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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-7-23 08:04:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-23 03:51
不应把自旋多重度简写

参与反应的氧气既可以是单重态的也可以是三重态的。两个结果都可以给出,并且可 ...

感谢sob老师!我再学习学习。

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发表于 Post on 2024-7-23 12:36:05 | 只看该作者 Only view this author

高斯报错解决求助

输入文件关键词:
%nprocshared=64
%mem=96GB
%chk=***.chk
# opt=modredundant td=(nstates=6) wb97xd/6-31+g(d,p) scrf=(SMD, solvent=water)

输出文件后几行:
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
Error on total polarization charges =  0.08169
SCF Done:  E(RwB97XD) =  -1915.61196659     A.U. after  129 cycles
            NFock=128  Conv=0.37D-04     -V/T= 2.0076
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =      13.21
(included in total energy above)
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public/home/acgcwoz92l/software/g16/l502.exe at Mon Jul 22 13:49:54 2024.
Job cpu time:       6 days 11 hours 21 minutes  0.4 seconds.
Elapsed time:       0 days  2 hours 32 minutes 16.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   3661 Int=      0 D2E=      0 Chk=    184 Scr=      1

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发表于 Post on 2024-7-23 13:34:05 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-7-23 13:47:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-7-23 13:49 编辑

除了阅读上述两个链接,我补充两点:(1)结构优化最好不要用SMD隐式溶剂模型,建议采用默认的IEFPCM。SMD虽然比IEFPCM准,但经常会带来SCF难收敛问题(即使能收敛,SCF圈数也很多),给自己找罪受;(2)激发态势能面下 不是一定存在 局域极小点,这点不像基态结构优化,你要观察最后几帧的结构是否合理,如果已经有明显断键之类的,或者有负激发能出现,那就不是去解决SCF不收敛了,SCF不收敛只是表象问题。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2024-7-23 21:51:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-23 03:52
It is simply a bug
In addition, in step 1, "polar" should not be specified

Hi teacher,
Can I ask about the proper way to do that? I've tried with and without polar but nothing change
Thank you

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 04:34:20 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-7-17 09:21
老师我用genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具 - 量子化学 (Quantum Chemistr ...

不存在什么必然问题,本来这样能量就可能相对较低。没具体输入文件没法说,至少体现出什么计算级别、净电荷和自旋多重度,是否考虑了隐式溶剂模型等因素
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 04:36:15 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-7-23 21:51
Hi teacher,
Can I ask about the proper way to do that? I've tried with and without polar but noth ...

No workaround as far as I know
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 04:47:23 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-7-23 12:36
输入文件关键词:
%nprocshared=64
%mem=96GB

以后发帖时不要用“高斯报错解决求助”这种标题,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
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发表于 Post on 2024-7-24 09:41:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-7-3 14:21
就是看前线轨道成分和布居数(不仅看电荷也看自旋)

老师好,动力学模拟轨迹取点几个,经过Gaussian计算时添加stable=opt后发现确实之前单点计算出的波函数是不稳定的,目前几个BS态已经优化到稳定波函数,但是同样添加stable=opt后T态显示The wavefunction has an internal instability,且并没有优化到稳定波函数,想请教一下:1 对于T态波函数不稳定情况,是这样添加stable=opt计算吗?如何使T态也优化到稳定波函数呢?2 之前预想计算多个单点澄清动态变化,而进行stable=opt确实非常耗时,(研究含两个过剩电子的笼状体系的磁性,B3lyp-D3BJ/6-311+g(d,p)水平)请问是否可以降低计算水平或其他方法减少耗时而能使其优化到稳定波函数呢?

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发表于 Post on 2024-7-24 16:38:26 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-7-24 02:41
老师好,动力学模拟轨迹取点几个,经过Gaussian计算时添加stable=opt后发现确实之前单点计算出的波函数是 ...

1. 是的。“没有优化到稳定波函数”指的是程序不断提示有instability,还是出现了scf不收敛?后者应该按解决scf不收敛的方法解决
2. 如果已知稳定波函数应该长什么样,那么可能可以用片段初猜的方法。否则stable=opt已经是最快的方法了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-7-24 18:22:21 | 只看该作者 Only view this author

gview里原子间键的消失

gjf文件里我连上两个原子之前的的健 然后我保存了 然后再打开这个文件 键为啥又消失了 ,这个对后续的优化有影响吗?

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发表于 Post on 2024-7-24 18:25:19 | 只看该作者 Only view this author
有些时候 优化出来的产物中 本来之前连接好的键 优化出来之后也没有了 这是为啥呀

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发表于 Post on 2024-7-24 18:30:40 | 只看该作者 Only view this author
论坛建议在原贴而不是楼下补充提问内容。
参考卢老师博文《谈谈原子间是否成键的判断问题》。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-24 21:45:46 | 只看该作者 Only view this author
baida 发表于 2024-7-24 18:22
gjf文件里我连上两个原子之前的的健 然后我保存了 然后再打开这个文件 键为啥又消失了 ,这个对后续的优化 ...

谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
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发表于 Post on 2024-7-25 09:59:30 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好 我在用IRI方法研究金属和苯环的弱相互作用,如图所示,呈现了一个蓝色的圆环,想问一下这个怎么解释(PS:我以前好像看过一个博文还是提问解释了这个,但找不到了),谢谢各位老师

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