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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-7 07:23:51 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2015-3-6 23:03
金属氧化物团簇吸附气体分子或者其它分子是否适用呢?

molclus仅是个接口,能不能用就看两个问题:
1 是否有合适的程序能将此问题动过动力学(或其它方法,如蒙特卡罗)模拟出来得到轨迹,或者说产生一批分布不同的初始构型
2 MOPAC/Gaussian/ORCA能否计算

用MS或其它一些程序实现步骤1是没问题的。步骤2也肯定能做到,对这些量化程序来说属于常规计算。所以molclus可以用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2015-3-10 09:42:51 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob的解答!!

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发表于 Post on 2015-4-1 21:23:53 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,现在我已经用gromacs跑REMD得到了一系列轨迹文件,但是它是dt= 0.002;nsteps = 50000000 应该是 100 ns。由于我的分子是由28个氨基酸构成,并且轨迹文件相当大。我想请问一下,这个如果使用molclus的话,用Gaussian优化的可能性。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-2 10:27:58 | 只看该作者 Only view this author
xxj9618 发表于 2015-4-1 21:23
sob老师,现在我已经用gromacs跑REMD得到了一系列轨迹文件,但是它是dt= 0.002;nsteps = 50000000 应该是  ...

你可以用MOPAC先算一个结构,看看耗时多少。然后从轨迹中均匀提取合适数目的帧,利用molclus调用MOPAC批量优化。
MOPAC是算得动的,计算量和取的帧数称正比。
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发表于 Post on 2015-4-23 17:35:34 | 只看该作者 Only view this author
看了好几遍,里面好多东西都看不懂。所以想问老师,我平时全部都是用高斯计算,如果我要使用molclus搜索构象,是不是至少还得再安装VMD和gromacs两个软件,还有其他的吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-23 18:48:20 | 只看该作者 Only view this author
北极天99 发表于 2015-4-23 17:35
看了好几遍,里面好多东西都看不懂。所以想问老师,我平时全部都是用高斯计算,如果我要使用molclus搜索构 ...

其它的不用。需要装VMD和其它一种主流的动力学程序(amber、gmx、NAMD等等都可以。建议gmx,免费,照着上面的例子,即便没有使用基础,也很快就能搞自己的体系)
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发表于 Post on 2015-4-23 21:56:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-4-23 18:48
其它的不用。需要装VMD和其它一种主流的动力学程序(amber、gmx、NAMD等等都可以。建议gmx,免费,照着上 ...

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2015-4-25 11:00:05 | 只看该作者 Only view this author
[img]sob老师好,针对您的这个软件,我想咨询一下这么几个问题:
1:如果购买,是不是能开发票?我现在先想练练会不会用,熟悉之后购买,毕竟sob给出的价格很优惠。
2:如果说购买了您的那个能算更多分子的molclus。假如说我以后换了电脑,是不是还能安装?
3:我是高斯用户,经常来优化比较大的有机分子。是不是可以通过高斯view画出分子,然后使用molclus先预先优化,得到比较合理的结构文件,再放到linux的高斯优化?
4:我试了试您的3.5:molclus+高斯。遇到下面的问题
4.1:不明白这个您说的使用流程成的第一步,对我来说,我用高斯view画出分子,还需要先经过一个动力学的软件先跑?我这只有高斯。
4.2:我运行您的例子,包含了traj.xyz,还有template.gjf。就会出现下面图像的样子,自动打开了我的高斯。
路径我写为了gaussian_path= "D:\gauss-gaussview\install\g09w.exe"  这是我自己win电脑上安装高斯的路径。
现在我就卡在这,不知道再怎么办。谢谢sob的指点。

11.jpg (232.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 282)

11.jpg
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-25 21:34:46 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2015-4-25 11:00
sob老师好,针对您的这个软件,我想咨询一下这么几个问题:
1:如果购买,是不是能开发票?我现在先想练练 ...

1 可以开,但需要额外加收快递费。

2 能。直接拷过去即可

3 单纯的优化分子并不需要用moilclus。自行写一批优化任务的输入文件,批量执行即可。

4.1 需要先做动力学产生一大批初始构象,然后可以利用molclus进行反复筛选、排序

4.2 g09w.exe改为g09.exe。真正的高斯是g09.exe,g09w.exe只不过是它的一个图形外壳而已。
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发表于 Post on 2015-4-27 19:50:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师:
   我在win 7下,使用g09下运行你发给我的molclus程序(非免费win版),我发现还是不能使用,生成的isomers.xyz是空文件。提示错误如下:

  *** Configuration    50  ***
Loading geometry...
Checking geometry...
Generating gau.gjf...
Running Gaussian: "c:\g09w\g09.exe" gau.gjf gau.out
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is : " "
:no error
Error: Optimization did not converge!
Wall clock time elapsed in this cycle:     0s

麻烦您能指点一下,我可能是那里没还没有做对,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-27 21:03:12 | 只看该作者 Only view this author
zidu113 发表于 2015-4-27 19:50
sobereva老师:
   我在win 7下,使用g09下运行你发给我的molclus程序(非免费win版),我发现还是不能使用 ...

你得配置Gaussian的环境变量。参见Multiwfn手册附录1(直接贴在下面了)

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发表于 Post on 2015-4-27 21:41:22 | 只看该作者 Only view this author
,太谢谢sobereva老师了。问题圆满解决。明天再看看在ubuntu系统上有没有问题,还望老师能多多指点。

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发表于 Post on 2015-4-29 19:09:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师:
   你好.不好意思,又要麻烦你指点我,如何在ubuntu系统上运行你发给我的molclus程序(非免费win版).我按照网上的操作,试图安装g09,设置环境变量及文件权限,一直没有成功。恳请老师能否给你个较详细的g09安装步骤教程。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-4-29 20:01:52 | 只看该作者 Only view this author
zidu113 发表于 2015-4-29 19:09
sobereva老师:
   你好.不好意思,又要麻烦你指点我,如何在ubuntu系统上运行你发给我的molclus程序(非免 ...


解压到/sob下
建立/sob/g09/scratch
在/root/.bashrc里加入
export g09root=/sob
export GAUSS_SCRDIR=/sob/g09/scratch
source /sob/g09/bsd/g09.profile
在g09/Default.Route里面设定默认参数,如
-M- 3000MB
-P- 4

如果运行时提示
files in the gaussian directory are world accessible. this must be fixed
则在Gaussian目录下运行chmod 750 -R *
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发表于 Post on 2015-4-29 21:42:48 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师每次都能这么及时回复.明天早上去实验室按您的指导再设置一下,相信这次应该没问题了.

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