使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-20 14:00:52

cpu144007 发表于 2017-8-20 10:40
如果不能用saveamberparm保存出来，有没有其他方式？

prepin文件里有相应的条目可以设定载入后的unit名
诸如
...
pro4.res
PR4 XYZ 0
CORRECT OMIT DU BEG
...
说明载入后叫做PR4

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-9-5 09:31:08

老师，使用molclus+orca4.0.1优化有机分子团簇，优化完了第一个之后就停了，是怎么回事？

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-5 10:59:52

苏玖染发表于 2017-9-5 09:31
老师，使用molclus+orca4.0.1优化有机分子团簇，优化完了第一个之后就停了，是怎么回事？

看具体提示信息，不好说

happyknighthawk · 发表于 Post on 2017-9-5 16:00:37

Sob老师，您好，我现在使用amber进行动力学模拟来做构象搜索，然后结合molclus做后续的优化和计算，有两个问题想请教您：
1. 使用amber进行动力学模拟，您建议的参数是“总共模拟1ns，步长2fs，每5000帧写入一次轨迹，即间隔10ps”，我应该怎么判断我通过这个设定得到的conformation ensemble是不是完整？
2. 在公社另一个帖子里，我也看了用amber结合gaff力场循环做“模拟退火”的方法，想请教您如果使用这种方式，参数的设置您有什么建议么？
非常感谢您，自己也查阅了一些相关资料，但是具体操作心里还是没什么底

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-6 05:28:13

happyknighthawk 发表于 2017-9-5 16:00
Sob老师，您好，我现在使用amber进行动力学模拟来做构象搜索，然后结合molclus做后续的优化和计算，有两个 ...

1 凭直觉、实际跑出来的轨迹可以大致判断，比如看看是否跑出来的轨迹已经充分遍及各种感兴趣的构象区域了。如果比如某个构象是感兴趣的，但是在整个轨迹里与之接近的构象一次都没出现，那肯定采样还不够。

2 没具体问题没法说，反复多试试，直到期望出现的构象，或者所有你觉得可能出现的构象差不多都得到了就行了

happyknighthawk · 发表于 Post on 2017-9-6 10:54:36

sobereva 发表于 2017-9-6 05:28
1 凭直觉、实际跑出来的轨迹可以大致判断，比如看看是否跑出来的轨迹已经充分遍及各种感兴趣的构象区域了 ...

好的，谢谢Sob老师！

happyknighthawk · 发表于 Post on 2017-9-15 17:10:03

liyuanhe211 发表于 2016-7-18 19:38
用Amber做多个升温-降温循环的MD、产生柔性较高的复杂分子的初猜。在做MD之前需要用Amber力场做极小化吗（ ...

李老师，我研究的对象是一类降三萜类天然产物，化合物类型大致就是您写在另外一个帖子里面的那种（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%B9%B9%CF%F3）。
之前按照Sob老师在本帖的一楼做麻黄素分子MD的方法搜索了几个分子的构象，后面想尝试一下用amber做多个升温-降温循环MD的方式，因为之前并没有使用过amber，自己捣鼓了好一阵，心里面还是不太有底，想请教您两个问题：
（1）就您的经验，对于这些降三萜分子，Sob老师示例的普通MD方法是否能够达到较好的效果？
（2）因为想尝试一下用Amber做多个升温-降温循环的MD，但是amber输入文件的编写实在不太会弄，目前还只是把相关参数的含义弄明白了。所以能不能麻烦李老师把你写的输入文件给我一份（应该是md1.in那个文件吧？）学习一下？我想结合着例子跟Manual应该能稍微好一点。
非常感谢您！

cpu144007 · 发表于 Post on 2017-10-5 11:14:14

Sob老师好！sander本身就能做Energy minimization， molclus为什么不调用它进行优化？动力学的优化与量化的半经验优化结果会不会有很大差别？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-5 12:08:15

cpu144007 发表于 2017-10-5 11:14
Sob老师好！sander本身就能做Energy minimization， molclus为什么不调用它进行优化？动力学的优化与量化的 ...

sander主要是基于分子力学的。而且调用sander，还得有产生拓扑文件之类的过程，对于乱七八糟小分子又牵扯缺参数之类，难以简单调用。靠高斯做UFF力场优化就已经能达到目的了。

cpu144007 · 发表于 Post on 2017-10-7 13:31:54

谢谢Sob老师。molclus判断不同构象的相似性是不是根据RMS？cluster之前不用先固定指定原子做align吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-7 19:50:36

cpu144007 发表于 2017-10-7 13:31
谢谢Sob老师。molclus判断不同构象的相似性是不是根据RMS？cluster之前不用先固定指定原子做align吗？

molclus是根据距离矩阵的偏差判断结构是否相似的，距离矩阵直接体现分子内的原子相对几何关系，故不需要做align

cpu144007 · 发表于 Post on 2017-10-8 10:14:30

谢谢Sob老师！

日新行侠 · 发表于 Post on 2017-11-14 14:40:10

fhh2626 发表于 2015-1-6 11:56
原理略有些简单啊。。用MD方法搜索团簇的效率还是比MC低了不少，这样很难得到团簇的global minima吧
还有 ...

你好，我之前看文献，说到用basin hopping方法产生团簇结构，但是不是很明白这个方法具体是通过什么软件做的，还望不吝赐教

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-1 01:53:53

molclus 1.4版已发布，支持了Grimme的xtb程序，加入了mpioption选项，已相应地对本帖内容进行了修改补充

ggdh · 发表于 Post on 2018-1-24 09:20:02

(5)启动molclus。molclus会载入traj.xyz、settings.ini和模板文件，然后自动调用量子化学程序对traj.xyz的每一帧结构进行优化，并将优化好坐标和能量写入到当前目录下的isomers.xyz文件中。
请问这一步能否拆开成下面3步：
a) 启动molclus。molclus会载入traj.xyz、settings.ini和模板文件，对traj.xyz的每一帧结构进行优化产生相应的gjf文件
b)用户将这些gjf文件同时提交到服务器上计算，然后获得全部输出文件
c)启动molclus, molclus 读取所有的输出文件，并将优化好坐标和能量写入到当前目录下的isomers.xyz文件中
这样对于帧数较大的情况可以实现并行计算。

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