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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-22 15:21:34 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-22 06:49
各位老师我想问一下如果我要算离子在水溶液中的自由能的时候,离子与水的准确配位数我不知道,我可不可以通 ...

有可能优化到6配位,也有可能不会优化到6配位。换句话说,有可能8配位的结构不存在,也有可能8配位的结构存在只是自由能太高。
这就是为什么一定要做构型搜索
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-8-22 16:18:10 | 只看该作者 Only view this author

求助:apfd方法下读取单点能

本帖最后由 1355447622 于 2022-8-22 18:13 编辑

如题:# apfd/6-311+G(d,p) opt freq该泛函下计算的电子能量是SCF Done后面的吗?恳请大家指教!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-22 20:09:24 | 只看该作者 Only view this author
1355447622 发表于 2022-8-22 16:18
如题:# apfd/6-311+G(d,p) opt freq该泛函下计算的电子能量是SCF Done后面的吗?恳请大家指教!

所有普通泛函读电子能量的地方都一样
谈谈该从Gaussian输出文件中的什么地方读电子能量
http://sobereva.com/488http://bbs.keinsci.com/thread-13450-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-8-22 20:41:14 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-8-22 08:42
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

谢谢,反复看了好多遍总算找到问题了,当时打开TURBOMOLE赝势基组部分一直没有显示出来,谢谢,我还想问一下我在TURBOMOLE网站上下def-svp赝势基组的时候,K好像只有赝势基组的定义,想这种情况,如果我要对K离子用def-svp赝势该怎么办呢?

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发表于 Post on 2022-8-22 20:43:29 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-22 15:21
有可能优化到6配位,也有可能不会优化到6配位。换句话说,有可能8配位的结构不存在,也有可能8配位的结构 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-22 20:50:02 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下我想了解一下密度泛函里面b3lyp,pebpeb这些表示的具体含义和区别与实际情况应该应用那个泛函更好,应该去看看那些东西呢?

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发表于 Post on 2022-8-22 21:01:01 | 只看该作者 Only view this author
请问pySCF中的电荷和自旋多重度,与高斯计算的电荷和自旋多重度是一样的吗?有什么区别?

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发表于 Post on 2022-8-22 21:01:45 | 只看该作者 Only view this author
请问怎么将高斯计算的电荷和自旋多重度,转为pySCF中的电荷和自旋多重度?

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发表于 Post on 2022-8-22 21:11:07 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-22 20:50
各位老师我想问一下我想了解一下密度泛函里面b3lyp,pebpeb这些表示的具体含义和区别与实际情况应该应用那 ...

简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-8-22 21:18:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chands 于 2022-8-22 21:20 编辑
KCM@SHU 发表于 2022-8-22 20:41
谢谢,反复看了好多遍总算找到问题了,当时打开TURBOMOLE赝势基组部分一直没有显示出来,谢谢,我还想问 ...

def系列,def2系列前四周期(H He为第一周期)都是全电子基组,不用赝势。
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发表于 Post on 2022-8-22 21:38:47 | 只看该作者 Only view this author
yiwei 发表于 2022-8-22 14:01
请问怎么将高斯计算的电荷和自旋多重度,转为pySCF中的电荷和自旋多重度?

电荷都是一样的。
pyscf里的spin等于2S,而自旋多重度等于2S+1,所以把高斯里的自旋多重度减1即可。但是注意减1以后就不叫“自旋多重度”了,所以没有“pySCF中的自旋多重度”这个说法
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发表于 Post on 2022-8-23 09:08:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-8-22 21:38
电荷都是一样的。
pyscf里的spin等于2S,而自旋多重度等于2S+1,所以把高斯里的自旋多重度减1即可。但是 ...

谢谢老师!!

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发表于 Post on 2022-8-23 09:49:13 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-8-22 21:18
def系列,def2系列前四周期(H He为第一周期)都是全电子基组,不用赝势。

那老师如果我想问一下,我想比较同一配体和不同离子的配位能力,比如说Fe和La,La离子我用def赝势,但是Fe没有def的赝势定义,这种情况该怎么办呢?如果两个中心离子用不同的机组和方法算可比性是不是很差,会有很大的偏差呢?

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发表于 Post on 2022-8-23 10:26:16 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-23 09:49
那老师如果我想问一下,我想比较同一配体和不同离子的配位能力,比如说Fe和La,La离子我用def赝势,但是F ...

假如你用结合自由能衡量配位能力,是要算(Fe3+) + L = (Fe3+)L的结合自由能(我这里只算气相一个配体的情况,多个配体同理,水溶液中要考虑配体和水交换),这时(Fe3+)、L、(Fe3+)L的级别要一致。还要算(La3+) + L = (La3+)L的结合自由能,这时(La3+)、L、(La3+)L的级别要一致。镧系元素都第六周期了,除了特殊情况都要用赝势+赝势基组。

def2比def好,为什么要用def?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-23 10:44:17 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-23 09:49
那老师如果我想问一下,我想比较同一配体和不同离子的配位能力,比如说Fe和La,La离子我用def赝势,但是F ...

不同元素不需要基组统一
def、def2对Fe都不是赝势基组。直接用def2全电子基组就完了,如果想节约时间考虑lanl2TZ(f)等赝势基组
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