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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-10 22:53:53 | 只看该作者 Only view this author
z782393229 发表于 2024-9-10 18:07
请教下大佬,在CFOUR中算完得到的MOLDEN文件中每个分子轨道所显示的原子轨道组分中原子轨道的数量为什么会 ...

没具体文件没法说
原理上,当程序自动消除线性依赖基函数的时候,解出来的分子轨道数会少于基函数数目
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-13 12:29:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-10 22:53
没具体文件没法说
原理上,当程序自动消除线性依赖基函数的时候,解出来的分子轨道数会少于基函数数目

谢谢sob老师,这里还想问下。我分析后得到cub文件,然后使用VMD可视化。如何使得某具体原子所显示的分子轨道变小,从而达到突出我想看的原子的分子轨道的目的。

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发表于 Post on 2024-9-13 15:02:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-9-10 15:38
对,但注意自旋污染问题,如果自旋污染太严重可以改用X-TDDFT或多参考态方法

谢谢老师!按照这种方法,我现在算出来的第一激发能为负值,可能是优化的T1波函数不稳定导致的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 15:49:34 | 只看该作者 Only view this author
z782393229 发表于 2024-9-13 12:29
谢谢sob老师,这里还想问下。我分析后得到cub文件,然后使用VMD可视化。如何使得某具体原子所显示的分子 ...

没办法变小,但可以用Multiwfn屏蔽掉不关注的区域的原子对轨道的贡献,下文说了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
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发表于 Post on 2024-9-13 15:57:22 | 只看该作者 Only view this author

各位老师好,醋酸纤维的三个重复单元经过Gaussian优化失败,请问如何解决。

本帖最后由 cgy 于 2024-9-13 17:38 编辑

  各位老师好,对于醋酸纤维素的三个重复单元,首先我用Gaussian View构建,随后用Gaussian优化和振动分析,经过128个循环后,但是还是没有优化成功,请问如何解决,谢谢老师。
  三个重复单元示意图和gjf文件已上传。
  做三个重复单元的目的是产生top文件来构建高分子链。用gromacs去做模拟。

屏幕截图 2024-09-13 154847.jpg (71.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

构建的三个醋酸纤维素重复单元

构建的三个醋酸纤维素重复单元

CA1.gjf

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CA1.zip

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发表于 Post on 2024-9-13 16:02:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-13 15:49
没办法变小,但可以用Multiwfn屏蔽掉不关注的区域的原子对轨道的贡献,下文说了
使用Multiwfn观看分子轨 ...

好的,感谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 17:06:27 | 只看该作者 Only view this author
cgy 发表于 2024-9-13 15:57
各位老师好,对于醋酸纤维素的三个重复单元,首先我用Gaussian View构建,随后用Gaussian优化和振动分析 ...

那叫GaussView
必须带D3校正,仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://sobereva.com/413

“没有优化成功”指代不明,自觉说报错
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发表于 Post on 2024-9-13 17:37:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-13 17:06
那叫GaussView
必须带D3校正,仔细看
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”

社长,最后out文件显示的是如下提示,我也将out文件上传了,谢谢老师。
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2745.91385306     A.U. after  129 cycles
             Convg  =    0.7324D-08             -V/T =  1.9998
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 2.1197 S= 1.0394
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     2.1197,   after     1.9480
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l502.exe at Fri Sep 13 14:36:05 2024.
Job cpu time:  1 days 18 hours 57 minutes 50.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=   1478 Int=      0 D2E=      0 Chk=     95 Scr=      1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-13 17:45:20 | 只看该作者 Only view this author
cgy 发表于 2024-9-13 17:37
社长,最后out文件显示的是如下提示,我也将out文件上传了,谢谢老师。
SCF Done:  E(UB3LYP) =  -2745. ...

C62、C2等原子少氢,这是硬伤,注意检查结构合理性再算。
其它信息看
解决SCF不收敛问题的方法
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发表于 Post on 2024-9-13 17:50:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-13 17:45
C62、C2等原子少氢,这是硬伤,注意检查结构合理性再算。
其它信息看
解决SCF不收敛问题的方法

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-9-13 22:21:23 | 只看该作者 Only view this author
archer 发表于 2024-9-13 08:02
谢谢老师!按照这种方法,我现在算出来的第一激发能为负值,可能是优化的T1波函数不稳定导致的吗?

有可能。还有一种办法是用S0做参考态,算出所有的T态以后,用Tn的能量减去T1的能量
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-9-14 17:25:17 | 只看该作者 Only view this author

g16计算过渡态提交作业后一步也不算,但作业也不挂

我用G16计算的这个过渡态提交作业后十几个小时一步循环也没有,我就把作业杀了,输入输出文件都已经上传,想让老师们帮我看下这是怎么回事,哪里出了问题?

li-ts-r-1-2.gjf

7.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

li-ts-r-1-2.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-14 18:38:33 | 只看该作者 Only view this author
剑与玫瑰 发表于 2024-9-14 17:25
我用G16计算的这个过渡态提交作业后十几个小时一步循环也没有,我就把作业杀了,输入输出文件都已经上传, ...

看清楚版块再发帖,Gaussian的问题别发到分子模拟版块,以后注意。这次给你移动了

这速度大概率是没有并行计算,或者CPU真的巨弱
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发表于 Post on 2024-9-16 19:58:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-14 18:38
看清楚版块再发帖,Gaussian的问题别发到分子模拟版块,以后注意。这次给你移动了

这速度大概率是没有 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2024-9-17 14:55:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2024-9-17 14:56 编辑

各位老师好,请问对于限制性优化势能面扫描任务,应该选取哪里的能量呢?
具体案例是:对于一个分子,我固定了其1个二面角,用TD-DFT从0度柔性扫描到90度,采用gaussian16, TD-PBE0-D3BJ/6-31G*/iefPCM=THF(自由优化时,TDDFT方法在0度能量最低),但结果有些问题:

1> 我发现选用电子能量来绘制扫描结果,从0到90度是单调递增的;
2> 我用“Sum of electronic and thermal Free Energies”绘制扫描结果时,从0到90度为单调递减。

我不太明白我应该用哪个结果来作为最终的结果使用,我询问了一些朋友,大多都只是用电子能,我自己能考虑到的一点就是,上述两个结果造成的定性相反的结论,是否是因为我在用“Sum of electronic and thermal Free Energies”的结果绘制之前,没有减去溶解能呢?

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