使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 17:39:30

鸢翔flybird 发表于 2016-6-13 16:27
Sob老师您好，有几个问题需要请教：
1. 动力学搜索构象容易漏掉极小点吗？2. 看到您在《gentor：扫描方式 ...

1 看你跑的动力学时间长短，以及温度等因素。除了势能面扫描以外没有任何构象搜索方法能确保找到所有极小点。

2 主要是增加找到最小点的几率，虽然极小点找全几率也会变大，但这不是主要目的，高能的极小点还是容易漏掉。

3 即便是溶剂下的情况，气相跑动力学也没问题，毕竟主要目的只是比较随机地产生初猜。动力学时候就要考虑溶剂效应的话建议用GB隐式溶剂模型。

4 不用PBC的话没必要加抗衡离子。用PBC的话应该加上，但量化计算时候可以去掉。

5 gaff一般可以。想更准确可以用MM3、MMFF94之类。

6 你先确认能否直接在命令行里用g09命令调用高斯，能的话，settings.ini里面高斯的路径就直接填g09就完了。如果直接用g09调用不了，说明还没配置好高斯。

鸢翔flybird · 发表于 Post on 2016-6-13 20:12:40

sobereva 发表于 2016-6-13 17:39
1 看你跑的动力学时间长短，以及温度等因素。除了势能面扫描以外没有任何构象搜索方法能确保找到所有极小 ...

谢谢Sob老师解答。关于第6个问题，我不太理解“直接在命令行里用g09命令调用高斯”的意思，是在putty等软件的命令窗口里“module load gaussian/09-d01”吗？我们组做高斯任务都是用脚本pbs提交到计算节点的，只有做类似于chk转为fchk这种小任务时才会module load一下，以便在提交任务的节点上直接完成。这样的话怎么用molclus调用高斯呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-13 23:12:52

鸢翔flybird 发表于 2016-6-13 20:12
谢谢Sob老师解答。关于第6个问题，我不太理解“直接在命令行里用g09命令调用高斯”的意思，是在putty等软 ...

pbs提交方式运行我不清楚

therotyonth · 发表于 Post on 2016-6-21 20:10:55

感谢sobereva老师分享！

bianwenbo · 发表于 Post on 2016-7-1 06:51:56

在Material Studio中有一个 Conform Analysis 同样是进行构象搜索的，不过那个似乎是基于分子力场的计算，可以对比较大的分子进行初步筛选，排除掉不合理的构象。对于包含非常多可自由旋转的长链烷烃类可能是较好的选择。不知道理解的对不对

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-18 19:38:53

用Amber做多个升温-降温循环的MD、产生柔性较高的复杂分子的初猜。在做MD之前需要用Amber力场做极小化吗（事先用MMFF94优化过）？

清岚 · 发表于 Post on 2016-7-20 10:34:37

老师，我在用您给的离子跑molclus程序是出现一下问题：在settings.ini中我设置的是igaucontinue是1，但是在服务器中运行molclus后的结果是attach://5270.jpg，好像并没有执行，用第一个模板优化没有收敛就直接结束了，请问老师这跟我写的脚本有关系吗？您能不能帮忙看一下脚本有没有问题attach://5271.jpg？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-20 13:09:35

liyuanhe211 发表于 2016-7-18 19:38
用Amber做多个升温-降温循环的MD、产生柔性较高的复杂分子的初猜。在做MD之前需要用Amber力场做极小化吗（ ...

不用，MD跑起来之后，一开始优不优化都一样。但如果MD一开始就崩了，还是得先优化一下。

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-20 13:15:08

清岚发表于 2016-7-20 10:34
老师，我在用您给的离子跑molclus程序是出现一下问题：在settings.ini中我设置的是igaucontinue是1，但是在 ...

settings.ini传上来我看一眼
要确保改过那个参数后settings.ini已经保存了

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-7-20 14:18:58

sobereva 发表于 2016-7-20 13:09
不用，MD跑起来之后，一开始优不优化都一样。但如果MD一开始就崩了，还是得先优化一下。

我明白了，谢谢解答！

清岚 · 发表于 Post on 2016-7-20 17:07:46

本帖最后由清岚于 2016-7-20 17:13 编辑

恩恩谢谢老师，我又检查了一遍，确定保存了，然后又试了几遍发现可以了。
我还有一个问题想问，我用您给的template.gjf模板跑的6个Li的团簇，traj.xyz文件给出的初始构型数是15种，但是没有收敛的，都是error，这样的话能不能试着改一下template.gjf中的关键词什么的，我看了”量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法“这个帖子，可是不知道该怎么修改。这是我的settings.ini文件：attach://5274.jpg

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-21 00:14:24

清岚发表于 2016-7-20 17:07
恩恩谢谢老师，我又检查了一遍，确定保存了，然后又试了几遍发现可以了。
我还有一个问题想问，我用您 ...

怎么修改你看molclus自动备份出来的每个优化任务产生的.out文件，看轨迹、能量怎么变化的，以此确定如何解决，比如能量还在下降可以把maxcyc加大。这种Li6团簇还是比较容易优化的

清岚 · 发表于 Post on 2016-7-21 08:55:43

好的，非常感谢老师，我会好好看的

hopedream · 发表于 Post on 2016-9-29 15:50:30

写的真好

whtu · 发表于 Post on 2016-10-11 11:00:12

sob老师，在服务器上执行molclus后只能根据traj.xyz文件逐个地进行计算，而且是没有提交到节点上进行计算的。molclus能不能实现提交到服务器上计算，在多个节点的情况下就可以实现多个任务同时计算，充分利用资源以及节约等待时间。

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