使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-24 12:14:23

ggdh 发表于 2018-1-24 09:20
(5)启动molclus。molclus会载入traj.xyz、settings.ini和模板文件，然后自动调用量子化学程序对traj.xyz的 ...

一般来说，就在模板输入文件里设置计算的时候线程数就行了。如果是有多个节点的那种情况，建议用这个设置
ngeom= 0 // =0: Process all geometries in traj.xyz =n: Only consider the first n geometries =n,m: Process from the nth to mth geometries
比如ngeom= 1,50就代表这个molclus进程只处理1-50帧。不同节点上处理不同帧号范围，最后再把几个节点上iisoerms.xyz合并到一起就可以了

ggdh · 发表于 Post on 2018-1-24 21:24:44

“模板输入文件里设置计算的时候线程数”
这样的话一台电脑只能同时算一个gjf吧
44核的电脑一次只跑一个gjf有点浪费，应该能够在一台电脑上同时运行两个或者多个molclus吧？

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-24 21:54:59

ggdh 发表于 2018-1-24 21:24
“模板输入文件里设置计算的时候线程数”
这样的话一台电脑只能同时算一个gjf吧
44核的电脑一次只跑一个g ...

把molclus目录多复制几份即可同时跑

typ_gauss · 发表于 Post on 2018-5-18 23:42:25

sob老师您好，我比较偏向于柔性有机小分子的量化计算，对于量化的那个部分比较熟悉，但是对于分子力学的那一个部分不是很熟，请问有没有windows平台，易于上手的软件，能进行MD或者MC，并产生轨迹文件，比如hyperchem可以吗？谢谢。

asdf · 发表于 Post on 2018-5-21 10:48:47

amber18安装和测试没有问题，1028个例子通过，3个fail，遇到以下错误antechamber -i Ephedrine.pdb -fi pdb -o Ephedrine.prepin -fo prepi -c bcc -s 2

Running: /home/amber18/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out
Attempting to use an MPI routine before initializing MPI
antechamber: Fatal Error!
Cannot properly run "/home/amber18/bin/sqm -O -i sqm.in -o sqm.out".

AiYUiA · 发表于 Post on 2018-5-23 13:28:19

对于一个菜鸟来说，看完之后真是有种豁然开朗的感觉，而且没看一遍都有不一样的理解，看完两三遍后真的是有种知识慢慢打通的感觉。

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-23 18:34:24

asdf 发表于 2018-5-21 10:48
amber18安装和测试没有问题，1028个例子通过，3个fail，遇到以下错误antechamber -i Ephedrine.pdb -fi pdb ...

看sqm.out里的信息确定什么问题导致的

rtransformation · 发表于 Post on 2018-5-26 16:52:11

sob老师，新版的Gromacs的命令已经改了，希望您可以改一下。不太了解Gromacs这个程序，新版的参数好像和您这个也不一样。
我上官网上查了一下，不知道做得对不对：
genbox -cp emptybox.gro -ci H2O.pdb -o H2O_box.gro -nmol 4
→gmx insert-molecules -f emptybox.gro -ci H2O.pdb -o H2O_box.gro -nmol 4
剩下的那几个Gromacs命令是不是前面都再加上gmx就好了？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-26 17:02:26

rtransformation 发表于 2018-5-26 16:52
sob老师，新版的Gromacs的命令已经改了，希望您可以改一下。不太了解Gromacs这个程序，新版的参数好像和您 ...

genbox的用处从5.0开始已经被gmx insert-molcules和gmx solvate代替了，当前文中的应该用前者
文中已经加入了说明

rtransformation · 发表于 Post on 2018-5-26 17:40:33

sobereva 发表于 2018-5-26 17:02
genbox的用处从5.0开始已经被gmx insert-molcules和gmx solvate代替了，当前文中的应该用前者
文中已 ...

还要麻烦一下sob老师，如果是gmx insert-molecules这个，-cp这个参数程序说是unknown，改成-f是对的吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-26 18:05:54

rtransformation 发表于 2018-5-26 17:40
还要麻烦一下sob老师，如果是gmx insert-molecules这个，-cp这个参数程序说是unknown，改成-f是对的吗？

不用写-cp，也不用事先建立空盒子。直接写-box 1 1 1就代表往1*1*1nm的空盒子里加入分子

rtransformation · 发表于 Post on 2018-5-26 18:08:50

sobereva 发表于 2018-5-26 18:05
不用写-cp，也不用事先建立空盒子。直接写-box 1 1 1就代表往1*1*1nm的空盒子里加入分子

这下明白了，谢谢sob老师。

花开半夏 · 发表于 Post on 2018-8-25 21:47:36

Sob老师，我想计算一种材料(含有C、H、N和Fe的体系，原子数为69个)和H2O、CO2在基态下的最优构型，想用molclus进行构象搜索，我初猜设了40个，基组和泛函用b3lyp/6-31g*，想先初步筛选后再用高的基组进一步计算，但是感觉算的很慢，请教下sob老师应该怎么算更合适。

sobereva · 发表于 Post on 2018-8-25 21:50:22

花开半夏发表于 2018-8-25 21:47
Sob老师，我想计算一种材料(含有C、H、N和Fe的体系，原子数为69个)和H2O、CO2在基态下的最优构型，想用molc ...

先用PM6-D3H4或xtb初步筛选，基本花不了什么时间，筛出来5~10个，再用DFT优化
如果牵扯弱相互作用，记得加D3校正。6-31G*是底限，没法更低。如果Fe比较多，用SDD赝势基组可以省点时间。

花开半夏 · 发表于 Post on 2018-8-26 11:32:45

Sob老师，我们主要研究的是氢键弱相互作用，也是需要加D3校正的吧。
体系中只含有一个过渡金属原子，其他的都是C H O N，那我先用PM6-D3H4做初步筛选，之后C H O N用6-311g**,过渡金属用SDD，这样可以吗？

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