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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-8-31 11:46:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-31 05:36
理论方法只能写一遍

老师,后面那个是色散矫正

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发表于 Post on 2024-8-31 12:04:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-31 05:37
可以用
Multiwfn做AIM拓扑分析的方法用起来更简单,也可以考虑

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2024-8-31 12:33:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-31 05:36
理论方法只能写一遍

老师,后面那个是色散矫正

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发表于 Post on 2024-8-31 15:40:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-31 05:54
我不用这种非主流方法
如果是普通双杂化泛函,当前体系完全算得动

谢谢sob老师回复,我用RS-PBEP86/SOS-ADC(2)的方法是因为分子含有部分双激发的特征,用TD-DFT结合双杂化泛函激发能算的不太准,同时在波函数分析上也怕无法正确描述跃迁过程。就是用这个方法已经算了两天了,还没有结束的迹象,就不太清楚能不能算的动,量化方法上是否有更优解。

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发表于 Post on 2024-8-31 17:11:36 | 只看该作者 Only view this author

过渡态一直不收敛

之前做过一个过渡态li-CF3-R-2-2,做成功了。后来核磁结果显示N-H与O有相互作用,就在li-CF3-R-2-2基础上改变了一些支链构象作业为li-TS-R3.6,然后就一直不收敛了,想咨询下大家这是什么情况,两个作业的输入输出文件都在上传的压缩包里。

新建文件夹.zip

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发表于 Post on 2024-9-1 10:32:57 | 只看该作者 Only view this author
Qze 发表于 2024-8-31 04:46
老师,后面那个是色散矫正

b2plypd3是B2PLYP这个泛函加上B2PLYP的色散校正,不是色散校正本身。所以你的泛函确实写了两遍
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-2 07:07:35 | 只看该作者 Only view this author
Qze 发表于 2024-8-31 11:46
老师,后面那个是色散矫正

b3lyp和b2plypd3明明是两个泛函
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-2 07:09:10 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-8-31 15:40
谢谢sob老师回复,我用RS-PBEP86/SOS-ADC(2)的方法是因为分子含有部分双激发的特征,用TD-DFT结合双杂化 ...

能算双激发的方法里,基本上没有更便宜的了
不建议上来就算一个较大体系,要不然卡主算不完心里也没数。应当先算一系列从小到大的体系,便于对耗时有个估计
MRSF-TDDFT也能算双激发,见J. Chem. Theory Comput., 17, 975–984 (2021)。实在没辙的话也可以试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-2 09:12:08 | 只看该作者 Only view this author
剑与玫瑰 发表于 2024-8-31 17:11
之前做过一个过渡态li-CF3-R-2-2,做成功了。后来核磁结果显示N-H与O有相互作用,就在li-CF3-R-2-2基础上改 ...

不是不收敛的事,纯粹是异常中断
Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词再试
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和软件环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
5 被任务作业调度系统杀了(如超过了任务执行时间上限等原因),咨询管理员
6 内存分配得不够。增大%mem或配置文件里的默认的内存设置。也可能虽然内存分配得够,但实际空余物理内存不够,或者一开始空余物理内存够但运行中途有其它程序占了过多内存
7 计算机硬件不稳定,检修或换成其它机子

另外,别写多余的关键词,诸如当前根本没读取自定义溶剂信息,scrf里写read完全多余,nrscale对于找过渡态本来就是默认的,scrf里的pcm本来就是默认的,用modred找到过渡态的成功几率、顺利收敛的可能性远低于用calcfc
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wzkchem5 发表于 2024-9-1 10:32
b2plypd3是B2PLYP这个泛函加上B2PLYP的色散校正,不是色散校正本身。所以你的泛函确实写了两遍

明白了老师,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-9-3 12:32:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-2 07:07
b3lyp和b2plypd3明明是两个泛函

明白了,谢谢

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发表于 Post on 2024-9-5 17:06:19 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,用柔性扫描做激发态S1的烯键二面角的扫描,中间过程特定角度达到最大步长,位移收敛,受力不收敛,这个能量数据可以用吗?如果能量不可以用,怎么调整可以有助于收敛?
文件头 opt=modredundant td b3lyp/6-31g(d), 收敛情况如下图:

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-6 00:01:14 | 只看该作者 Only view this author
yaoshi1206 发表于 2024-9-5 17:06
请教老师,用柔性扫描做激发态S1的烯键二面角的扫描,中间过程特定角度达到最大步长,位移收敛,受力不收敛 ...

没法用
这种情况的扫描本身就不适合TDDFT,应当用spin flip TDDFT或者CASSCF/多参考方法
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发表于 Post on 2024-9-7 02:23:44 | 只看该作者 Only view this author

orca6.0.0的使用

有没有大佬,可以回答一下ORCA 6.0.0, Windows, 64bit, autoci / parallel part ;ORCA 6.0.0, Windows, 64bit, autoci part 和ORCA 6.0.0, Windows, 64bit, Installer三个安装包有什么区别吗?

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发表于 Post on 2024-9-7 02:31:54 | 只看该作者 Only view this author
在个人电脑可以使用orca吗?像Y9000P能带动软件运行吗?

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