简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988

请教一下各位老师，使用KiSThelP的RRKM计算单分子反应速率常数时，看如图的这个界面只能得到某个温度的HPL速率常数，轻微高压极限速率常数随温度的变化值如何得到呢？直接把压力设置成超级大，温度范围设置需要500-2000k的是不是就可以了呢？谢谢。

wpj123

老师你好，我在用def2-tzvpd时出现错误，我把def2-tzvpd文件放在c盘下
这是报错部分
Rotational constants (GHZ):      0.3147336      0.2468044      0.1748890
General basis read from cards:  (5D, 7F)
QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
def2-tzvpd
'
Last state= "Top"
TCursr=      2669 LCursr=         0
Error reading general basis specification.
Error termination via Lnk1e in D:\G09W\l301.exe at Fri Feb 03 18:09:21 2023.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

下面是我的输入文件%nproc=1
%mem=1gb
%chk=D:\guassianwenjian\AlCuCl5-.chk
# pbe1pbe/genecp  em=gd3bj int=fine

a

0 1
C        -4.0639490        -0.3008180        -0.7275300
C        -2.5593550        -0.3786510        -0.7363290
N        -1.9922290        -1.2955740        0.3137500
H        -4.3656230        0.3776690        -1.5353600
H        -4.4577020        0.1249870        0.2051110
H        -2.1065720        0.6088470        -0.5741490
H        -2.1693890        -0.7400920        -1.6936010
Al        2.0634500        -0.6366040        -0.0610690
Cl        1.0000040        -1.7874330        1.4685620
Cl        0.7040220        -0.5041240        -1.7504000
Cl        4.0052080        -1.3829920        -0.4728160
Cl        2.2310450        1.4610060        0.7282860
H        -4.5496580        -1.2696400        -0.9118430
H        -0.8682990        0.6475340        1.9319870
C        -1.8574170        -3.2654660        -1.2479330
H        -0.8039110        -3.0229990        -1.4439330
H        -1.9564900        -4.3579810        -1.2512510
H        -2.4714620        -2.8776590        -2.0704520
C        -2.3492000        -0.9115990        1.7201640
H        -1.8256770        -1.6369720        2.3566260
H        -3.4282970        -1.0842460        1.8278590
C        -2.2955020        -2.7481340        0.0994150
H        -3.3734820        -2.8748080        0.2673120
H        -1.7662190        -3.2754800        0.9045320
H        -0.9625410        -1.2101500        0.2488110
Cu        0.3147850        2.2406610        -0.0332680
Cl        -1.5767100        3.0189970        -0.5899780

C H N Al
def2tzvp
****
Cl
def2-tzvpd
****

@C:\def2-tzvpd.1.txt

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-3 10:13
请教一下各位老师，图片里的ε/R的单位是K^-1，ε=175*R，但是此时ε的单位如何从J/mol/K/K换算成cm^-1呢？ ...

我怀疑是写错了，单位应该是K。单位是K^-1的量作为势阱深度，感觉有点说不过去，因为K这个单位代表温度，温度和能量是成正比的，温度的-1次方和能量应该成反比才对

cll

计算键能时，从高分子的交联结构中选取片段来计算键能并进行比较，有些结构中带有环状结构（比如苯环），但不是完全对称，这种情况可以使用use symmety吗？如果使用，那么在计算没有带苯环结构的键能时不使用use symmetry，会不会导致设置的参数不一致从而比较的结果没有说服性？

wzkchem5

cll 发表于 2023-2-3 14:07
计算键能时，从高分子的交联结构中选取片段来计算键能并进行比较，有些结构中带有环状结构（比如苯环），但 ...

只有整个分子整体严格对称，才能use symmetry，哪怕有局部结构是严格对称的也不行。比如一个复杂的非对称分子里有一个苯环，这个苯环即使是严格的正六边形，也不能利用这个对称性。
至少对于基态计算，且基态不存在简并性的情形而言，是否用对称性不需要统一，因为当分子有对称性时，用不用对称性的计算结果可以证明是严格一致的，只是计算时间以及计算结果分析的难易有区别。如果理论级别的某个区别可以从数学上证明不影响结果，那这个方面就可以不统一。类似的比如，SCF收敛加不加level shift、几何优化算不算初始Hessian，这些方面都不需要统一，原理完全一样。

sobereva

wpj123 发表于 2023-2-3 18:18
老师你好，我在用def2-tzvpd时出现错误，我把def2-tzvpd文件放在c盘下
这是报错部分
Rotational constant ...

仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

你include了def2-TZVPD的基组定义文件不代表你在Gaussian里能直接用def2-TZVPD名字使用这个基组

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-3 17:34
请教一下各位老师，使用KiSThelP的RRKM计算单分子反应速率常数时，看如图的这个界面只能得到某个温度的HPL ...

是

11111111m

请问大家，如何从cif文件中提取单个分子的坐标？

wzkchem5

11111111m 发表于 2023-2-4 08:35
请问大家，如何从cif文件中提取单个分子的坐标？

用Mercury打开，另存为成xyz格式

11111111m

wzkchem5 发表于 2023-2-4 16:24
用Mercury打开，另存为成xyz格式

mercury是收费软件吗，好像要激活？

11111111m

11111111m 发表于 2023-2-4 17:38
mercury是收费软件吗，好像要激活？

解决了

sobereva

11111111m 发表于 2023-2-4 15:35
请问大家，如何从cif文件中提取单个分子的坐标？

Multiwfn可以直接把分子保留完整，下文说了
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

xiayu1985

请问各位大佬几个问题。
1.QM/MM和QM/MM MD在应用领域、功能（计算哪些属性）和解决什么样的问题（或者说什么时候需要QM/MM,什么时候需要QM/MM MD?）等方面有什么区别？
2.通过第三方软件结合（pupill,chemshell）和不需要第三方软件结合进行计算，这两种方式各有什么优势和差别？
3.Hybrid QM/MM的计算方式，有没有比较广泛的搭配方式。比如，Gromacs+Gaussian比其他软件使用的更多，更广泛。

sobereva

xiayu1985 发表于 2023-2-6 22:06
请问各位大佬几个问题。
1.QM/MM和QM/MM MD在应用领域、功能（计算哪些属性）和解决什么样的问题（或者说 ...

1 需要考虑随时间变化的问题，或者需要动力学采样的问题，要结合MD
2 程序自己有原生的接口就没必要用第三方接口程序。不过如果程序自己的接口做得不完善的话，第三方接口可能能提供更多功能，而且利用第三方接口可能能用更多的QM和MM程序的组合。另外，有的程序自己就又能做QM又能做MM，比如Gaussian、CP2K、ORCA，如果自己的功能就能满足需要了，都不需要结合额外的程序。
3 GROMACS的Gaussian接口处于残废状态。
AMBER+Gaussian是很成熟的QM/MM组合，特别是生物分子体系。较新版本GROMACS也可以和CP2K联用做QM/MM。还有NAMD结合ORCA等。
材料类，CP2K的QM/MM就不错

糖糖糖豆9988

请教一下各位老师，对于如图所示的联环丁烷，C8/C9，以及相应C10/C11是不是等效氢呢？谢谢老师