简单量子化学问题答疑专帖

雾雨魔理沙daze · 发表于 Post on 2023-3-13 07:14:28

sobereva 发表于 2023-3-12 23:23
明显没算对
要注意只有化学组成相同的体系之间的能量才能求差

好的谢谢老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-13 08:07:11

wzkchem5 发表于 2023-3-11 21:46
报错已经说得很清楚了，SCF不收敛。
按照解决SCF不收敛的方法解决，如果不知道怎么解决就在这个论坛里搜 ...

嗯嗯，谢谢老师

NGC626 · 发表于 Post on 2023-3-13 08:11:59

啊不错的飞过海发表于 2023-3-11 22:32
拿第一步优化输出的结构跑个单点试试，这波是几何优化出师未捷身先死，刚走到第二步SCF就不收敛了；跑单 ...

好嘞，谢谢哥

cokie · 发表于 Post on 2023-3-13 10:06:52

本帖最后由 cokie 于 2023-3-13 14:55 编辑

sobereva 发表于 2023-3-12 23:24
仔细看此文，该说的都说了
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624 ...

谢谢老师！还有一个问题想请教您，就是我想输出等值面+修改原子着色后的图，但是在VMD的窗口里显示原子颜色已经修改，但是我导出的结果中原子颜色还是如旧，请问是哪里有问题呢，我描述一下我的操作：

1. 在Graphical-Representations里进行了“Create Rep”操作，添加了一行，Drawing method选择CPK，Coloring method选择Element，然后对硅原子进行了着色修改。
2. 在File-Render里选择Techyon进行图片导出，但是导出后我改变着色的硅原子并未改变颜色。

请问老师我操作的错误出现在哪里呢

大头攒毛 · 发表于 Post on 2023-3-13 10:52:58

各位大佬好，我在做酶催化底物羟基化方向的课题，构建了簇模型，想找它的H-提取反应的过渡态，却出现了下面的结果，请问大家有哪些方面的问题：

管理员注：回帖看873L

xiayu1985 · 发表于 Post on 2023-3-13 11:21:11

本帖最后由 xiayu1985 于 2023-3-13 11:58 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-12 20:58
什么叫”前后过渡态“？

就是反应路径上前后紧挨着的过渡态结构，跑完irc后，两个过渡态结构对应的同一个中间体结构并不是完全一致的，或者说irc无法收敛到同一个中间体。能量值的前五位数字不一样，后两位不一样。我尝试了不同泛函，加不加隐式溶剂化效应，都存在这个问题。

snljty2 · 发表于 Post on 2023-3-13 11:57:04

cokie 发表于 2023-3-13 10:06
谢谢老师！还有一个问题想请教您，就是我想输出等值面+修改原子着色后的图，但是在VMD的窗口里显示原子颜 ...

图层之间的重叠导致的渲染问题。把最下面的图层删了，直接把最上面的图层改成的Coloring Method改成Element，前提是你的文件里确实有元素名。

chands · 发表于 Post on 2023-3-13 13:17:00

你的Fe是多少价的？你的团簇加了不同的物种，你的溶液是什么？

cokie · 发表于 Post on 2023-3-13 13:36:07

本帖最后由 cokie 于 2023-3-13 14:00 编辑

snljty2 发表于 2023-3-13 11:57
图层之间的重叠导致的渲染问题。把最下面的图层删了，直接把最上面的图层改成的Coloring Method改成Eleme ...

谢谢您的回复，我基本解决了

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-13 14:43:53

请教各位老师，用 opt=ts寻找TS的时候，还可以同时使用opt=modredundant冻结键长吗？

tingfengting · 发表于 Post on 2023-3-13 15:51:06

sobereva 发表于 2023-3-11 23:22
取决于你算什么元素的NMR
比如你算的是H、C的NMR，体系里有Te就照常用平时用的基组就完了，比如def2-TZV ...

原来如此，我明白了，谢谢卢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-13 16:57:54

xiayu1985 发表于 2023-3-13 04:21
就是反应路径上前后紧挨着的过渡态结构，跑完irc后，两个过渡态结构对应的同一个中间体结构并不是完全一 ...

试过把结构优化收敛限设严了吗？另外也可以试试加大格点

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-13 17:23:04

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-13 17:32 编辑

请教各位老师，图示结构用CCSD(T)/cc-pVTZ计算单点能的话，16核跑的动吗？或者我想在一天内算完最低要求是多少核数呢？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-13 17:50:49

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-13 10:23
请教各位老师，图示结构用CCSD(T)/cc-pVTZ计算单点能的话，16核跑的动吗？或者我想在一天内算完最低要求是 ...

唯一确认方法是自己实际算一下看看。
不同机子计算速度差2倍是很常见的，CCSD迭代容易收敛的情况和难收敛的情况迭代步数差3~5倍也是很正常的。要是考虑到有的内存大有的内存小，内存小的机子不得不用虚拟内存，那速度差10倍也是有可能的。所以就导致两个问题：（1）你不说你有多少内存的话，别人再厉害也只能估计出计算时间的数量级，最多可能差10倍都是有可能的；（2）即使你说了有多少内存，别人也很难不跑就直接说需要多少核，但是如果要跑了才知道，为什么不是你自己跑呢？
这就是计算速度方面的问题的共性之处——别人再聪明也只能给你数量级的估计，要精确的估计只能你自己实际跑一下。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-13 19:17:31

wzkchem5 发表于 2023-3-13 17:50
唯一确认方法是自己实际算一下看看。
不同机子计算速度差2倍是很常见的，CCSD迭代容易收敛的情况和难收 ...

谢谢您，我把手头的算完了集中计算资源试一下；您之前推荐orca，我现在到服务器也安装一下，也试试

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

找不到过渡态