧气反应的过渡态时,PhCH2CH(CH3)2+O2 →PhCH·CH(CH3)2 +·OOH,请问TS任务和IRC任务的多重度该怎么设置?怎么确定O2是单重态还是三重态呢?
我尝试了1和3,IRC都能跑出来想要的结果。

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发表于 Post on 2024-7-22 17:45:24 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错

请问各位大佬们,我在计算铀酰离子和12冠醚4时用到了ECPMWB_SEG这个赝势,但是它的报错我不知道如何解决?自定义赝势我是在Institute for Theoretical Chemistry (uni-koeln.de)这个网站上复制的。以下是我的输入文件和输出文件。 12c4-u1.gjf (3.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) 12c4-u1.log (59.11 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)


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发表于 Post on 2024-7-22 17:56:28 | 只看该作者 Only view this author
咋看着格式不太对,你是不是没勾选Gaussian格式,复制了一波其他量化软件的格式了。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2024-7-22 17:59:50 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2024-7-22 17:56
咋看着格式不太对,你是不是没勾选Gaussian格式,复制了一波其他量化软件的格式了。

我去检查一下,谢谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-23 03:51:38 | 只看该作者 Only view this author
Miao 发表于 2024-7-22 14:49
各位老师好,在计算正丁苯和氧气反应的过渡态时,PhCH2CH(CH3)2+O2 →PhCH·CH(CH3)2 +·OOH,请问TS任务和 ...

不应把自旋多重度简写

参与反应的氧气既可以是单重态的也可以是三重态的。两个结果都可以给出,并且可以考察MECP
使用sobMECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286http://bbs.keinsci.com/thread-865-1-1.html
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moiumuio 发表于 2024-7-21 00:54
Hi everyone,
I want to conduct raman through a 2-step in Gaussian. My process is
1.#p opt freq=ram ...

It is simply a bug
In addition, in step 1, "polar" should not be specified
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-23 03:54:34 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2024-7-18 17:52
好的,老师,除了文章中说的问题,会不会可能那个产物的能量太低,就没有这个过渡态,可以直接生成产物?

语义不明
你既然能搜索出过渡态,直接证明当前级别对应的势能面下此过渡态是存在的。无论势垒高低,原理上都能跑IRC
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gaojiahao 发表于 2024-7-22 17:45
请问各位大佬们,我在计算铀酰离子和12冠醚4时用到了ECPMWB_SEG这个赝势,但是它的报错我不知道如何解决? ...

好好看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html再发帖,以后发帖不得用“高斯报错”这种严重违规的标题名!
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