使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva

whtu 发表于 2016-10-11 11:00
sob老师，在服务器上执行molclus后只能根据traj.xyz文件逐个地进行计算，而且是没有提交到节点上进行计算的 ...

提交方式运行应该可以，我没试过，但应该肯定有办法

whtu

sobereva 发表于 2016-10-11 13:10
提交方式运行应该可以，我没试过，但应该肯定有办法

1、sob老师，可以实现提交到节点计算，但是我还是没有办法实现在节点上同时执行多个结构优化计算，如4.4 molclus+Gaussian中gau00001.gjf、gau00002.gjf……同时优化，不知道sob老师有什么方法？
2、在分子构象搜索中，如果做的是真空下的搜索，那么MD部分对力场的选择是不是基本没什么要求了，选什么样的力场也就无所谓了？
3、如果做的是离子液体的阳离子或阴离子的构象搜索，如：1-(2-hydroxyethyl)-3-methylimidazolium 阳离子，在MD部分和molclus+MOPAC部分怎么体现或设置其电荷为+1？

sobereva

whtu 发表于 2016-10-17 11:03
1、sob老师，可以实现提交到节点计算，但是我还是没有办法实现在节点上同时执行多个结构优化计算，如4.4  ...

1 把molclus目录多拷几份，用不同文件夹命名试试
2 看你具体以什么方式做构象搜索，如果是分子力场做MD产生初猜结构，分子力场显然还是有可能影响搜索结果的，至少力场得让MD过程中能采样到你感兴趣的结构附近。
3 MD时候就通过原子电荷来体现。MOPAC时候你只需要设整体的电荷，量化计算SCF收敛后的波函数自动对应阴阳离子状态。

jiameiye

请问老师有提交molclus任务的PBS脚本模板吗？

jiameiye

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=50:00:00
#PBS -N Molclus
#PBS -o $input.stdout
#PBS -q qdef
#PBS -A lp_leuven_mg


. /user/leuven/319/vsc31921/molclus_1.3.5_Linux_free/gau09e.vars

if [ ! -d $VSC_SCRATCH_NODE/$input ]
then
    mkdir -p $VSC_SCRATCH_NODE/$input
fi

export GAUSS_SCRDIR=$VSC_SCRATCH_NODE/$input


#Specify molclus directory
MOLCLUS_DIR=/user/leuven/319/vsc31921/molclus_1.3.5_Linux_free

export workdir=$PBS_O_WORKDIR

#cd workdir and execute molclus
cd $workdir
./molclus >
rm -r $GAUSS_SCRDIR/*

请问老师，用这个PBS脚本运行molclus的语句是怎么写？

sobereva

jiameiye 发表于 2017-4-25 23:50
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=50:00:00

PBS的事我不大清楚

冰释之川

jiameiye 发表于 2017-4-25 23:50
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=20
#PBS -l walltime=50:00:00

traj.xyz拷到molclus所在目录下：如果是Linux版，进入molclus文件夹，输入./molclus。然后molclus就开始运行了。

jiameiye

冰释之川 发表于 2017-4-26 09:42
traj.xyz拷到molclus所在目录下：如果是Linux版，进入molclus文件夹，输入./molclus。然后mo ...

谢谢你，直接当前节点运行的我会，我说的是PBS脚本提交任务到任务排队系统，不是直接运行的。

jiameiye

sobereva 发表于 2017-4-26 05:53
PBS的事我不大清楚

好的，谢谢老师。

jiameiye

冰释之川 发表于 2017-4-26 09:42
traj.xyz拷到molclus所在目录下：如果是Linux版，进入molclus文件夹，输入./molclus。然后mo ...

我这里只能进入登录节点，任务需要通过作业调度系统排队提交到计算节点，所以我需要一个PBS作业脚本提交运行molclus任务，脚本里会说明调用高斯来做构型搜索和优化。现在的问题是不知道settings.ini 怎么调用，最终输出文件是高斯的.log， 还是分析总结的结果文件。

weizheng007

很好的程序赞一个！！！        最近看到一篇用CALYPSO计算（FeO）n团簇的文献，想请问一下几个问题：1、您觉得使用molclus程序与其他软件（GA、CALYPSO、BPGA等等）区别在于什么？（寻找基态以及运行效率等）2、使用该软件计算（FeO）n的话，按论坛的意思是考虑分子团簇，那对于这种类型的团簇考虑分子团簇和原子团簇的有何区别呢？（很多文献都会有笼型结构，考虑原子团簇是否很难形成？）

sobereva

weizheng007 发表于 2017-8-2 09:38
很好的程序赞一个！！！        最近看到一篇用CALYPSO计算（FeO）n团簇的文献，想请问一下几个问题：1、您 ...

对于FeO团簇不适合用molclus，因为是这种团簇里面全都是离子键。molclus适合的是弱相互作用构建的团簇
molclus在团簇搜索上并没有用什么专门的算法，只是暴力产生初猜结构，虽然看起来暴力，但是实际效果却挺好，用着也方便。

cpu144007

老师，您好！我尝试重复麻黄素的例子，但没能产生拓扑文件。不知哪里出问题。

sobereva

cpu144007 发表于 2017-8-19 12:58
老师，您好！我尝试重复麻黄素的例子，但没能产生拓扑文件。不知哪里出问题。

用list命令看当前都有哪些unit，已经存在的unit才能用saveamberparm保存出来

cpu144007

sobereva 发表于 2017-8-19 14:01
用list命令看当前都有哪些unit，已经存在的unit才能用saveamberparm保存出来

如果不能用saveamberparm保存出来，有没有其他方式？