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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-8-27 11:14:37 | 只看该作者 Only view this author
在同一个窗口里面,拖入两个文件即可显示为这样

又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 11:20:20 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2022-8-26 22:02
请问sob老师,第一次使用这种高精度热力学复合方法CBS-APNO计算气相小分子CH4,有几个问题请教:
1. 输入 ...

1 是
2 0K下的内能、当前温度下的内能、当前温度下的焓、当前温度下的自由能
3 显然看原文
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 11:21:04 | 只看该作者 Only view this author
大魔法师 发表于 2022-8-26 21:22
我想问一下各位老师,我自己写程序在wannier基组下做hartree fock自洽计算的时候,对于一个量子点的hubbard ...

这个问题应当发帖到第一性原理板块问
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 11:21:50 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-26 20:54
请问各位老师我之前别的地方看到说我在gaussian view里面构建模型的时候两个原子之间我构建双键和单键对于 ...

那叫GaussView

把此文看了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 11:23:27 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-26 16:26
我想请问一下各位老师gaussian默认计算的坐标和笛卡尔坐标有什么区别吗?我在结构优化的时候发现笛卡尔坐标 ...

从统计上,对于优化分子体系,用默认的冗余内坐标优化达到收敛的步数明显少于用笛卡尔坐标优化,但总会有极个别例子反过来,不能拿个别情况说事

仅对于优化团簇类体系才适合用笛卡尔坐标,因为有较大概率比用默认的冗余内坐标更容易收敛,而且顺带避免三个原子中途排成直线的报错。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 11:25:27 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-8-27 09:19
报告老师,我刚才又试了一次,这次没有报错。我还有一个小问题,就是用其他课题组服务器,他是16核,我就 ...

显然是
该说的这里都说了,没说的也不需要做多余的顾虑
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-27 11:29:33 | 只看该作者 Only view this author
@肃旭棒棒哒   
按ctrl+V,gview的剪切板里的(片段观察窗口显示的)对象就会粘贴到当前窗口作为新的一帧
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发表于 Post on 2022-8-27 14:18:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-27 11:21
那叫GaussView

把此文看了

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-8-27 16:28:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-27 11:29
@肃旭棒棒哒   
按ctrl+V,gview的剪切板里的(片段观察窗口显示的)对象就会粘贴到当前窗口作为新的一帧
...

非常感激

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发表于 Post on 2022-8-27 18:11:24 | 只看该作者 Only view this author
请问gaussian输出文件怎么看呢?有没有相关的贴子讲呢?我之前好像看到过说用gaussian做opt+freq的时候不能单单看gaussian算完了任务就认为任务完成,还要去看输出文件的一些参数进一步判断有没有成功运算完成

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发表于 Post on 2022-8-27 20:04:28 | 只看该作者 Only view this author
各位老师我想问一下如果我计算金属离子的配位的时候,比如三价铁离子,我现在想算他和六个水配位的配位能,本来单个的三价铁是6重态,但是如果我将铁配位后由于能级分裂造成铁的自旋多重态的降低了比如说变成3了,那么这个时候我要算他的反应能,反应物里面的铁是按3重态来算能量还是按本来6重态来算能量?

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-8-27 20:24:14 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-27 20:04
各位老师我想问一下如果我计算金属离子的配位的时候,比如三价铁离子,我现在想算他和六个水配位的配位能, ...

水是弱场配体,[Fe(H2O)6]3+还是六重态。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-8-28 03:18:11 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-27 13:04
各位老师我想问一下如果我计算金属离子的配位的时候,比如三价铁离子,我现在想算他和六个水配位的配位能, ...

如果确实导致自旋多重度降低了,应该按降低后的自旋多重度算配位后的Fe离子,但是配位前的Fe离子仍按6重态算。但一般只有强场配体能导致Fe的自旋多重度降低,而正如楼上所说,水是弱场配体。
此外注意那个叫“自旋多重度”而非“自旋多重态”,而且不管什么配体都不可能改变自旋多重度的奇偶,除非Fe的价态变了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-8-28 03:19:41 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-27 11:11
请问gaussian输出文件怎么看呢?有没有相关的贴子讲呢?我之前好像看到过说用gaussian做opt+freq的时候不能 ...

把输出文件当英语阅读理解看就行了。
可能的报错太多了,很难毫无遗漏地一一列举所有可能的报错,只能你自己通过理解输出文件里面每句话的意思来判断每句话是不是报错
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-28 10:33:44 | 只看该作者 Only view this author
KCM@SHU 发表于 2022-8-27 18:11
请问gaussian输出文件怎么看呢?有没有相关的贴子讲呢?我之前好像看到过说用gaussian做opt+freq的时候不能 ...

没有什么帖子专门讲这种事

末尾有normal termination就算任务正常结束了(但不代表结果一定有意义)

诸如输出文件怎么读、各种信息怎么理解之类零七八碎的事,以及做常见的计算所有相关知识在北京科音初级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KEQC_content.html)里都会全面系统地讲,下一届是10月初。
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