简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

大道之行

liyuanhe211 发表于 2016-6-7 23:57
查。实在查不到问。

额好的。谢谢老师额

jingyubo

sob老师您好，我用mp2 6-311+g(d)计算Al5Na4开壳层时一直计算出现错误，我看了您的帖子，使用了关键词opt=calcall mp2/6-311+g(d) scf=(NoVarAcc,vshift=500,NDamp=20,Fermi,noDIIS,qc)时，出现Gradient too large for Newton-Raphson -- use scaled steepest descent instead.
l508.exe错误，使用了opt(gdiis,maxstep=5,notrust) mp2(maxcycle=200)/6-311+g(d) scf=qc 时出现了No lower point found -- run aborted.
Error termination via Lnk1e in /HOME/nsfc2015_317/soft/g09/l508.exe 错误，使用opt mp2=maxcyc=200 6-311+g(d) Geom=Check Guess=Read  nosymm 出现 Error termination request processed by link 9999.
Error termination via Lnk1e in /HOME/nsfc2015_317/soft/g09/l9999.exe错误，还用了很多关键词组合，都出现了各种错误，计算不下去，
麻烦老师看看这些关键词用的不对，还是其他的问题？

sobereva

jingyubo 发表于 2016-6-8 10:43
sob老师您好，我用mp2 6-311+g(d)计算Al5Na4开壳层时一直计算出现错误，我看了您的帖子，使用了关键词opt=c ...

乱七八糟关键词用得太多。
弥散对于当前体系不是必须的，先去了弥散优化看看
MP2不行的话多试几个泛函，诸如B3LYP精度不会低于MP2
不要优先考虑qc，这点在这里说了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

jingyubo

我先用了b3lyp能够算出来，但是老板让用mp2结果作对比，其他的都能够算出来，但是就只剩这一个算不出来了，去掉弥散也试过了，但是就是不行，多谢sob老师指点，我再研究研究~~

vigaryang

sob老师您好，我想利用DFT理论计算某种双金属催化剂的表面电子特性及其与有机分子的相互作用信息。但是在查阅类似文献时，我发现很多文献所使用的DFT计算软件都是Dacapo code、SeqQuest code、VASP code之类看起来不太常见的code，而不是Gaussian等最常用的DFT计算工具。这是因为Gaussian不适用于此类计算么？还是有其它原因？谢谢！（请恕我无知，我目前只熟悉Gaussian）

garywu

sob老师，我想例证说明一下烷烃与水分子之间是疏水的（即范德华作用），选取了乙苯作为模型。在优化的过程中（B3LYP-D3/6-311+G**），无论我怎么摆放水中的氧原子，摆放在乙苯中的甲基或者亚甲基的氢原子附近（均为局部极大值点），算了近百步都不能收敛，一直在摇摆，其中摆放在亚甲基上的时候甚至优化过后水分子跑到了苯环上方形成了pi...H-O氢键。老师您有什么建议吗？选择简单的乙烷、丙烷，还是构造R-O-CH3这种结构，利用形成的碳键来说明水分子与烷烃之间的疏水作用（范德华作用）？

bomsaude

近几天在看ExpChem3那本书，有几个小问题请教Sob老师：

1 书中E2.4，用了biorthogonalized 轨道，查了一下手册，解释为：Biorthogonalize unrestricted molecular orbitals in order to maximally align electron pairs. 输入的电荷和自旋多重度为1 4
。这似乎都能理解。得到的轨道如下图所示：



为什么说有5个单占据轨道，其中4个是alpha，一个是beta，为什么不说7个单占据轨道，其中5个是alpha，两个是beta？另外，从alpha HOMO-1, HOMO-2和HOMO-3是如何看出离域在Fe原子上的？

2 它的输出文件，我在Multiwfn中摆不出如图所示的样子，Fe和O总是上下的，转不了90度，不知为啥？
e2_04_canonical.fchk (421.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

