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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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发表于 Post on 2015-6-12 15:46:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-19 04:38
完全可以。

文中用genbox加入了4个水分子,比如再加入3个NH3,就再运行一次genbox,把插入的分子设 ...



此处发现失效链节一枚,辛苦sob老师更改一下哈

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-6-12 17:05:24 | 只看该作者 Only view this author
nkallwar 发表于 2015-6-12 15:46
此处发现失效链节一枚,辛苦sob老师更改一下哈

谢谢,已改
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发表于 Post on 2015-7-28 11:02:38 | 只看该作者 Only view this author
赞一个,感谢SOB老师的分享!

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发表于 Post on 2015-8-14 00:15:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-6 12:28
我开发过MC搜索团簇的程序,对于搜索原子团簇适合,但这种方法明显不适合分子团簇(本文强调的是分子团 ...

个人感觉,还是要看问题的势能面形状。如果是势能面是不少深度类似的势阱(如团簇),MC比较好;如果是由深浅相差较大的势阱组成,MD多次退火比较好。不好一概而论。其他算法没用过,不太清楚。也许有普适算法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-8-15 02:44:05 | 只看该作者 Only view this author
spearous 发表于 2015-8-14 00:15
个人感觉,还是要看问题的势能面形状。如果是势能面是不少深度类似的势阱(如团簇),MC比较好;如果是由 ...


原子团簇和分子团簇的特征有相当大的差异,这已经在势能面结构的基本形状上有决定性的差别了。分子团簇搜索首先必须保持分子的完整性,且不让分子之间不合理接触严重,这在MD中是自发的。而至于MD、MC在探索势能面的效率上,则又是另一个问题。
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发表于 Post on 2016-3-1 21:50:07 | 只看该作者 Only view this author
通过动力学方式获得分子构象搜所的初始结构时,直接(类似随机的)截取动力学中的一些点做初猜是否合适?

可否用Amber做到以这些随机点为初始结构,缓慢降温至0K后再用半经验、DFT优化?若研究对象是较复杂的分子(如近100个原子的有机体系),是否有必要?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-3-2 03:20:50 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-3-1 21:50
通过动力学方式获得分子构象搜所的初始结构时,直接(类似随机的)截取动力学中的一些点做初猜是否合适?
...

随机截取并不比均匀截取更好,因为没有均匀截取的系统性,以及保证涵盖的全面性。
amber用你那样的做法虽然可以,但不很理想。直接取结构的话,其实并不能说温度,除非把粒子动能也读进去作为初始条件。这样降为0K,每个点都需要进行MD模拟,花时间,不比直接优化好多少,如果是先用分子力场预优化一下倒是可以。100个原子这种情况按照文中那样普通MD就可以,如果怀疑有一些自由能垒很高妨碍转化,可以在gromacs里做周期性退火,然后molclus取其中对应恰降到0K的结构,会很方便也很有效。
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发表于 Post on 2016-3-2 10:29:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-3-2 03:20
随机截取并不比均匀截取更好,因为没有均匀截取的系统性,以及保证涵盖的全面性。
amber用你那样的做法 ...

我明白了,那就直接Amber了。十分感谢!

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发表于 Post on 2016-4-4 21:31:52 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2016-5-30 19:48:24 | 只看该作者 Only view this author
老师,用高斯来优化3.5中的例子,是不是要很长时间,一开始运行,就没反应了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-31 00:38:02 | 只看该作者 Only view this author
lidanhoney 发表于 2016-5-30 19:48
老师,用高斯来优化3.5中的例子,是不是要很长时间,一开始运行,就没反应了。

自行监控gau.out看看算到什么情况了
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发表于 Post on 2016-6-13 09:17:37 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,
  如果想用molclus计算的结果发表文章的话,应该怎样描述程序或是引用什么文献呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 09:35:19 | 只看该作者 Only view this author
yaochuang 发表于 2016-6-13 09:17
Sob老师,
  如果想用molclus计算的结果发表文章的话,应该怎样描述程序或是引用什么文献呢?

引Tian Lu, Molclus program, website: http://www.keinsci.com/research/molclus.html
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发表于 Post on 2016-6-13 10:05:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-13 09:35
引Tian Lu, Molclus program, website: http://www.keinsci.com/research/molclus.html

好的,谢谢Sob老师!

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发表于 Post on 2016-6-13 16:27:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 鸢翔flybird 于 2016-6-13 17:06 编辑

Sob老师您好,有几个问题需要请教:
1. 动力学搜索构象容易漏掉极小点吗?2. 看到您在《gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具》写道“对于体系较大的,可以用Gromacs周期性退火,每100 ps内从0 K升温到500 K再返回到0 K, 跑50 ns,得到500个处于0 K的构象,用molclus对它们优化”,请问这样只是得到能量最低结构的概率变大了,还是各个极小点不遗漏的概率也变大了?
3. 本帖中关于分子构象的教程是在非溶剂化的条件下跑动力学的,对于极个别时候气相和溶剂下分子结构差异大的情况,如果最终目的是想要精确地计算这种分子在水中的自由能,那么在气相下跑动力学+仅仅在量化优化时加smd溶剂化模型,这样得到的结果是不是不可靠?而应该在水盒子里跑动力学,而后溶剂化下量化优化?
4. 如果分子本身带电荷,跑动力学时是否一定要加离子抗衡?如果是的话,量化优化及计算单点能时是否需要将加入的抗衡离子去除?
5. 自己设计的新有机分子(100个原子以内)用Gaff力场是否够精确?还是要重新拟合参数?
6. 用Linux版molclus,在我们组的集群上运行高斯优化那一步时,出现了图1所示错误,好像环境变量有问题,高斯程序属性如图2,程序所在文件夹里l1.exe也在,请问如何解决呢?



360截图20160613165819444.png (10.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 246)

图1 molclus调用高斯出错信息

图1 molclus调用高斯出错信息

360截图20160613151502203.png (24.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 256)

图2 高斯软件属性

图2 高斯软件属性

本版积分规则 Credits rule

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