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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-30 11:03:44 | 只看该作者 Only view this author
Mars798 发表于 2026-7-30 09:39
老师,水分子的输入:
%nprocshared=16
%mem=55GB

当前输入文件没明显问题
当前就算了两步,这都能花16小时绝对有异常。诸如其它程序占着CPU等等各种可能情况,不在现场没法判断。始终、绝对、必须带着 #P便于监控免得被蒙在鼓里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-7-30 20:39:32 | 只看该作者 Only view this author
Mars798 发表于 2026-7-30 15:29
老师,终于运行结束了,这是高斯产生的文件,能说明高斯在运行吗?

这都正常跑完了,不叫“在运行”
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发表于 Post on 2026-7-31 11:20:16 | 只看该作者 Only view this author

[Gaussian/gview] 将几何优化后导入高斯后查看optimization是灰色的怎么办

各位老师好,我最近在晶体单分子做计算,首先半经验法pm7进行结构预优化,但将优化后的结果导入Gaussian/gview查看震荡曲线,optimization是灰色的,点不了。想请教各位老师,该如何有效解决该问题?我已经上传输出文件和输入文件

202607311114129102..png (141.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

202607311114129102..png

yuanshi.zip

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发表于 Post on 2026-7-31 13:05:43 | 只看该作者 Only view this author
Failed to load the content due to unknown reasons.

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发表于 Post on 2026-7-31 14:38:24 | 只看该作者 Only view this author
UW_0728. 发表于 2026-7-31 13:05
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=60028&page=1#pid373684

谢谢老师,已经解决

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发表于 Post on 2026-7-31 16:15:31 | 只看该作者 Only view this author

跑IRC出错

老师好,跑锡粉煤灰催化葡萄糖生成果糖的反应,第一个过渡态结构算出来了,但是IRC只能跑两步就终止了,麻烦老师看看怎么回事

微信图片_20260731160927_1082_42.png (16.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

微信图片_20260731160927_1082_42.png

2FAIRC.gjf

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发表于 Post on 2026-7-31 16:30:41 | 只看该作者 Only view this author

过渡态优化出错

老师好,这是粉煤灰催化葡萄糖生成果糖的反应,优化第三个过渡态的时候出错了,麻烦老师看看
用的是b3lyp/6-31g(d') 加色散校正em=gd3bj

微信图片_20260731162814_1083_42.png (17.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

微信图片_20260731162814_1083_42.png

2dgts3.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-8-1 10:49:25 | 只看该作者 Only view this author
2531032155 发表于 2026-7-31 16:15
老师好,跑锡粉煤灰催化葡萄糖生成果糖的反应,第一个过渡态结构算出来了,但是IRC只能跑两步就终止了,麻 ...

认真看
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-8-1 10:51:27 | 只看该作者 Only view this author
2531032155 发表于 2026-7-31 16:15
老师好,跑锡粉煤灰催化葡萄糖生成果糖的反应,第一个过渡态结构算出来了,但是IRC只能跑两步就终止了,麻 ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

当前结构一看也完全离谱,哪能让Sn就那么悬着,是完全没有化学常识的结构
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发表于 Post on 2026-8-1 13:58:44 | 只看该作者 Only view this author
老师好,在计算锂离子配位的电解质分子的还原电位时我考虑用公式:E_red = −△G/(nF) − 1.37 ,这里 1.37 V 是标准氢电极绝对电势(4.44 V)与 Li⁺/Li 标准电极电势(−3.07 V)的差值,作为校正因子将绝对氧化还原电位标度转换为 Li⁺/Li 标度。请问老师这样在计算时还需要考虑电子的自由能吗?具体该如何计算和操作呢

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发表于 Post on 2026-8-6 00:49:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-18 23:38
我已经说了,算两种溶剂下的结合自由能之差判断亲合性的差异

老师,是不是同时还需要考虑金属离子在两种溶剂中的具体形态各自进行结构优化,再进行结合自由能计算?

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发表于 Post on 2026-8-12 17:47:07 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-6-16 21:43
1. 我觉得orientation polarization比solvent polarity合理,因为那个f是高频下和零频下的极性的差别,而 ...

关于这个第四点基态偶极矩为0的说法,很多报道过的文献都提前使用理论计算的方法模拟了基态偶极矩的数值,再把这个数值作为L-M方程里面的一个参数使用的。

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发表于 Post on 2026-8-17 22:15:56 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想请教下关于结合能计算的问题,算一个二价阳离子A和两个一价阴离子B之间的结合能,其中一个二价阳离子A和两个一价阴离子B的复合物为C,复合物C抠去阳离子A为D,优化ABCD之后算单点能,应该是E(C)-E(A)-E(D)还是E(C)-E(A)-2E(B)呢?这两者之间差的是两个B从孤立状态形成D结构的能量变化吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-8-18 01:28:45 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-8-17 22:15
各位老师我想请教下关于结合能计算的问题,算一个二价阳离子A和两个一价阴离子B之间的结合能,其中一个二价 ...

用E(C)-E(A)-2E(B)

E(C)-E(A)-E(D)在里面还掺和了两个B之间的相互作用能。而且两个阴离子大概率也没法优化出二聚体结构,本来就是静电互斥的
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发表于 Post on 7 day ago | 只看该作者 Only view this author

过渡态能垒图

画过渡态能垒图时,这个能量是用电子能算出来的还是吉布斯自由能算出来的?

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