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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-6-17 15:05:41 | 只看该作者 Only view this author
老师,我先问一下ORCA说明书里面
%geom
ConstrainFragments { 1 } end  # constrain all internal
                                           # coordinates of fragment 1
ConnectFragments
{1 2 C 12 28} # connect the fragments via the atom pair 12/28 and 15/28 and
{1 3 C 15 28} # constrain the internal coordinates connecting
                    # fragments 1/2 and 1/3
{1 5 O}
{1 6 O}
{2 4 O}
{3 4 O}
end
代表什么意思呀?1 2 是指第一个片段和第二个片段吗?那后面的C 12 28代表什么?我之前看sob老师说ConnectFragments是优化两个片段相对位置的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-17 17:15:49 | 只看该作者 Only view this author
回不去的时光 发表于 2016-6-17 15:05
老师,我先问一下ORCA说明书里面
%geom
ConstrainFragments { 1 } end  # constrain all internal

1 2就是那两个片段的编号
C 12 28代表这两个原子间是12和28号原子相连的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2016-6-20 10:50:29 | 只看该作者 Only view this author

CYLview

请问各位大神,CYLview软件做的里面填充的黄色是怎么做到呢,请教教我,谢谢

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发表于 Post on 2016-6-20 11:26:21 | 只看该作者 Only view this author

溶剂模型问题

请教各位老师,我想计算溶解自由能,在计算气相下单点和溶剂下单点时分别用了orca下面的命令计算气相下单点命令! B3LYP M062X 6-31G*
计算溶剂下单点的命令
! B3LYP M062X 6-31G*
% cosmo smd true
        solvent "THF"
  end


结果发现,气相下单点比溶剂下单点大,也就是说 溶剂下单点能-气相单点能为负值


请问这正常吗? 试了两个物质都这样,还是我的命令有什么问题?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-20 13:42:59 | 只看该作者 Only view this author
young 发表于 2016-6-20 10:50
请问各位大神,CYLview软件做的里面填充的黄色是怎么做到呢,请教教我,谢谢

自行用ps或者画图工具里的油漆桶填充进去的
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发表于 Post on 2016-6-20 14:35:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-20 13:42
自行用ps或者画图工具里的油漆桶填充进去的

原来是这样啊,我还以为是CYLview软件里弄得呢,谢谢您啦,老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-20 16:43:06 | 只看该作者 Only view this author
dingliping1108 发表于 2016-6-20 11:26
请教各位老师,我想计算溶解自由能,在计算气相下单点和溶剂下单点时分别用了orca下面的命令计算气相下单点 ...


绝大多数情况下溶解自由能本来就是负值,越负说明相互作用越强。只有溶剂与溶质难以互溶才有可能是较小的正值,比如甲烷的水合能为2 kcal/mol。
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发表于 Post on 2016-6-20 22:23:44 | 只看该作者 Only view this author
老师,问一下,如何使用高斯计算温度和压力对于吸附过程的影响呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-20 22:32:58 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2016-6-20 22:23
老师,问一下,如何使用高斯计算温度和压力对于吸附过程的影响呢?


用temperature、pressure分别设定振动分析计算热力学数据时的温度和压力,会体现在最后算出来的吸附焓、吸附自由能等热力学量上
PS:别忘了高斯等量化程序做振动分析计算热力学数据时是把体系当理想气体考虑的
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发表于 Post on 2016-6-20 22:40:27 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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发表于 Post on 2016-6-21 12:58:53 | 只看该作者 Only view this author

消虚频

帮忙看看这个虚频可以用什么方法消掉?谢谢!
这是输入及输出文件

pz-16-2.gjf

6.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

pz-16-2.log

4.36 MB, 下载次数 Times of downloads: 6

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-21 15:29:18 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-21 12:58
帮忙看看这个虚频可以用什么方法消掉?谢谢!
这是输入及输出文件


仔细阅读此文,去掉一切垃圾关键词
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331

仔细阅读此文,看解决虚频的办法
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278

顺带一提,B3PW91、B3LYP等完全不能表现两个侧链之间的色散相互作用,看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83

输出文件超过1MB时上传时应先压缩以节省论坛空间
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发表于 Post on 2016-6-21 15:42:48 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,gaussian可以计算分子的光谱常数吗?比如        vibrational constant – first term ,vibrational constant – second term ,vibrational constant – third term ,rotational constant in equilibrium position ,rotational constant – first term 。

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发表于 Post on 2016-6-21 16:40:38 | 只看该作者 Only view this author

l502错误

帮忙看看这个算溶剂效应的怎么会出现l502错误?谢谢
这是输入及输出文件

Et2O-6-HF-b3-6-ts1.1-1-1.gjf

12.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

Et2O-6-HF-b3-6-ts1.1-1-1.zip

16.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2016-6-21 17:09:28 | 只看该作者 Only view this author
妈呀 又看到这个了 iop(5/13=1)  
http://www.sobereva.com/61
真诚相待,淡淡相处,方天久地长^^

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