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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-6-5 12:18:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-5 11:49
没必要加,此时无用
用不用对称性显然是对计算的整体而言的

谢谢Sob老师!我想让每个分子单独保持其对称性,是不是必须通过写内坐标的形式,然后优化内坐标变量才行。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-5 15:37:39 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-6-5 12:18
谢谢Sob老师!我想让每个分子单独保持其对称性,是不是必须通过写内坐标的形式,然后优化内坐标变量才行 ...

如果优化团簇的时候又让每个单体都保持对称性,那就得做限制性优化,对单体的内部变量做约束使得优化过程中能保持。
或者直接将单体作为刚性片段在优化时保持结构不变(ORCA等程序可以实现)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2016-6-5 17:22:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我是今年刚考的研究生,导师提前让我做团簇方向并给我一个预测体系让我计算,自己也在算,但是不知道计算这些东西有什么用,自己很想学,却不知道该看些什么,关于团簇的论文每天都在看,但是看不懂。。。好郁闷。sob老师,科研这条路该怎么走啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-5 18:10:45 | 只看该作者 Only view this author
linuxprobe 发表于 2016-6-5 17:22
sob老师,我是今年刚考的研究生,导师提前让我做团簇方向并给我一个预测体系让我计算,自己也在算,但是不 ...


为什么让你算这个要问你导师
甭急着看论文,多看些相关的专著,打好基础。我在此帖2L也说过这点http://bbs.keinsci.com/thread-2502-1-1.html
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发表于 Post on 2016-6-5 22:01:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-5 15:37
如果优化团簇的时候又让每个单体都保持对称性,那就得做限制性优化,对单体的内部变量做约束使得优化过程 ...

谢谢Sob老师,请问Gaussian能不能做这种刚性片段的优化,比如我只想把水分子刚化,其他的自由。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-6 04:14:52 | 只看该作者 Only view this author
dark_cosmos 发表于 2016-6-5 22:01
谢谢Sob老师,请问Gaussian能不能做这种刚性片段的优化,比如我只想把水分子刚化,其他的自由。

那你就把水的键长键角都冻住
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发表于 Post on 2016-6-6 15:56:00 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我现在在做一个有机阳离子的弱相互作用分析,有几个问题请老师们不吝解答:
1,请问阳离子(cation)表面(p=0.001)的静电势是处处为正的吗?或者说,阳离子表面的静电势处处为正是合理的吗?
2,对阳离子来说,如果静电势处处为正,分析静电相互作用 (如氢键或卤键)时,比较静电势的大小有意义吗?
例如,对于一组相邻的极大值和极小值点,静电势能分别是30kcal和100kcal,可以说明存在相互作用吗?
3,对于2中的问题,做NPA分析讨论原子所带的电荷是否有意义?或者还有什么比较有说服力的分析方法吗?
谢谢大家!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-6 16:16:58 | 只看该作者 Only view this author
ningchem 发表于 2016-6-6 15:56
各位老师好,我现在在做一个有机阳离子的弱相互作用分析,有几个问题请老师们不吝解答:
1,请问阳离子(c ...


1 正常
2 相互作用得拿两个分子来说。对于单个分子,即便表面静电势都是正值,看不同位置相对大小来判断那个位置形成某种相互作用也是有用的。
3 牵扯到分子间相互作用不要用NPA电荷,对静电势重现性极差,用CHELPG或者ADCH电荷,此时有意义
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发表于 Post on 2016-6-6 21:46:10 | 只看该作者 Only view this author

MPWB1K

老师我想问一下,通过g09计算可以直接使用#p MPW1K/6-31+G*  opt 进行计算吗?

管理员注:回复在1555、1556L

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发表于 Post on 2016-6-6 22:59:27 | 只看该作者 Only view this author
这些比较奇怪的泛函在Gaussian里并没有简单的对应关键词,定义方式可以参考 http://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm#mpw1k

The keywords to run MPW1K/6-31+G(d,p) with Gaussian09 are:

#mpwpw91/6-31+G(d,p)
IOp(3/76=0572004280)

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发表于 Post on 2016-6-6 23:38:25 | 只看该作者 Only view this author
搜一下就第一个,很难吗?







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发表于 Post on 2016-6-7 08:08:04 | 只看该作者 Only view this author
请问Sob老师,如果在一个中低级别的方法下(如B3LYP/6-31G(d))得到的A比B单点能低,那么在高一些的方法下(如B2PLYP/def2-TZVP)得到的单点能还会是这个规律吗?
谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-7 08:36:39 | 只看该作者 Only view this author
lastzealot 发表于 2016-6-7 08:08
请问Sob老师,如果在一个中低级别的方法下(如B3LYP/6-31G(d))得到的A比B单点能低,那么在高一些的方法下 ...

没这个必然性
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发表于 Post on 2016-6-7 10:26:10 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师

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发表于 Post on 2016-6-7 15:31:03 | 只看该作者 Only view this author
请教一下前辈们,我用opt+freq计算得到的能量(如图1所示)和用energy计算的能量哪一个是单点能,或者他们都是?
1. 还有如果都是那么它们有什么区别呢?
2. 在计算热力学的能垒(即活化能)是应该采用哪一个?
3. 图2中的PUHF和PMP2分别代表的什么意思呢?
我知道这个问题可能很简单,但我gaussian09查了说明书和在网上搜了还是没能找到答案?所以向各位前辈求教了,还希望各位前辈不吝赐教。感激不尽!

图1opt freq energy.png (32.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

图1opt freq energy.png

图2energy single point energy.png (21.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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