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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-9-1 19:41:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-1 11:15
往上找优化具体出错原因
如果到达了步数上限,拿最后结构继续优化
另外不建议用M06-2X优化,数值噪音大 ...

老师,我把分子构建和gjf文件修改了一下,之后,出现了formBX报错
并且用Gaussview看了optimiation,总能量和RMS值在22步时出现了一步的跳跃,其余步已经收敛成平直线了,但33步时停了,出现了FormBX had a problem。的报错。
请问老师,这样是出了什么问题

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发表于 Post on 2022-9-1 23:27:54 | 只看该作者 Only view this author
liuhui1118 发表于 2022-9-1 19:41
老师,我把分子构建和gjf文件修改了一下,之后,出现了formBX报错
并且用Gaussview看了optimiation,总 ...

贴出完整报错段,可能三原子成一直线了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 07:43:24 | 只看该作者 Only view this author
liuhui1118 发表于 2022-9-1 19:41
老师,我把分子构建和gjf文件修改了一下,之后,出现了formBX报错
并且用Gaussview看了optimiation,总 ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 07:44:52 | 只看该作者 Only view this author
white-album 发表于 2022-9-1 10:23
老师们好,想求助下各位老师像我在计算Cl离子被氧化剂氧化成次氯酸的过渡态时需要对Cl和O加弥散函数吗?因 ...

跟弥散没必然关系
但如果你要计算势垒、反应能,应当加弥散(优化如果用了>=3-zeta档次的基组,优化时候可以不加弥散)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 07:46:13 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-1 09:30
请教各位老师,如何计算反应热呢?只能通过先计算反应物、产物的生成热然后作差吗?谢谢

你说的不是现在主流的做法
没必要刻意计算生成热,除非你要借用一些实验的生成热数据
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 07:47:45 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-9-1 09:45
请问各位老师有没有做过连个离子最小的可接触距离这样的计算呢?比如说我两个三价铁离子之间的相互作用他两 ...

原子间距离显然对已知结构直接量一下就有,对任何情况都是如此
不可能优化两个单独的三价铁离子,否则必然由于库仑斥力崩飞了

简谈原子半径
http://sobereva.com/255http://bbs.keinsci.com/thread-99-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 07:48:47 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-9-1 08:40
跟着文章做了一遍http://sobereva.com/484,真的方便快捷,但是伴随着几个问题(MUl直接在这里回帖,不犯 ...

没有叫Mul的程序
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 07:50:42 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-9-1 08:40
跟着文章做了一遍http://sobereva.com/484,真的方便快捷,但是伴随着几个问题(MUl直接在这里回帖,不犯 ...

都用def2系列就省得你用混合基组
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发表于 Post on 2022-9-2 08:43:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-2 07:44
跟弥散没必然关系
但如果你要计算势垒、反应能,应当加弥散(优化如果用了>=3-zeta档次的基组,优化时候 ...

好的好的,谢谢sob老师的解答

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发表于 Post on 2022-9-2 12:37:10 | 只看该作者 Only view this author

频率计算出现问题

在对优化完成的结构进行频率计算时。出现问题,l801退出后就不继续往下算了,重新试了好几遍都是这样输入和输出文件已经奉上

freq1.gjf

6.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

输入文件

freq1.log

44.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

输出文件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-2 13:36:33 | 只看该作者 Only view this author
Adiabatic. 发表于 2022-9-2 12:37
在对优化完成的结构进行频率计算时。出现问题,l801退出后就不继续往下算了,重新试了好几遍都是这样输入和 ...

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
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发表于 Post on 2022-9-2 14:39:05 | 只看该作者 Only view this author
Adiabatic. 发表于 2022-9-2 12:37
在对优化完成的结构进行频率计算时。出现问题,l801退出后就不继续往下算了,重新试了好几遍都是这样输入和 ...

系统本身有没有记录或者报错文件,不是Gaussian的log或out文件,是系统跑任务的记录或者报错文件?还有你的体系比较大,算freq不容易。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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发表于 Post on 2022-9-2 15:35:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-2 07:48
没有叫Mul的程序
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http://sobereva.com/298(http://bbs.keinsci.c ...

不好意思,之前确实没注意,Multiwfn以后会认真注意这些,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2022-9-10 11:48:04 | 只看该作者 Only view this author
请问离子的水合半径这个一般是要怎么计算的呢?有没有老师可以给点意见

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发表于 Post on 2022-9-10 12:05:27 | 只看该作者 Only view this author
请问,我在用这个计算反应速率的表格时(http://sobereva.com/310),有的反应的过渡态U(0)-反应物的U(0)为负(放热反应),这样算出来的透射系数为负。这个要怎么处理呢?

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