2016-6-9 01:08 上传 Uploaded

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3 书上P156对焓的校正是不是搞错了？

热校正应该是(3/2)RT吧，对焓的校正不是应该多一个RT吧，(5/2)RT吧。

4 书上E6.11例子，首先我用它给的文件，算不出它给的结果


结果对不上暂且不说，它计算的产物复合物能量最低，为什么画图时是产物最低，而且书上描述的几个数据（4.1 kcal/mol, 7.2kcal/mol等，见下图），都不知道是如何得到的？


5 正像您说的，这本书中用的基本大多为APFD/6-311+g(2d,p) 并且增加积分格点（Int=(UltraFine,Acc2E=12)，默认是10），他们称之为他们的标准基组，看到您说增加积分格点没有什么用途，是从哪看出来的？是从能量吗？我随便用了一个分子（苯酚），采用他们的所谓标准基组和一些其它基组，计算结果如下：

                                                                                               E                           CPU time
#p cbs-qb3                                                                      -306.929978                      ~17m                                                         
#p MP2/6-311+g(2d,p) opt                                               -306.722315                       12m48s
#p b3lyp/6-311+g(2d,p) opt                                              -307.561321                       4m50s
#p APFD/6-311+g(2d,p) opt  Int=(UltraFine,Acc2E=12)       -307.2994469                      10m33s
#p APFD/6-311+g(2d,p) opt                                              -307.2994461                      6m15s
#p APF/6-311+g(2d,p) opt                                                 -307.294676                       4m44s

从能量上来看，确实增加积分格点没什么用途，能量基本一样，耗时增加了许多。

就这个计算来说，能否说明APF比b3lyp强一些，因为它的能量值更接近CBS-QB3的数据？

谢谢！

小书童

高斯频率分析计算结果文件中熵的单位是cal/mol/k吗？

lastzealot

Sob老师，我以自旋多重度=1或3两种可能性优化NpO2+离子的结构，都优化成功，但是能量方面M=3的要略低一些（B2PLYP/def2-TZVP），说明有两个单电子的情况更稳定些。于是我想了解一下这两种情况下，Np的最外层电子排布情况，看看M=1的情况中成对电子分配在哪个轨道中，看看M=1的情况都哪些轨道有单电子。于是我就做了NBO分析。但是看不懂输出，想请教一下老师。
M=1：Np   [core]7S( 0.16)5f( 4.19)6d( 1.14)7p( 0.31)
M=3：Np   [core]7S( 0.16)5f( 4.15)6d( 1.15)7p( 0.31)
从电子构型看，两种情况十分相似，其中5f轨道略有不同且占据数很大>4。于是我就找到了两种情况中Np的5f轨道的NAO占据数。
M=1：
f(0)   Val( 5f)     1.06696
f(C1)  Val( 5f)     0.49556
f(S1)  Val( 5f)     0.49614
f(C2)  Val( 5f)     1.20788
f(S2)  Val( 5f)     0.76926
f(C3)  Val( 5f)     0.07284
f(S3)  Val( 5f)     0.07689
M=3：
f(0)   Val( 5f)     1.05359
f(C1)  Val( 5f)     0.49005
f(S1)  Val( 5f)     0.48992
f(C2)  Val( 5f)     0.98613
f(S2)  Val( 5f)     0.98614
f(C3)  Val( 5f)     0.07241
f(S3)  Val( 5f)     0.07234

但是这里面都是小数啊！！！我只是想得到图中那种电子排布，请问Sob老师我应该如何来分析呢？
谢谢老师。

xinzhi

非常感谢Sob老师开贴

非柳暗花明

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非柳暗花明

结构图

非柳暗花明

应该跟过氧化氢一样  是C2点群吗？？

sobereva

非柳暗花明 发表于 2016-6-10 12:38
结构图

量化优化一看就知道了

sobereva

小书童 发表于 2016-6-9 08:13
高斯频率分析计算结果文件中熵的单位是cal/mol/k吗？

是