简单量子化学问题答疑专帖

lzh1 · 发表于 Post on 2023-3-13 19:53:26

各位老师好，我在对斜方硫(S8)进行频率计算和几何优化的时候，运用了以下基组和泛函，也试过了多种S8构型，但是计算出来的结果总是S原子之间产生断键情况，而且结果显示也是收敛的、没有虚频。我想问一下各位老师这样的结果可以直接用吗，还是有更好的计算方法。
# opt=(calcall,gdiis) b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 21:21:28

lzh1 发表于 2023-3-13 19:53
各位老师好，我在对斜方硫(S8)进行频率计算和几何优化的时候，运用了以下基组和泛函，也试过了多种S8构型 ...

初始结构有问题

用这个输入文件

S8.gjf (574 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 9)

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 21:23:03

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-13 17:23
请教各位老师，图示结构用CCSD(T)/cc-pVTZ计算单点能的话，16核跑的动吗？或者我想在一天内算完最低要求是 ...

只能告诉你16核能跑得动，但具体多长时间没法准确估计

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 21:23:22

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-13 14:43
请教各位老师，用 opt=ts寻找TS的时候，还可以同时使用opt=modredundant冻结键长吗？

可以

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 21:29:23

先把体系简化，别带着无关区域的一堆原子，浪费时间又碍事，找到了过渡态之后再把那些不重要的地方加上

该冻结的部分冻结

该考虑溶剂模型就考虑

注意净电荷和自旋多重度是否得当

认真考虑初猜结构是否合理。必要时候通过柔性扫描等手段帮助判断过渡态初猜。别光看能量变化曲线，必须认真看优化轨迹

甭写guess=huckel，完全多余。cartesian能不写就不写

大头攒毛 · 发表于 Post on 2023-3-13 21:57:48

sobereva 发表于 2023-3-13 21:29
先把体系简化，别带着无关区域的一堆原子，浪费时间又碍事，找到了过渡态之后再把那些不重要的地方加上

...

谢谢sob老师的指导

lzh1 · 发表于 Post on 2023-3-13 22:34:04

sobereva 发表于 2023-3-13 21:21
初始结构有问题

用这个输入文件

好的，谢谢老师

wangwangwang · 发表于 Post on 2023-3-13 23:36:22

本帖最后由 wangwangwang 于 2023-3-13 23:36 编辑

Ganuassian安装后，打开图形界面自动闪退，安装了很多版本都不可以，找淘宝安装了虚拟机仍无法解决闪退问题。求助后同学告诉我软件没问题，并给我做了一个脚本，让我拖进脚本运算，脚本运算可以正常进行，同学告诉我可能是显卡问题，让我更新显卡，我更新之后还是闪退。之后便用脚本计算。
刚刚做作业，用view画了个苯，发现用view做好jgf文件，view提示是否用Ganuassian运算，我点确定，却出现2070错误，Ganuassian图形界面未闪退（写完此贴想回去截个图，发现又闪退了

）并出现2070错误，我打开文件夹没有看到out文件，只有log文件。之后我用同学帮忙做的脚本运行这个jgf，也出错，但有out 文件，附件也已奉上。
烦请各位大佬帮我这个菜鸟看一看，感激涕零。

cokie · 发表于 Post on 2023-3-14 12:26:25

本帖最后由 cokie 于 2023-3-14 21:51 编辑

请问老师，用B3LYP/6-31G(d)/SDD，来算含有有机大环配体的Pt配合物（用Gaussian优化，做激发计算，计算磷光寿命，在dalton用二次响应理论计算双光子吸收截面），是否合适呢？我计算出的双光子吸收截面要远小于实验测试的双光子吸收截面值（大概是实验值的四分之一）请问应该在哪里做修正呢？谢谢老师！

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2023-3-14 14:45:14

问一个基础一点的问题，对于一个确定的结构和理论计算级别，都一定有唯一的收敛SCF吗？因为之前老是遇到SCF不收敛的情况，想知道就是本身就不存在这个收敛的SCF，还是说只是因为没有提供更好的初猜和计算方法，导致最终不收敛

chands · 发表于 Post on 2023-3-14 15:12:02

本帖最后由 chands 于 2023-3-14 15:13 编辑

wangwangwang 发表于 2023-3-13 23:36
Ganuassian安装后，打开图形界面自动闪退，安装了很多版本都不可以，找淘宝安装了虚拟机仍无法解决闪退问题 ...

"Out-of-memory error in routine RdGeom-AllZAt (IEnd= 24298650 MxCore= 13107200)
Use %mem=24MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step."
out文件说了，内存不够，加大内存。
“# opt freq hf/6-31g(d)"
你算什么分子呀，怎么用这么古董的级别？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-14 15:23:31

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-14 17:33 编辑

请教各位老师，在安装ORCA的时候，环境变量如图1所示，附件中的测试例子报错“ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4 /home/fym/TL/ORCA/orca_gtoint_mpi CO.int.tmp CO
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
.... aborting the run”
；运行ls /hone/fyn/TL/openapi-4.1.1/bin和ls /hone/fyn/TL/openapi-4.1.1/lib显示图片2和3的内容；运行mpirun --V显示的还是mpirun 2.1.1 ；请问老师，还是环境变量的问题吗？谢谢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-14 17:31:50

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 08:23
请教各位老师，在安装ORCA的时候，环境变量如图1所示，测试例子报错“ORCA finished by error termination ...

上传完整的输出文件
注意“ORCA finished by error termination in GTOInt”并不必然意味着是openmpi的问题

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-14 17:33:08

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:31
上传完整的输出文件
注意“ORCA finished by error termination in GTOInt”并不必然意味着是openmpi的 ...

抱歉老师，就是一个测试例子，麻烦您看看。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-14 17:36:40

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 10:33
抱歉老师，就是一个测试例子，麻烦您看看。

报错已经说得很清楚了
The file does not contain orbitals - skipping AutoStart

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

Ganuassian安装后图形界面闪退；出现2070错误