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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2026-7-5 17:14:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-5 04:18
Shermo里设置成343 K,用Shermo默认的quasi-RRHO模型,并且讨论反应过程中焓变和-TΔS项的影响,就完了
...

好的,谢谢老师,我的体系是Ce和C, N, O, B, H, Si元素组成的,优化给Ce用的是MWB47,其他的元素是6-31G(d), 实验是Ce的三配位,而且也不是阳离子,我本来是用的Ce的SDD优化,电荷是0,多重度是2,后来有个老师说可以用MWB47,电荷是0,多重度是1,我就用的这个。单点能用的是MWB28,电荷是0,多重度为2。但是审稿人质疑可能存在自旋污染,我是不是应该看单点能的.log文件的<S**2>数值,例如下面这个的<S**2>=0.7543
Error on total polarization charges =  0.05420
SCF Done:  E(UM06L) =  -3446.48606880     A.U. after  108 cycles
            NFock=108  Conv=0.57D-06     -V/T= 2.0958
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 0.7543 S= 0.5021
<L.S>= 0.000000000000E+00
KE= 3.145272960657D+03 PE=-2.600129061007D+04 EE= 1.039773479890D+04
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =      -5.25
(included in total energy above)
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation     0.7543,   after     0.7500
Leave Link  502 at Thu Sep  4 06:49:18 2025, MaxMem=  2147483648 cpu:    318917.5
(Enter /home/chen/bkd/gaussian/g09/l601.exe)
Copying SCF densities to generalized density rwf, IOpCl= 1 IROHF=0.
Hyperfine terms turned off by default for NAtoms > 100.
想问一下老师,这样理解对吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-5 17:46:09 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2026-7-5 17:14
好的,谢谢老师,我的体系是Ce和C, N, O, B, H, Si元素组成的,优化给Ce用的是MWB47,其他的元素是6-31G( ...

自旋多重度不要简写为多重度
如果没遇到SCF难收敛且解决不了,用小核SDD赝势就完了,没必要刻意用大核的
当前根本没什么自旋污染,偏离0.75极小,而且DFT计算本来就不需要关心自旋污染
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2026-7-5 22:28:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-5 17:46
自旋多重度不要简写为多重度
如果没遇到SCF难收敛且解决不了,用小核SDD赝势就完了,没必要刻意用大核的 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2026-7-6 10:01:19 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,想向您请教一下这个审稿意见的回复思路。因为是头篇文章,不太明白应该怎么回。论文是化工方向,内容包括Gaussian计算反应机理和工艺优化。
审稿人的意见:“According to the manuscript, the validity of DFT simulation was not performed. How to ensure the accuracy of the simulation?“

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-6 18:04:22 | 只看该作者 Only view this author
hsmysl 发表于 2026-7-6 10:01
老师您好,想向您请教一下这个审稿意见的回复思路。因为是头篇文章,不太明白应该怎么回。论文是化工方向, ...

如果能找到和你类似的像样的研究文章,体系和计算方法高度类似,可以把那些文章搬出来作为例证说明当前计算模型合理
如果你有实验数据可以对照,表明计算结果和实验数据很相符,更为有说服力
如果以上都没有,需要对理论方法、基组,以及其它设置(如溶剂模型等)从原理的角度的合理性进行论证。比如DFT泛函选择的合理性可以参考benchmark文章,如下文提到的
谈谈量子化学研究中什么样的benchmark才有意义
http://sobereva.com/554http://bbs.keinsci.com/thread-17826-1-1.html

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发表于 Post on 2026-7-6 19:28:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-6 18:04
如果能找到和你类似的像样的研究文章,体系和计算方法高度类似,可以把那些文章搬出来作为例证说明当前计 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2026-7-9 01:31:59 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,请问使用ORCA的SF-TDDFT能不能搜索D0-D1间的MECI?我看多数都是用来搜索的S0-S1间的MECI。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-9 03:14:44 | 只看该作者 Only view this author
NHX 发表于 2026-7-9 01:31
各位老师好,请问使用ORCA的SF-TDDFT能不能搜索D0-D1间的MECI?我看多数都是用来搜索的S0-S1间的MECI。

没试过,原理上可以
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发表于 Post on 2026-7-9 12:00:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-9 03:14
没试过,原理上可以

感谢sob老师回复,已成功实现

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发表于 Post on 2026-7-10 10:59:50 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian结构优化中出现报错Unrecognized potential number 6 in GetPot.

各位老师好。
我这里是在Linux上运行的的Gaussian16,在有机金属配合物的结构优化中,出现了Unrecognized potential number           6 in GetPot.报错
在常见报错的帖子里和站内搜索暂时没找到类似的报错,
想请教一下各位老师这里应该怎么处理,非常感谢。



202607101056094179..png (11.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

202607101056094179..png

8.gjf

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8.log

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-10 11:10:47 | 只看该作者 Only view this author
Tobu8a 发表于 2026-7-10 10:59
各位老师好。
我这里是在Linux上运行的的Gaussian16,在有机金属配合物的结构优化中,出现了Unrecognized  ...

自定义基组和赝势的格式完全错误,仔细看下文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2026-7-10 11:16:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2026-7-10 11:20 编辑
Tobu8a 发表于 2026-7-10 10:59
各位老师好。
我这里是在Linux上运行的的Gaussian16,在有机金属配合物的结构优化中,出现了Unrecognized  ...

%oldchk和%chk都设置成8.chk了,这样不但%oldchk失去意义,而且很难说会不会有读写冲突。正常的设置要么用%chk读取并覆盖旧的文件,要么用%oldchk读取旧文件并复制到不同文件名的%chk以便后续写到新的%chk去。

不该用SDD赝势基组的主族元素Se却在用(SDD对主族元素缺乏d极化函数),该用赝势基组的Ir却完全没定义,这也不合理。

最后,这个结构里Ir的苯基吡啶和邻二氮菲配体都异常扭曲:
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2026-7-13 12:34:55 | 只看该作者 Only view this author

gaussian16W计算b3lyp/6-31+g(d,p)过程中,出现2070错误

本帖最后由 胡桃枝 于 2026-7-13 13:44 编辑

我使用弥散函数是为了计算homo和lumo能级,主要我看分子中有ππ堆积,是弱相互作用。而且我试过不带弥散函数的,计算出来homo和lumo都集中在蒽环上,感觉怪怪的。
可以请教为什么出现这种错误嘛,谢谢

6d9ccc8dc0002e74af5504f6ed5d4a0c.png (13.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

6d9ccc8dc0002e74af5504f6ed5d4a0c.png

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鸩羽

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发表于 Post on 2026-7-13 12:49:56 | 只看该作者 Only view this author
Out-of-memory error in routine AlFMME-MPIndx (IEnd=     185370013 MxCore=     185369470)
Use %mem=225MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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发表于 Post on 2026-7-13 13:18:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 胡桃枝 于 2026-7-13 13:21 编辑
wal 发表于 2026-7-13 12:49
Out-of-memory error in routine AlFMME-MPIndx (IEnd=     185370013 MxCore=     185369470)
Use %mem ...
十分感谢,大佬牛啊

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