简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

chands

KCM@SHU 发表于 2022-8-30 21:34
各位老师我想问一下我在gaussian结构优化的时候的时候发现最近计算结果如果是normal termination的话out文 ...

job cpu time 要算核数的，比如你用两个核算，每个核都算一分钟，实际时间是一分钟，但是job cpu time要算1分钟X 2核数 = 2分钟。这个对计算结果没影响。

chands

wanghaoyu 发表于 2022-8-30 19:34
“对于量化计算完全不影响结果，因为没有哪个量化理论方法在计算过程中是依赖于用户设定的成键关系的。仅对 ...

所谓量化理论就是直接解Schroedinger方程，Schroedinger方程从头到尾都没说成键关系，当然计算时不需要成键关系。你可以做个简单计算验证，比如优化个水分子，用同等级别做两个计算，第一个在坐标后空一行有有成键数据（这个得用GaussView，手写麻烦），加关键词geom=connnectivity，第二个删去成键数据，删去关键词geom=connectivity，看一下结果是不是一模一样。

ionexchangeC

KCM@SHU 发表于 2022-8-30 21:34
各位老师我想问一下我在gaussian结构优化的时候的时候发现最近计算结果如果是normal termination的话out文 ...

如果是Opt Freq复合运算，文件最后的时间只是Freq计算的用时

wzkchem5

wanghaoyu 发表于 2022-8-30 12:34
“对于量化计算完全不影响结果，因为没有哪个量化理论方法在计算过程中是依赖于用户设定的成键关系的。仅对 ...

量化计算只是不用到成键信息，不是说有成键信息就不能算。所以你说的这些来源的结构都是可以用的，只要文件格式转换对了、坐标单位（埃、Bohr）搞对了就行。成键信息会被程序忽略，有成键信息既没有正面影响，也没有负面影响。

dingniu2

请问老师，gaussian用CBS-APNO计算甲烷的标准摩尔生成焓，与实验值对比。有个问题向老师请教：
石墨C单质采用NIST中的C(s)->C(g)升华焓实验值a，CBS-APNO算三态C原子输出文件取CBS-APNO Enthalpy= 的值b，CBS-APNO算H2输出文件取CBS-APNO Enthalpy= 的值c， CBS-APNO算CH4输出文件取CBS-APNO Enthalpy= 的值d，最终用d-2c-b-a得到的值当成甲烷的标准摩尔生成焓，请问老师这样做对吗？谢谢老师！

chands

dingniu2 发表于 2022-8-30 23:18
请问老师，gaussian用CBS-APNO计算甲烷的标准摩尔生成焓，与实验值对比。有个问题向老师请教：
石墨C单质 ...

(1) C(g) + 2H2(g) = CH4(g)     delta H1 = d-2c-b
(2) C(s) = C(g)                      delta H2 = a

(1) + (2)= (3)
(3) C(s) + 2H2(g) = CH4(g)          delta H3 = delta H1 + delta H2 = d-2c-b+a

KCM@SHU

ionexchangeC 发表于 2022-8-30 22:21
如果是Opt Freq复合运算，文件最后的时间只是Freq计算的用时

好的，谢谢老师是复合运算

KCM@SHU

sobereva 发表于 2022-8-30 18:08
做任何任务都是用输入文件（通常为gjf）来计算，既不是chk也不是out
顶多是创建gjf用的诸如结构信息是来 ...

好的，谢谢老师，也就是说进一步计算最好是从chk文件里面创建gif文件是吗？比如我优化好的结构进一步计算能量的时候我用chk文件会不会耗时更久呢？

糖糖糖豆9988

请教各位老师，“  The final electronic energy is obtained by performing a series of single point energy calculations at the CCSD(T)/6-31+G(d0) and MP4(SDQ)/6-31G+(d,p) levels of theory and then extrapolating to the MP2 complete basis set limit  ” 该描述是不是就是利用CBS-QB3复合方法计算单带能的意思呢？

奶啵啵

新手求助，各位老师，今天看到了一篇文献，他在计算化学硬度的时候采用的是η =I-A I=-E(HOMO) A=-E(LUMO)  想问一下，这两个值是高斯计算原子轨道时旁边的数值么？
还有 这个代表最小极化率的D，文中没有说怎么算的，我看有一篇博文（使用Multiwfn计算分子中的原子极化率）可以按照这个算么？

拜谢sob以及各位老师

yiwei

请问DM21泛函可以进行二阶算法吗？

sobereva

奶啵啵 发表于 2022-8-31 09:54
新手求助，各位老师，今天看到了一篇文献，他在计算化学硬度的时候采用的是η =I-A I=-E(HOMO) A=-E(LUMO)  ...

不要用 I=-E(HOMO) A=-E(LUMO)这种近似，特别是后者，极其粗糙
每次我审稿看到有人这么用我都批一下

I和A都应当根据定义通过两个态的电子能量差来算
用下文的方式极其方便
使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量
http://sobereva.com/484（http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html）

D是偶极矩，不是极化率

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2022-8-31 09:24
请教各位老师，“  The final electronic energy is obtained by performing a series of single point ene ...

如果文中用了CBS-QB3，文中应该会明确说，或者至少引用了CBS-QB3的原文。若并非如此，不排除作者自己手动算的可能。具体看CBS-QB3原文了解计算流程对照便知

sobereva

KCM@SHU 发表于 2022-8-31 08:51
好的，谢谢老师，也就是说进一步计算最好是从chk文件里面创建gif文件是吗？比如我优化好的结构进一步计算 ...

分清楚gif和gjf
优化任务得到的chk和out文件里的最终结构都一样，没耗时的差异（除非你之后guess=read读取chk里的波函数当初猜）

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2022-8-31 10:33
如果文中用了CBS-QB3，文中应该会明确说，或者至少引用了CBS-QB3的原文。若并非如此，不排除作者自己手动 ...

谢谢sob老师，再追问您一个问题哈，文献里提到对于ROO自由基异构化反应的过渡态“ The nonplanar ring structures lead to the occurrence of a pseudochiral OOH center. As a result, we corrected the entropies of these transition states by adding R*ln(2), which increases the rate constants by a factor of 2. If the cyclic transition state structure contains substituents, additional chiral centers may be present and this was accounted for in the same way. ”请教sob老师，这是什么意思呢？是因为有多个等价的反应位点，考虑到反应简并度吗？