计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1591#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-10 21:10:54 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-6-9 11:57
Sob老师,我以自旋多重度=1或3两种可能性优化NpO2+离子的结构,都优化成功,但是能量方面M=3的要略低一些( ...

从NPA分析结果上明显看出两种情况Np的自旋分布并没什么区别,着眼点应当在氧上。
你那种图在量化的框架里,每个横杠只能对应于分子轨道,没法对应于原子轨道。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1592#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-10 21:14:57 | 只看该作者 Only view this author
vigaryang 发表于 2016-6-8 22:38
sob老师您好,我想利用DFT理论计算某种双金属催化剂的表面电子特性及其与有机分子的相互作用信息。但是在查 ...

如果是按照周期性方式来计算,不适合用高斯等量化程序,而适合用第一性原理程序。
量化程序主要用来算分子、团簇等孤立体系。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1593#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-10 21:22:56 | 只看该作者 Only view this author
garywu 发表于 2016-6-8 23:15
sob老师,我想例证说明一下烷烃与水分子之间是疏水的(即范德华作用),选取了乙苯作为模型。在优化的过程 ...

疏水作用跟范德华作用不是一码事,不应混为一谈。疏水作用是熵效应,应当说这种情况出现在体系和水的相互作用较弱(结合焓不很大)的情况。
即便是甲基或是亚甲基与水作用,优化出来的极小点也必然是C-H----O这种作用方式。这种作用很弱,优化容易震荡,解决办法看sobereva.com/164。
因为这种作用很弱,势阱也浅,若不把优化步长上限设得小一些很容易就跑到其它势阱更深的极小点去,如对应pi-H键的极小点。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

559

帖子

0

威望

6214

eV
积分
6773

Level 6 (一方通行)

1594#
发表于 Post on 2016-6-10 21:29:01 | 只看该作者 Only view this author
请问用orca计算含过渡金属体系,如果scf不收敛,如scf振荡用slowconv,拖尾用KDIIS和SOSCF,或NRSCF/AHSCF,请问
1.这几个关键词具体情况下用哪一个?
2.哪些情况下用几个关键词组合?
3.采用这些关键词帮助scf收敛是否会影响计算的准确度?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1595#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-10 21:46:24 | 只看该作者 Only view this author
bomsaude 发表于 2016-6-9 01:50
近几天在看ExpChem3那本书,有几个小问题请教Sob老师:

1 书中E2.4,用了biorthogonalized 轨道,查了一 ...

1 大抵是因为alpha HOMO-3和beta HOMO不十分相似,所以各当成是单电子轨道。更低的轨道间相似度大抵比较高。不过我对这种说法只是持中立态度。

2 程序的限制

3 书里写错了,应当为5/2 RT

4 手头没这书不好说,用自带的例子输入文件跑跑看。另外也看看网站上的勘误有没有这部分的。
尽信书不如无书,如果觉得就是莫名其妙就别管它

5 acc2e不管对什么泛函,从默认的10增加到12一般都不会令收敛后的能量有可观测到的改变,所以根本没必要加这个。此泛函对积分格点的敏感度还没看到有专门的讨论,但即便明尼苏达泛函都不是总是非得用ultrafine,APFD更没道理总是用ultrafine。从你的能量结果上也反映了这一点。

绝对能量没有可比性,比B3LYP绝对能量更接近CBS-QB3什么也说明不了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

1596#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-10 21:49:20 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2016-6-10 21:29
请问用orca计算含过渡金属体系,如果scf不收敛,如scf振荡用slowconv,拖尾用KDIIS和SOSCF,或NRSCF/AHSCF ...

不会影响准确度
几种都可以试试,先考虑slowconv
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1597#
发表于 Post on 2016-6-11 06:51:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-10 21:10
从NPA分析结果上明显看出两种情况Np的自旋分布并没什么区别,着眼点应当在氧上。
你那种图在量化的框架 ...

