简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

chands · 发表于 Post on 2022-8-31 11:26:50

糖糖糖豆9988 发表于 2022-8-31 11:00
谢谢sob老师，再追问您一个问题哈，文献里提到对于ROO自由基异构化反应的过渡态“ The nonplanar ring st ...

过渡态的结构是手性的，导致有两个异构体，等价于过渡态的微观状态数X2，即熵增加一项 R*ln(2）。如果有更多手性中心，用同样办法处理。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-8-31 14:51:41

chands 发表于 2022-8-31 11:26
过渡态的结构是手性的，导致有两个异构体，等价于过渡态的微观状态数X2，即熵增加一项 R*ln(2）。如果有 ...

谢谢您~也就是说微观状态数变为2倍S=Kln2Ω，这里表示为在原来的基础上加上kln2，是这样理解吧？

chands · 发表于 Post on 2022-8-31 14:59:17

糖糖糖豆9988 发表于 2022-8-31 14:51
谢谢您~也就是说微观状态数变为2倍S=Kln2Ω，这里表示为在原来的基础上加上kln2，是这样理解吧？

是。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-8-31 20:34:48

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2022-8-31 20:38 编辑

请教各位老师，文献里提到“ Only hindered rotations with barriers below 12 kcal/mol were considered. The hindered potentials of these modes were fitted to truncated Fourier series expansions.①这是对受阻势垒进行什么处理呢？ Reduced moments of inertia ②这个是什么？为什么要计算这个？for asymmetric internal rotors were calculated at the I(2,3) level based on the equilibrium geometry as defined by East and Radom.

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-8-31 20:55:38

求助各位老师，实在不明白作者的意思，这段是介绍如何计算热力学参数的吗？作者是手动计算吗，利用量化软件是不是就可以替代这些过程？

奶啵啵 · 发表于 Post on 2022-9-1 08:40:31

sobereva 发表于 2022-8-31 10:32
不要用 I=-E(HOMO) A=-E(LUMO)这种近似，特别是后者，极其粗糙
每次我审稿看到有人这么用我都批一下

跟着文章做了一遍http://sobereva.com/484，真的方便快捷，但是伴随着几个问题（MUl直接在这里回帖，不犯规吧)
-在用mul作输出文件的时候,如果我选择的泛函时PBE0,基组是混合基组，那我在第一个空格的时候是不是应该把基组泛函写出来

liuhui1118 · 发表于 Post on 2022-9-1 08:43:04

之前并没有加int=ultrafine，出现了振荡9999报错。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2022-9-1 09:02:53

在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-1 09:30:19

请教各位老师，如何计算反应热呢？只能通过先计算反应物、产物的生成热然后作差吗？谢谢

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-1 09:45:58

请问各位老师有没有做过连个离子最小的可接触距离这样的计算呢？比如说我两个三价铁离子之间的相互作用他两之间的圆心距计算，我可不可以直接用gaussian构建两个三价铁离子默认他两成键然后结构优化，用优化出来的键长来当他们的圆心距？这样可以吗？还有单个离子的半径一般都是怎么求呢？

white-album · 发表于 Post on 2022-9-1 10:23:19

老师们好，想求助下各位老师像我在计算Cl离子被氧化剂氧化成次氯酸的过渡态时需要对Cl和O加弥散函数吗？因为我现在在计算过程中发现根本找不到过渡态（有的找到了虚频的方向也不是化学反应的方向），因此想请问是不是因为Cl离子带负电而我没加弥散函数才会导致我找不到过渡态呢（另外反应前的电荷是一个带2个正电荷的[Co=O(H2O)5]2+与带一个负电的Cl-反应，但反应后只有一个带正电的[CoOH(H2O)5]+和HOCl了我在想会不会跟这个也有关系呢？

chands · 发表于 Post on 2022-9-1 10:26:10

KCM@SHU 发表于 2022-9-1 09:45
请问各位老师有没有做过连个离子最小的可接触距离这样的计算呢？比如说我两个三价铁离子之间的相互作用他两 ...

首先得定义离子半径，比如通过离子晶体的数据定义离子半径 http://bbs.keinsci.com/thread-99-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-1 11:15:53

liuhui1118 发表于 2022-9-1 08:43
之前并没有加int=ultrafine，出现了振荡9999报错。

往上找优化具体出错原因
如果到达了步数上限，拿最后结构继续优化
另外不建议用M06-2X优化，数值噪音大

chands · 发表于 Post on 2022-9-1 11:21:00

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-1 09:30
请教各位老师，如何计算反应热呢？只能通过先计算反应物、产物的生成热然后作差吗？谢谢

这当然是一种方法，更直接的方法是计算各反应物和生成物的焓然后相减。

chands · 发表于 Post on 2022-9-1 18:06:06

本帖最后由 chands 于 2022-9-1 18:12 编辑

糖糖糖豆9988 发表于 2022-8-31 20:55
求助各位老师，实在不明白作者的意思，这段是介绍如何计算热力学参数的吗？作者是手动计算吗，利用量化软件 ...

受阻转子(hindered rotor)模型。通常用量化软件算振动对热力学量的贡献是基于谐振子模型。但是某些低频率分子内转动用受阻转子模型处理更好。不过除非精度要求很高，一般用谐振子模型就可以了。其中一种受阻转子模型是假设该分子内转动可以单独分离出来，然后解如下的一维Schroedinger方程，

其中I是某种转动惯量，V转动势能，注意到角度转一周V要复原，所以V是角度的周期函数，V展开成Fourier级数很自然。文章大概讲的是这个东西。

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无振荡，但是报L9999错误

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