简单量子化学问题答疑专帖

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-9 09:23:50

各位老师好，我在用wB97X-V/def2-QZVPP计算一个包含18碳环的双分子体系的结合能时出现错误，这是我的输入和输出文件，请问应该如何修改输入文件呢？

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2023-3-9 09:34:55

这么点原子算十天有点夸张吧，看看sob老师的http://sobereva.com/164

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 09:45:54

NGC626 发表于 2023-3-9 09:23
各位老师好，我在用wB97X-V/def2-QZVPP计算一个包含18碳环的双分子体系的结合能时出现错误，这是我的输入和 ...

SCF没收敛，看手册里帮助解决SCF不收敛的关键词
可以先尝试加上KDIIS和notrah

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 09:47:37

xuan12138 发表于 2023-3-9 08:47
我用gauss优化冠醚与锶离子的配合物，已经优化十天了将近，还没有收敛的迹象，想问问这个大概还要优化多久
...

牵扯到计算时间的问题，主动交代清楚计算资源
你这种体系在像样的双路服务器上几个小时就跑完了
在确保目前关键词合理的前提下，加上帮助收敛的关键词
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 09:51:25

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-9 09:17
请教各位老师，在寻找图示反应物ROO抽取H（蓝色）的TS时，直接构建没找到；便想到可以通过扫描O-H键长寻找 ...

那不叫拐点，而叫极大点

前面说“直接构建没找到”后面又说“这个结构和直接优化TS得到的一致”莫名其妙

极大点如果结构有期望的TS的样子，就找过渡态跑IRC，自然就知道了

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-9 09:53:37

sobereva 发表于 2023-3-9 09:45
SCF没收敛，看手册里帮助解决SCF不收敛的关键词
可以先尝试加上KDIIS和notrah

谢谢sob老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-9 11:21:17

sobereva 发表于 2023-3-9 09:51
那不叫拐点，而叫极大点

前面说“直接构建没找到”后面又说“这个结构和直接优化TS得到的一致”莫名其 ...

抱歉我没有表述清楚。“直接构建没找到”指的是直接构建的TS的IRC没有连接想要的产物，所以认为不是氢迁移反应的过渡态；“这个结构和直接优化TS得到的一致”指的是扫描曲线O-H靠近一侧结构和直接构建TS的IRC产物一侧结构一样；所以我在想即使极大点看起来像期望TS 的样子，也没必要找过渡态再跑IRC了吧？谢谢社长

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-9 11:31:24

各位老师好，我使用wB97X-D3/ma-def2-TZVP在激发态下对一个体系做optfreq时出现了报错，这是我的输入和输出文件，请问应如何修改参数呢？

15670538028 · 发表于 Post on 2023-3-9 11:32:28

各位老师好，请问我用Gaussian算一个氟化碳笼里的简单两分子反应能垒，B3LYP-D3/6-31G(D,P)优化，B3LYP-D3/6-311+G(D,P)算单点得出的能量相减，发现算单点后能垒都比优化后的能垒低，且单点前后过渡态减反应物的能垒相差不大（小于5 kcal/mol), 但是算单点后中间体减反应物能量相差很大（大约8到23 kcal/mol), 而用metadynamics，PBE泛函，DZVP-GTH基组，算出的能垒则比原来只优化算出的能垒还要高大概7 kcal/mol, 请问是我的基组选择有问题吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 15:32:55

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-9 11:21
抱歉我没有表述清楚。“直接构建没找到”指的是直接构建的TS的IRC没有连接想要的产物，所以认为不是氢迁 ...

如果极大点和你之前优化出来的TS差不多，那就没必要

先尝试把期望的产物优化出来，参照着反应物和产物更容易确定合适的过渡态初猜。还可以借助NEB之类的

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 15:34:19

NGC626 发表于 2023-3-9 11:31
各位老师好，我使用wB97X-D3/ma-def2-TZVP在激发态下对一个体系做optfreq时出现了报错，这是我的输入和输出 ...

去掉弥散函数结合标配辅助基组，或者甭用RI和autoaux

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-9 15:36:33

15670538028 发表于 2023-3-9 11:32
各位老师好，请问我用Gaussian算一个氟化碳笼里的简单两分子反应能垒，B3LYP-D3/6-31G(D,P)优化，B3LYP-D3/ ...

到底是“过渡态减反应物”还是“中间体减反应物”说清楚
优化用更理想的6-311G**，单点用更合理的def2-TZVP再对比。如果相差程度还明显大于期望的范围，检查各个计算的波函数稳定性

xuan12138 · 发表于 Post on 2023-3-9 15:47:43

sobereva 发表于 2023-3-9 09:47
牵扯到计算时间的问题，主动交代清楚计算资源
你这种体系在像样的双路服务器上几个小时就跑完了
在确保 ...

是因为我是在window上跑的且没设置nproc和内存mem 它是以默认的跑所以慢吗？

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-9 16:06:32

sobereva 发表于 2023-3-9 15:34
去掉弥散函数结合标配辅助基组，或者甭用RI和autoaux

谢谢sob老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-9 16:08:28

各位老师好，我使用wB97X-V/def2-QZVPP在激发态下计算一个体系的NMR和单点能时出现了报错，这是我的输入和输出文件，请问应如何修改参数呢？

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