简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5

mfdsrax2 发表于 2023-3-14 07:45
问一个基础一点的问题，对于一个确定的结构和理论计算级别，都一定有唯一的收敛SCF吗？因为之前老是遇到SCF ...

SCF就是（在保持轨道正交归一的情况下）调整波函数让电子能最小的过程。所以如果一个体系不存在SCF解，就说明以下几点之一成立：
（1）这个体系的电子能没有下界；
（2）这个体系的电子能有下界，但是取下界时能量关于波函数不可导。
这两个条件都非常的exotic和unphysical，因此一般除非程序有bug，否则不会触发这两个条件。
另外一方面，SCF解、乃至稳定的SCF解，很可能不唯一。最简单的例子就是拉伸至无穷远的氢分子，氢1自旋朝上、氢2自旋朝下是一个SCF解，氢2自旋朝上、氢1自旋朝下是另一个SCF解。

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:36
报错已经说得很清楚了
The file does not contain orbitals - skipping AutoStart

谢谢老师，我没有用过orca，就是使用的测试例子，输入文件如图，之前在4.2.0版本测试顺利，是输入文件需要包含轨道吗？

wzkchem5

wangwangwang 发表于 2023-3-13 16:36
Ganuassian安装后，打开图形界面自动闪退，安装了很多版本都不可以，找淘宝安装了虚拟机仍无法解决闪退问题 ...

改用linux，用命令行版的高斯算。正规做高斯计算的基本没有用Windows版图形界面的
另外好好注意一下高斯怎么拼，这个拼错了会被人笑话的

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 10:40
谢谢老师，我没有用过orca，就是使用的测试例子，输入文件如图，之前在4.2.0版本测试顺利，是输入文件需 ...

仔细看输出文件，一行一行看，看不懂用在线词典翻译了再看。报错原因的前因后果都写得很清楚了
The File: CO.gbw exists
Trying to determine its content:
     ... The file does not contain orbitals - skipping AutoStart

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 17:46
仔细看输出文件，一行一行看，看不懂用在线词典翻译了再看。报错原因的前因后果都写得很清楚了
The File ...

老师，抱歉再打扰您。刚才的out文件显示Checking for AutoStart是没有删除上次计算的.gbw文件，所以out文件里面会显示已经有该文件存在并尝试读取。我删除之后重新提交，没有这一部分，新的out文件在机组信息部分之后直接输出“-------------------------------------------------------Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.
-------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing
the job to be terminated. The first process to do so was:

  Process name: [[48009,1],0]
  Exit code:    127
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 4  /home/fym/TL/ORCA/orca_gtoint_mpi CO.int.tmp CO
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run”这还是并行有问题吧？谢谢老师

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 12:33
老师，抱歉再打扰您。刚才的out文件显示Checking for AutoStart是没有删除上次计算的.gbw文件，所以out文 ...

stderr有输出吗？

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 20:08
stderr有输出吗？

老师，运行/home/fym/TL/ORCAorca CO.inp > CO.out &后只产生图片里出现的几种文件，请问您说的stderr是什么呢？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 14:04
老师，运行/home/fym/TL/ORCAorca CO.inp > CO.out &后只产生图片里出现的几种文件，请问您 ...

stderr是标准错误输出，大一学计算概论之类的课肯定讲过

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 21:05
stderr是标准错误输出，大一学计算概论之类的课肯定讲过

谢谢老师解释，确实没有什么基础，好多东西都是边走边拾，您说的stderr是不是终端显示的报错内容呢？显示不能加载lib里的某个文件，但是我查看了一下发现它是存在的，那么是没有权限吗？谢谢老师

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-14 14:12
谢谢老师解释，确实没有什么基础，好多东西都是边走边拾，您说的stderr是不是终端显示的报错内容呢？显示 ...

在这个例子里是的，但并不是所有时候都在终端里显示。当且仅当你把stderr重定向到屏幕、stdout重定向到文件时，stderr才是屏幕显示的报错内容。如果你把stderr重定向到一个文件，那stderr输出就在那个文件里。这个属于命令行输入输出重定向方面的内容，属于最基础的计算机知识，建议自己查这方面资料，学透彻了，不然被人笑话。
程序找不到shared library，一般说明LD_LIBRARY_PATH变量设置有误

sobereva

cokie 发表于 2023-3-14 12:26
请问老师，用B3LYP/6-31G(d)/SDD，来算如图所示的Pt配合物（用Gaussian优化，做激发计算，计算磷光寿命，在 ...

计算磷光寿命这个级别可以

任嘉人amber

各位老师好，我想问一下，关于优化后的结构要跟实验晶体数据保持一致吗

sobereva

任嘉人amber 发表于 2023-3-14 23:20
各位老师好，我想问一下，关于优化后的结构要跟实验晶体数据保持一致吗

实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

wzkchem5

任嘉人amber 发表于 2023-3-14 16:20
各位老师好，我想问一下，关于优化后的结构要跟实验晶体数据保持一致吗

算出来一致就是一致，不一致就是不一致
要是说结构优化的初始结构要不要和晶体保持一致，那还值得问一下

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-14 21:40
在这个例子里是的，但并不是所有时候都在终端里显示。当且仅当你把stderr重定向到屏幕、stdout重定向到文 ...

谢谢老师，我写的LD_LIBRARY_PATH变量是
“export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/fym/TL/openmpi-4.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH”，参考的是教程里的“export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/software/openmpi-4.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH”；就是把位置改成自己的，其他有什么问题呢？