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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-23 23:38:38 | 只看该作者 Only view this author
15670538028 发表于 2024-9-23 09:15
谢谢老师,现在这个体系我加上两个单电子后算出结合后B-N2的能量低于结合前(B,N2)的能量(低5kcal/mol ...

“加上两个单电子”意义不明

有没有过渡态做个势能面扫描,或者结合后的结构与初始复合物状态(假设能优化得出来的话)之间的NEB便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-24 10:45:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Gingerhead-Xiao 于 2024-9-24 11:03 编辑

哇,社长亲自来了,老师好!谢谢老师,问题已经解决


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发表于 Post on 2024-9-24 23:28:25 | 只看该作者 Only view this author
卢老师你好,我在重复课题组前期研究的计算结果时很难重复出师兄师姐的结果(从搭建分子模型开始),在观看完您的博文678后我采用了和前期实验相同的计算方法和参数设置,但是仍然无法重复出相应的数据。我们计算的内容主要为离子液体催化反应的机理模拟,催化剂内包含30-50个原子,反应物分子结构比较简单,不超过10原子。因此我推测是体系较大,中间构象较多导致的。想请教一下卢老师有没有大量搜索中间体构象的方法?博文276中提到的molclus可以实现这一目标吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-25 00:47:05 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2024-9-24 23:28
卢老师你好,我在重复课题组前期研究的计算结果时很难重复出师兄师姐的结果(从搭建分子模型开始),在观看 ...

你得事先知道中间体是什么才能对其做构象搜索。如果已经知道了,可以用molclus
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-25 15:54:25 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian 出现下列代码,然后计算停止。

新买的电脑24核,在win11上安装的Gaussian09,发现出现以下代码,无法进行计算。哪位大佬知道这是为什么?



nuclear repulsion energy       331.1193828095 Hartrees.
NAtoms=   10 NActive=   10 NUniq=    5 SFac= 4.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.


DMSO.gjf

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DMSO.LOG

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发表于 Post on 2024-9-25 17:20:25 | 只看该作者 Only view this author
这个DMSO的初始结构太不合理了.
从log文件来看,这就是突然终止了.不存在报错信息

再提交试试,看看还会不会这样,话说你是不是看他日志没更新就以为结束了?
如果重复提交还这样,可能是Gaussian版本的问题了,也可能是与Windrows的兼容性问题.

202409251717322682..png (31.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

202409251717322682..png

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发表于 Post on 2024-9-25 17:25:27 | 只看该作者 Only view this author
单纯没算完,我这里 36s 出结果


DMSO.log

273.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2024-9-25 21:02:21 | 只看该作者 Only view this author
各位老师们好,我在VM虚拟机ubuntu上安装好了高斯,在命令行输入gif文件运行,出现了错误,请问各位老师,这种情况需要如何解决?

微信图片_20240925205910.png (380.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

微信图片_20240925205910.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-25 21:55:48 | 只看该作者 Only view this author
xionglvnan 发表于 2024-9-25 21:02
各位老师们好,我在VM虚拟机ubuntu上安装好了高斯,在命令行输入gif文件运行,出现了错误,请问各位老师, ...

分清楚gif和gjf
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-25 21:56:54 | 只看该作者 Only view this author
1159042428 发表于 2024-9-25 15:54
新买的电脑24核,在win11上安装的Gaussian09,发现出现以下代码,无法进行计算。哪位大佬知道这是为什么?
...

那叫提示,不叫代码
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

根本不是报错或者异常,如果Gaussian直接停了,老生常谈的问题:
Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词再试
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和软件环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
5 被任务作业调度系统杀了(如超过了任务执行时间上限等原因),咨询管理员
6 内存分配得不够。增大%mem或配置文件里的默认的内存设置。也可能虽然内存分配得够,但实际空余物理内存不够,或者一开始空余物理内存够但运行中途有其它程序占了过多内存
7 计算机硬件不稳定,检修或换成其它机子
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发表于 Post on 2024-9-26 10:06:46 | 只看该作者 Only view this author

没仔细看,我还一直以为是gif,原来是gjf,多谢老师的指导!

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发表于 Post on 2024-9-26 16:16:17 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,看到sob老师的一篇博文上说过,做结构优化及振动分析,体系中有阴离子时,可以不加弥散函数,可以在做单点能的时候加上弥散函数,但是结构优化振动分析须用≥3-zeta基组,因为我的结构中有氟原子,所以我选了6-311G**的基组(属于3-zeta基组),但是我看了一些文献他们对自己的结构做优化和振动分析用的是6-311G*基组,没有对氢进行极化,而且之前好像看过有人写过不要轻易对氢进行极化,所以我想请问各位老师我选6-311G**基组对结构优化和振动分析作出的结果能用吗?这是我结构优化的gjf和out文件,振动分析还在运行。

gjf and out.zip

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-27 00:12:24 | 只看该作者 Only view this author
xionglvnan 发表于 2024-9-26 16:16
各位老师好,看到sob老师的一篇博文上说过,做结构优化及振动分析,体系中有阴离子时,可以不加弥散函数, ...


“不要轻易对氢进行极化”只是说没必要的时候不值得为此多花时间,而不是不能带极化
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发表于 Post on 2024-9-27 09:25:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-27 00:12

“不要轻易对氢进行极化”只是说没必要的时候不值得为此多花时间,而不是不能带极化

感谢sob老师的解答,多谢老师!

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发表于 Post on 2024-9-27 14:28:19 | 只看该作者 Only view this author

G16 计算出现L101错误,不知道问题出在哪里

想利用gaussian对一个药物分子做结构优化处理,但出现L101问题,自己去查找后没有找到具体原因,求助各位大佬解答!
End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /home/user/sob/g16/l101.exe at Fri Sep 27 14:09:25 2024.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  3.6 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      6 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1


1-2.gjf

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1-2.log

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