简单量子化学问题答疑专帖

Yjc · 发表于 Post on 2023-3-12 11:37:03

Excaliburyo 发表于 2023-3-11 19:42
想请教一下各位老师，这个在文献上找到的化合物，有多个最大吸收波长，但是通过Gaussian的TD-DFT计算，改变 ...

以乙醇和乙腈作为溶剂时，溶剂分子会与羟基形成明显的氢键作用，因此要用显示溶剂模型才能合理地刻画体系的真实情况

周家成 · 发表于 Post on 2023-3-12 12:50:14

想问一下为什么说79号原子有问题，我只有67个原子。这类问题怎么解决。
out文件太大了上传不了

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-12 12:53:37

周家成发表于 2023-3-12 12:50
想问一下为什么说79号原子有问题，我只有67个原子。这类问题怎么解决。
out文件太大了上传不了

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

11111111m · 发表于 Post on 2023-3-12 18:21:53

各位老师，我想算HOMO、LUMO和S1、T1的绝热激发能，但我算完做差的时候才意识到我基态（B3LYP)和激发态(PBE0)用的不是一个泛函

，想请教下能否在不重新优化激发态的情况下补救一下，目前我想到两种做法不知道是否可行：
1）用PBE0对之前优化好的基态结构算单点，做差得绝热激发能
2）对基态结构重新优化，但不重新优化激发态。（优化激发态不是从基态的极小点出发影响大吗）
还是都需要重新来

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-12 18:34:47

11111111m 发表于 2023-3-12 11:21
各位老师，我想算HOMO、LUMO和S1、T1的绝热激发能，但我算完做差的时候才意识到我基态（B3LYP)和激发态(PBE ...

1不行，因为基态和激发态的结构优化理论级别仍然不统一
2问题不大，本来从基态极小点优化激发态结构就不能严格保证得到正确的激发态结构，只是极大概率可以得到而已（因为分子可能会先在激发态势能面上发生构象变化再发荧光）。按2做相当于从一个极其接近基态极小点、但不是基态极小点的结构出发来优化激发态结构，得到正确激发态结构的概率或许会稍低，但是低的程度应该不及从基态极小点优化得到正确结构的概率和100%之间的差距。例如如果从PBE0基态结构出发优化PBE0激发态结构，得到正确结构的概率是95%，那么从B3LYP基态结构出发优化PBE0激发态结构，得到正确结构的概率可能是94%。所以个人认为可以按2做。如果发现哪个基态结构换泛函以后发生定性变化，那再补优化激发态结构，但我觉得这个几乎不可能发生。

11111111m · 发表于 Post on 2023-3-12 18:36:46

wzkchem5 发表于 2023-3-12 18:34
1不行，因为基态和激发态的结构优化理论级别仍然不统一
2问题不大，本来从基态极小点优化激发态结构就不 ...

谢谢老师！！救了大命

xiayu1985 · 发表于 Post on 2023-3-12 20:50:55

本帖最后由 xiayu1985 于 2023-3-13 11:16 编辑

过渡金属催化的反应，但是发现使用PBE0、TPSS计算后，前后过渡态(反应路径上连续的两个过渡态)对应的中间体（跑完irc后）结构很相似，但是就是不能完全重叠，能量数值的前四位一样，第五位、六位不一样。主要的原因是图示中的叔丁基（红色部分）无法重合。但是已经很接近了，也没有办法找过渡态，或者找到的过渡态（叔丁基旋转的过渡态）也不能保证前后中间体完全一样。加不加溶剂化效应问题都存在。还有什么可以一试的办法？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-12 20:58:18

xiayu1985 发表于 2023-3-12 13:50
过渡金属催化的反应，但是发现使用PBE0、TPSS计算后，前后过渡态对应的中间体结构很相似，但是就是不能完全 ...

什么叫”前后过渡态“？

498746012 · 发表于 Post on 2023-3-12 21:12:09

chands 发表于 2023-3-11 20:37
你要优化到稳定构象还是过渡态?

过渡态

498746012 · 发表于 Post on 2023-3-12 21:14:05

啊不错的飞过海发表于 2023-3-11 22:12
尝试先做个限制性优化？或者加个别的环把环己烷别到靠近船式的地方再删掉，总之让分子尽量靠近船式之后再 ...

谢谢老师

498746012 · 发表于 Post on 2023-3-12 21:14:56

sobereva 发表于 2023-3-11 23:25
初猜摆成船式构象找过渡态就完了

半椅式是另一个过渡态

谢谢老师

cokie · 发表于 Post on 2023-3-12 21:42:45

本帖最后由 cokie 于 2023-3-13 14:56 编辑

各位老师好，我用G16优化好分子后，使用Multiwfn+VMD作图，但是VMD中Si原子和S原子均表现为相同的黄色，且在VMD-colors-Name里也没有Si这一项可以调整，在VMD-colors-element里调整Si的颜色，对图片中Si原子的颜色也没有影响。请问各位老师这种情况该怎么解决呢？

雾雨魔理沙daze · 发表于 Post on 2023-3-12 23:02:26

各位老师好，在计算了机理中的几个过渡态和中间体的能量后，为什么我得到的的△G都很大？而一般文献里的△G都是几十以内的（单位一样，都是kcal/mol）

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-12 23:23:36

雾雨魔理沙daze 发表于 2023-3-12 23:02
各位老师好，在计算了机理中的几个过渡态和中间体的能量后，为什么我得到的的△G都很大？而一般文献里的△G ...

明显没算对
要注意只有化学组成相同的体系之间的能量才能求差

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-12 23:24:47

cokie 发表于 2023-3-12 21:42
各位老师好，我用G16优化好分子后，使用Multiwfn+VMD作图，但是VMD中Si原子和S原子均表现为相同的黄色，且 ...

仔细看此文，该说的都说了
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624（http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html）

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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Warning! Au atom 1 has 79 valence electrons but only 22 basis functions.