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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 13:50:03 | 只看该作者 Only view this author
xpyp 发表于 2016-6-13 13:36
请问,g09d中 def2qzvpp(-g,-f)如何输入?

自己拷基组定义,然后把相应的极化函数删了就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-6-13 14:55:51 | 只看该作者 Only view this author
计算有机小分子(含 C H  O  N  S  F Cl Br I )的弱相互作用(氢键、pi-pi作用、范德华作用等),用了 dft-d3/def2qzvp, 还需要加弥散函数吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 17:23:21 | 只看该作者 Only view this author
xpyp 发表于 2016-6-13 14:55
计算有机小分子(含 C H  O  N  S  F Cl Br I )的弱相互作用(氢键、pi-pi作用、范德华作用等),用了 dft ...

不用加
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发表于 Post on 2016-6-13 17:33:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-12 22:03
完全没必要先用HF,直接用DFT就完了,之前先用HF搞纯粹是白费时间,反正结果也没人爱信,耗时还和DFT一样 ...

“至于想法是否合理,你先搞个最小的团簇,再一点点把更多的离子液体往上面加,看对过渡态结构和势垒的影响”   按照您说的这个意思,能垒相差多少可以说明对催化有影响,相差多少说明对催化没有影响呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 19:04:05 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-13 17:33
“至于想法是否合理,你先搞个最小的团簇,再一点点把更多的离子液体往上面加,看对过渡态结构和势垒的影 ...


差个10%,最少5%才算有detectable的影响
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发表于 Post on 2016-6-13 19:36:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-13 19:04
差个10%,最少5%才算有detectable的影响

我老师跟我说,能垒相差1 kal/mol 就差别不大了,这个说法对吗?

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发表于 Post on 2016-6-13 21:33:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-13 19:04
差个10%,最少5%才算有detectable的影响

用MOPAC 这个程序及 PM6-D3H4 这个方法算我这个离子液体团簇催化,优化一个过渡态要算多久?算的快不快?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 23:09:35 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-13 21:33
用MOPAC 这个程序及 PM6-D3H4 这个方法算我这个离子液体团簇催化,优化一个过渡态要算多久?算的快不快?

很快,一分钟不到
不过MOPAC算过渡态没那么方便,你在高斯里用PM6D3来算也可以
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发表于 Post on 2016-6-16 00:51:43 | 只看该作者 Only view this author

苯环优化后键的变化

老师,请问您,我使用mpwb95/6-31+G(d,p) IOp(3/76=0560004400)优化苯环的到的是个双键相连的结构,而使用B3LYP/6-31+G(d,p)优化得到的则是一个



,这种不同是因为什么?




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发表于 Post on 2016-6-16 02:27:16 | 只看该作者 Only view this author
GV的键长就是用距离粗略判断的,也有时是和初猜输入时一样的,没意义
只要结果的键长合理就行了

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发表于 Post on 2016-6-16 20:17:54 | 只看该作者 Only view this author
求助各位大神:1.用calypso结合vasp进行团簇结构搜索,发现搜索出来的结构有差不多一半能量是正值,而且原子都散开了,是怎么回事?INCAR设置的问题吗?
2.找到搜索出来最稳定的一个结构,显示能量是-4.1eV(体系用6个原子,所以总的能量是-24.6eV),之后用vasp计算对calypso的结构进行验证,发现能量是-20.0eV,两者差4eV,这说明calypso的结果不准确吗?还是别的问题,应该如何解决?之前没有接触过vasp,只是想用vasp结合calypso来搜索一下团簇结构,看自己考虑的团簇结构全了没。谢谢各位老师!
搜索结构时的INCAR:
SYSTEM=Pt5Cu1
#NELMIN=20
EDIFF=1E-3
EDIFFG=-0.1
NSW=200
IBRION=2
#ALGO=Fast
LREAL=.FALSE.
POTIM=0.5
ISIF=2
ENCUT=250
ISTART=0
ICHARG=2
ISPIN=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.001
PREC=Low
进行优化验证时的INCAR:
SYSTEM=Pt5Cu1
#NELMIN=20
EDIFF=1E-5
EDIFFG=-0.01
NSW=200
IBRION=2
#ALGO=Fast
LREAL=.FALSE.
POTIM=0.5
ISIF=2
ENCUT=600
ISTART=0
ICHARG=2
GGA=PE
ISMEAR=0
ISPIN=2
SIGMA=0.001
PREC=Accurate

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-16 20:20:33 | 只看该作者 Only view this author
wdhzl1015 发表于 2016-6-16 20:17
求助各位大神:1.用calypso结合vasp进行团簇结构搜索,发现搜索出来的结构有差不多一半能量是正值,而且原 ...


你这个问题应当发到第一性原理版里面的calypso分类,或许会有calypso的人解答
当前的帖子只回答量化问题,第一性原理不负责回答
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发表于 Post on 2016-6-16 20:26:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-16 20:20
你这个问题应当发到第一性原理版里面的calypso分类,或许会有calypso的人解答
当前的帖子只回答量化问 ...

好的,sob老师!那这个帖子怎么删去呢?

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发表于 Post on 2016-6-16 20:35:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想对V2O7H4(及以后会在这个结构基础上再加H2O或NH3等分子)计算单点能,请问该用什么方法及基组运算的精度够高而且耗时不长?像V6O20H10稍大结构又该用哪种?我的输入文件用的是赝势基组O H 6-311+g(d,p)   V lanl2dz  谢谢老师了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-16 20:36:23 | 只看该作者 Only view this author
lrr 发表于 2016-6-16 20:35
老师,我想对V2O7H4(及以后会在这个结构基础上再加H2O或NH3等分子)计算单点能,请问该用什么方法及基组运算 ...

谈谈量子化学中基组的选择
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