使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

xiaoj · 发表于 Post on 2021-11-28 12:57:55

通过分子动力学模拟得到xyz文件后，我想找到反应过程中某个分子的具体生成过程，比如说一个水分子由一个羟基和一个氢原子结合的生成过程，能否通过这个软件实现？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-28 14:21:12

xiaoj 发表于 2021-11-28 12:57
通过分子动力学模拟得到xyz文件后，我想找到反应过程中某个分子的具体生成过程，比如说一个水分子由一个羟 ...

不能
这种事直接做动力学看轨迹就能考察

nanno · 发表于 Post on 2021-11-30 20:29:42

本帖最后由 nanno 于 2021-11-30 20:32 编辑

卢老师您好，在学习了您的molclus+Gaussian进行结构优化（http://bbs.keinsci.com/thread-577-24-1.html）、赝势基组的输入（http://sobereva.com/60）教学两个网页后，自己按讲解的每个步骤对Y2Cl4结构优化，但是到molclus生成isomers文件为空，不知道之前的输入哪里出了问题，此处附上我整个操作流程，希望能够得到您的帮助，万分感激。
1.genmer文件夹下example里面写的Y、Cl的xyz文件

2.genmer截图

3.加入赝势基组后的template1和2

然后点击molclus后输出的isomers文件是空白的，求助以上图片何处写的有问题导致isomers文件输出为空白，希望得到您的纠错，非常感激。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-2 05:33:50

nanno 发表于 2021-11-30 20:29
卢老师您好，在学习了您的molclus+Gaussian进行结构优化（http://bbs.keinsci.com/thread-577-24-1.html） ...

看molclus运行过程中的提示别轻易用scf=xqc，此文说了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

并且检查traj.xyz里的初始结构是否靠谱

nanno · 发表于 Post on 2021-12-2 19:50:20

sobereva 发表于 2021-12-2 05:33
看molclus运行过程中的提示别轻易用scf=xqc，此文说了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/6 ...

谢谢老师，我再仔细看看

scf · 发表于 Post on 2021-12-3 20:57:39

看了一下,isostat的作用似乎和crest里面的-cregen很像，
https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... sorting-an-ensemble
有什么优劣吗？

chands · 发表于 Post on 2022-1-11 01:13:09

Sob老师：我用Molclus调用MOPAC优化团簇的时候，想冻结中心分子的坐标，如果不冻结，MOPAC就会连中心分子也优化了，这样往往中心分子也散了（我的中心分子是个复合物，键比较弱）。MOPAC冻结原子的方法是在该原子的x、y、z坐标后各加一个0，https://cloud.tencent.com/developer/article/1668833，我试过直接运行MOPAC，原子的确冻住了。但是我在Molclus调用的xyz文件上手动加上0，Molclus似乎不认，最后MOPAC优化出来的结构还是散了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-11 03:52:29

chands 发表于 2022-1-11 01:13
Sob老师：我用Molclus调用MOPAC优化团簇的时候，想冻结中心分子的坐标，如果不冻结，MOPAC就会连中心分子也 ...

本来molclus的settings.ini里就专门有freeze设置，此帖也明确说了

freeze：设置含有优化过程的任务中原子的冻结情况。0代表不做冻结，设成诸如1,4-6,8-10代表对1,4,5,6,8,9,10原子的笛卡尔坐标进行冻结。对Gaussian/ORCA/MOPAC/xtb有效

chands · 发表于 Post on 2022-1-11 07:47:41

sobereva 发表于 2022-1-11 03:52
本来molclus的settings.ini里就专门有freeze设置，此帖也明确说了

谢谢Sob老师！

Lyy1 · 发表于 Post on 2022-3-9 16:24:42

本帖最后由 Lyy1 于 2022-3-9 17:01 编辑

老师您好，我要研究的水簇（H2O）24的构型是已经确定了的,往笼里插入氮气和氢气。想看只是因为由于氮气和氢气取向不同而造成的同分异构体有哪些，也可以用molcius吗？还是直接手动调氮气和氢气的取向就可以呢？如果用molcus的话，那我应该如何定住水簇的结构，只变其中氮气和氢气位置呢？结构类似下面这种

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-9 20:23:06

Lyy1 发表于 2022-3-9 16:24
老师您好，我要研究的水簇（H2O）24的构型是已经确定了的,往笼里插入氮气和氢气。想看只是因为由于氮气和氢 ...

把水簇作为一个整体，用下文提到的norot和cenxyz，要求它的中心位置出现在原点初而且不能随意旋转。而H2和N2则按照genmer标准规则去随机加入即可
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

由于水簇中间空腔较小，可能需要把radscale定义为一个小于1的值原子半径，以便让N2和H2都能塞进去，否则可能会出现在水簇外面。

Lyy1 · 发表于 Post on 2022-3-9 20:45:52

sobereva 发表于 2022-3-9 20:23
把水簇作为一个整体，用下文提到的norot和cenxyz，要求它的中心位置出现在原点初而且不能随意旋转。而H2 ...

好的，非常感谢老师

Yaochen · 发表于 Post on 2022-5-28 14:59:10

sob老师您好，我在按照您文中第一个例子运行时，在使用molclus软件处理水的traj.xyz文件出现了问题，导致isomers.xyz文件空白（如图1）。我查看MOPAC.out文件，发现报错信息为optimization flags参数出现了问题（如图2）。MOPAC文件是molclus软件自动生成的，为什么会出现MOPAC报错的信息？

Yaochen · 发表于 Post on 2022-5-28 15:04:32

Yaochen 发表于 2022-5-28 14:59
sob老师您好，我在按照您文中第一个例子运行时，在使用molclus软件处理水的traj.xyz文件出现了问题，导致is ...

抱歉sob老师，我知道了为什么出问题。因为最初我使用VMD将xtd文件转化为xyz文件的时候VMD闪退了，所以我被迫使用了OVITO转化xyz文件。应该是OVITO的问题。那么问题又来了，VMD转化xtd文件为xyz文件的时候，为什么会闪退呢

请您解答！感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-29 01:20:33

Yaochen 发表于 2022-5-28 15:04
抱歉sob老师，我知道了为什么出问题。因为最初我使用VMD将xtd文件转化为xyz文件的时候VMD闪退了，所以我 ...

VMD闪退？
VMD本身也没法读入xtd文件

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