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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2024-9-17 17:16:42 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2024-9-17 07:55
各位老师好,请问对于限制性优化势能面扫描任务,应该选取哪里的能量呢?
具体案例是:对于一个分子,我固 ...

freq算出来的自由能,一般只在梯度为0的点有意义。在梯度非0的点,如果把扫描方向上的分量投影掉,或者扫描方向上有虚频,那么freq给出的自由能结果是PMF,不是自由能;否则结果连PMF都不是,没有物理意义
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2024-9-17 18:15:17 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-9-17 17:16
freq算出来的自由能,一般只在梯度为0的点有意义。在梯度非0的点,如果把扫描方向上的分量投影掉,或者扫 ...

理解了,感谢老师的指导

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发表于 Post on 2024-9-18 14:53:07 | 只看该作者 Only view this author

结构优化时出现了l101错误

高斯结构优化锂单质时,出现
/home/LAB/install-program/g16/l101.exe

高斯输入文件如下,请问是啥问题

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3814#
发表于 Post on 2024-9-18 16:13:50 | 只看该作者 Only view this author
输入文件的结尾多打几个回车
遇到报错可以先看看这个帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

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发表于 Post on 2024-9-18 16:26:10 | 只看该作者 Only view this author
Loading0760 发表于 2024-9-18 16:13
输入文件的结尾多打几个回车
遇到报错可以先看看这个帖子
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

感谢,已解决

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发表于 Post on 2024-9-18 17:49:01 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我想问一下如何在打印出的分子轨道中,分析某个轨道为成键轨道或者反键轨道,例如计算了CO,有西格玛、pai、δ类型的轨道,我如何从能量上分析某个轨道为pai成键轨道和pai反键轨道?是不是需要计算单个原子进行轨道能量对比么?

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发表于 Post on 2024-9-18 17:50:04 | 只看该作者 Only view this author
高斯计算100来个原子的体系出现报错

报错信息:
slurmstepd: error: Detected 2 oom-kill event(s) in StepId=10040687.batch. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.

输入文件关键词:
%nprocshared=64
%mem=96GB
%chk=C+L+OOH.chk
# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/6-31+g(d,p)

输出文件最后几行:
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7532,   after     0.7500
DoSCS=F DFT=T ScalE2(SS,OS)=  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:     1  1122
NBasis=  1127 NAE=   185 NBE=   184 NFC=     0 NFV=     0
NROrb=   1122 NOA=   185 NOB=   184 NVA=   937 NVB=   938

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.13518270D+03


**** Warning!!: The largest beta MO coefficient is  0.13528709D+03


**** Warning!!: The smallest beta delta epsilon is  0.73721444D-01


应该怎么更改内存设置呢 将96GB改为多少合适?

202409181747499116..gif (13.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202409181747499116..gif

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-18 22:40:55 | 只看该作者 Only view this author
z782393229 发表于 2024-9-18 17:49
各位老师好,我想问一下如何在打印出的分子轨道中,分析某个轨道为成键轨道或者反键轨道,例如计算了CO,有 ...

看能量干嘛
直接看轨道图形判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-9-19 12:28:46 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我问一个比较基础的问题,CCSD(T)表示是以微扰方法处理三重激发,在高斯软件里面CCSD(T)表示include triples,这里默认的就是微扰方法处理三重激发吗?还是表示的是CCSDT呀?高斯里面还有CCSD(T,E4T)表示include MP4 triples,以4阶微扰方法处理三重激发。所以我想问一般说的CCSD(T)方法在高斯里面指的是CCSD(T)还是CCSD(T,E4T)呀?

202409191212508428..png (10.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on 2024-9-19 15:34:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-18 22:40
看能量干嘛
直接看轨道图形判断

好的,sob老师!还有一个问题,我是用cfour的,输出文件的MOLDEN我没有使用MOLDEN2aim转换也依然使用了,这样看出来的分子轨道会不准确吗?如何使用MOLDEN2aim

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-20 04:33:34 | 只看该作者 Only view this author
z782393229 发表于 2024-9-19 15:34
好的,sob老师!还有一个问题,我是用cfour的,输出文件的MOLDEN我没有使用MOLDEN2aim转换也依然使用了, ...

“使用了”语义不明
如果你是指Multiwfn看轨道、做波函数分析之类,按Multiwfn手册6.5节说的对波函数进行合理性检测,能通过测试就行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-20 04:34:26 | 只看该作者 Only view this author
Cuper-x 发表于 2024-9-19 12:28
老师好,我问一个比较基础的问题,CCSD(T)表示是以微扰方法处理三重激发,在高斯软件里面CCSD(T)表示in ...

别拿gview的这个界面说事。正经用Gaussian的基本没有用这个界面产生输入文件的
Gaussian手册里该写的都写了。始终拿具体关键词说事。直接写CCSD(T)关键词就是一般意义的CCSD(T)
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发表于 Post on 2024-9-20 16:07:46 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问对于“自旋轨道耦合矩阵元的模平方再开根号”后得到的数值(单位为cm-1),标准名称应该叫什么呢?中文语境下很多人都称其为“旋轨耦合常数”,英文中,文章中存在“Spin-orbit couplings,Spin-orbit coupling matrix element (SOCME),  Spin-orbit coupling constant” 等等称呼,虽然似乎大家看到公式以及名称都大概能明白实在说什么,但有没有一个标准(准确)的英文名称呢?谢谢各位老师

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发表于 Post on 2024-9-21 23:45:04 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,我计算焓变的过程中涉及到质子的焓,我查阅了下之前论坛里的回复,还是有些不清楚,气相下(298K,1atm)我知道直接用H(H+)=6.3194KJ/mol,但是我的计算都是在水相下算的,都加了隐式溶剂模型,此时质子焓该取多少呢还是要单独算呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-9-22 02:40:08 | 只看该作者 Only view this author
kl19990215 发表于 2024-9-21 23:45
请教各位老师,我计算焓变的过程中涉及到质子的焓,我查阅了下之前论坛里的回复,还是有些不清楚,气相下( ...

质子气相的焓加上质子的溶解焓作为质子在溶剂环境下的焓

参考北京科音中级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KBQC_content.html)这页ppt:

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