谢谢老师

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1598#
发表于 Post on 2016-6-11 07:41:08 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lastzealot 于 2016-6-11 08:24 编辑

Sob老师,在文献里经常能看到这样的图片,M和N络合生成MN,反应物原子轨道组合成分子轨道,请问这样的图怎么做?
AO与MO的对应关系怎么来找呢?
MO应该从高的占据轨道往下找还是从能量较低的轨道往上找呢?
谢谢老师。


图片1.png (735.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

图片1.png

559

帖子

0

威望

6214

eV
积分
6773

Level 6 (一方通行)

1599#
发表于 Post on 2016-6-11 08:23:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-10 21:49
不会影响准确度
几种都可以试试,先考虑slowconv

谢谢sob老师。

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

1600#
发表于 Post on 2016-6-12 00:00:59 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-6-11 07:41
Sob老师,在文献里经常能看到这样的图片,M和N络合生成MN,反应物原子轨道组合成分子轨道,请问这样的图怎 ...

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
sobereva + 1

查看全部评分 View all ratings

3097

帖子

29

威望

1万

eV
积分
17221

Level 6 (一方通行)

1601#
发表于 Post on 2016-6-12 01:36:57 | 只看该作者 Only view this author
didi_dudu 发表于 2015-3-18 15:43
请问一下常用ECP中如ECPXXMDF的MDF是什么意思?是multiconfiguration Dirac±Hartree±
Fock (MCDHF) 的进 ...

M指拟合时考虑所有电子(相对于S只考虑价电子);DF是Dirac-Fock

586

帖子

0

威望

4192

eV
积分
4778

Level 6 (一方通行)

1602#
发表于 Post on 2016-6-12 10:09:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-1 09:08
凭直觉就知道不可能产生影响,算也没意义
你也可以把那些离得远的离子坐标冻结住,没准收敛容易点,反正 ...

老师,我想您给我个看法,您怎么认为的?
就是对于我要研究离子液体团簇催化,算多个分子,以确定离子液体之间的相互作用对催化的影响,这个想法合理吗?
我现在用HF优化出来了6个离子液体催化二氧化碳的过渡态,然后再用b3pw91优化,这样计算的可信度怎么样?

720

帖子

0

威望

1252

eV
积分
1972

Level 5 (御坂)

1603#
发表于 Post on 2016-6-12 10:23:06 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2016-6-12 00:00
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

谢谢老师

215

帖子

0

威望

1627

eV
积分
1842

Level 5 (御坂)

1604#
发表于 Post on 2016-6-12 10:46:48 | 只看该作者 Only view this author

几何优化不收敛---能量接近收敛,但是RMS还是微弱震荡

本帖最后由 灰飞的旋律 于 2016-6-12 18:57 编辑

优化时能量接近收敛,但是RMS还是微弱震荡。我的输入文件
%chk=*****.chk
%nprocshared=8
%mem=8000MW
#p opt(calcfc,maxcycl=200,cartesian) B3LYP/GENECP EmpiricalDispersion=GD3BJ freq int=ultrafine


一般这种情况容易在优化后期出现能量的大幅震荡,导致自洽迭代收敛失败或者几何优化收敛失败。
换成calcall或者增大步长会不会有效果呢??
类似于下图这样,从104步开始震荡


第一幅图形后期也变成了这样,但是却从四个NO一下变成了四个YES,优化结束了


       Item                                Value     Threshold  Converged?
Maximum Force                 0.046733     0.000450     NO
RMS     Force                     0.013558     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.050223     0.001800     NO
RMS     Displacement         0.018833     0.001200     NO

下一次优化就成了四个YES
         Item                            Value     Threshold  Converged?
Maximum Force                 0.000138     0.000450     YES
RMS     Force                     0.000040     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.000090     0.001800     YES
RMS     Displacement         0.000034     0.001200     YES
Predicted change in Energy=-4.749813D-07
Optimization completed.
    -- Stationary point found.
这也行呀,为啥感觉怪怪的???

8

帖子

0

威望

39

eV
积分
47

Level 2 能力者

1605#
发表于 Post on 2016-6-12 20:00:31 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师您好,我下载的pdb文件是配体A与受体的结合,我想要的是受体的单独结构,我可以直接删掉配体A,然后用配体B与剩下的受体用autodock做对接么?谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 13:28 , Processed in 0.253932 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list