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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2016-6-12 21:32:43 | 只看该作者 Only view this author

DFT中的b3pw91的含义

DFT中的b3pw91的含义,具体指的是什么?
它与B3LYP方法的区别是什么?
谁有相关知识的链接发给我也行。

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发表于 Post on 2016-6-12 21:34:54 | 只看该作者 Only view this author
还有HF这个方法又是什么意思,我知道高斯手册里面有,但是不懂,谁给指点指点,谢谢!

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发表于 Post on 2016-6-12 21:57:26 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-12 21:34
还有HF这个方法又是什么意思,我知道高斯手册里面有,但是不懂,谁给指点指点,谢谢!

这些都是量子化学的基础入门知识,全面而详细的解释看赖文版的量子化学
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;highlight=Levine

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-12 22:00:02 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-12 21:34
还有HF这个方法又是什么意思,我知道高斯手册里面有,但是不懂,谁给指点指点,谢谢!

这种超级简单的问题自行google或者看点基本的量化书,自己查过资料之前不要轻易提问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-12 22:03:33 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-12 10:09
老师,我想您给我个看法,您怎么认为的?
就是对于我要研究离子液体团簇催化,算多个分子,以确定离子液 ...

完全没必要先用HF,直接用DFT就完了,之前先用HF搞纯粹是白费时间,反正结果也没人爱信,耗时还和DFT一样
至于想法是否合理,你先搞个最小的团簇,再一点点把更多的离子液体往上面加,看对过渡态结构和势垒的影响
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-12 22:04:58 | 只看该作者 Only view this author
suifeng 发表于 2016-6-12 20:00
Sob老师您好,我下载的pdb文件是配体A与受体的结合,我想要的是受体的单独结构,我可以直接删掉配体A,然后 ...


可以
和其它分子对接的时候最好用柔性对接,允许受体残基侧链活动
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-12 22:19:21 | 只看该作者 Only view this author
灰飞的旋律 发表于 2016-6-12 10:46
优化时能量接近收敛,但是RMS还是微弱震荡。我的输入文件
%chk=*****.chk
%nprocshared=8



量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

如果色散作用不重要,把色散校正去了,否则有可能有碍收敛。

没特殊情况不要用cartesian,有碍收敛,博文里写了。

常用的帮助收敛的方法看博文文末。

加大步长上限不可能有丝毫用处,只可能会有负面效果。
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发表于 Post on 2016-6-12 22:36:40 | 只看该作者 Only view this author
请教一下老师,我想考察反应物构型对反应的影响,已经计算了能量,想通过电子效应和位阻效应来对比分析,但是不知道可以通过算些什么东西来定性或者半定量甚至定量比较,看了半天文献也没有找到啥头绪,请老师给点思路,谢谢老师了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-12 23:13:59 | 只看该作者 Only view this author
librakitty 发表于 2016-6-12 22:36
请教一下老师,我想考察反应物构型对反应的影响,已经计算了能量,想通过电子效应和位阻效应来对比分析,但 ...

这个话题太大,怎么讨论跟具体体系、反应类型关系很大
可尝试算算不同构型下的福井函数、双描述符或静电势之类,看看从是否易于反应的角度上能否说出点什么。另外NBO程序支持steric分析讨论NLMO自然定域化轨道之间的位阻作用能,RDG方法也可以分析位阻作用区域。
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发表于 Post on 2016-6-12 23:37:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-12 23:13
这个话题太大,怎么讨论跟具体体系、反应类型关系很大
可尝试算算不同构型下的福井函数、双描述符或静电 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2016-6-13 09:40:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-12 22:03
完全没必要先用HF,直接用DFT就完了,之前先用HF搞纯粹是白费时间,反正结果也没人爱信,耗时还和DFT一样 ...

直接用DFT优化超慢,优化几天还比一定正确。
老师,您觉得研究离子液体团簇催化有意义吗?考虑分子间的作用力对催化的影响,您觉得我的工作有意义吗?我怎么觉得没啥意义呢。费劲而且结果还不见得有说服力

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发表于 Post on 2016-6-13 09:46:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-12 22:03
完全没必要先用HF,直接用DFT就完了,之前先用HF搞纯粹是白费时间,反正结果也没人爱信,耗时还和DFT一样 ...

还有个问题就是,实验反应条件都是离子液体催化剂与环氧化物的比值是1:100,这样的话实际反应的时候是那么多离子液体进攻一个环氧化物吗?
催化剂的量本身都是很少的,反应物很多,那还研究那么多离子液体催化一个环氧化物,这是不是不合理呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 09:57:22 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-13 09:40
直接用DFT优化超慢,优化几天还比一定正确。
老师,您觉得研究离子液体团簇催化有意义吗?考虑分子间的 ...

我不认为量化计算时加大团簇,特别是在与反应中心距离较远的地方增加离子,会导致催化机理、难易程度发生明显变化。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-13 10:15:20 | 只看该作者 Only view this author
15whyhq 发表于 2016-6-13 09:46
还有个问题就是,实验反应条件都是离子液体催化剂与环氧化物的比值是1:100,这样的话实际反应的时候是那 ...

应该是不合理,那么多离子液体分子都恰好聚成一团或许只有在反应刚开始的时候才可能出现。
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发表于 Post on 2016-6-13 13:36:12 | 只看该作者 Only view this author
请问,g09d中 def2qzvpp(-g,-f)如何输入?  

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