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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-9-26 00:35:48 | 只看该作者 Only view this author
zcdeng 发表于 2022-9-25 09:15
老师,钴胺素大分子(原子>100),在windows下DFT B3LYP/6-31G(d,p),特别耗时。我改成Hartree-fock 6-31G ...

不行。首先HF计算的结果是不能发表的,其次B3LYP只对小体系而言明显比HF慢,对于100原子的体系,B3LYP恐怕比HF顶多慢10%,改成HF丝毫不能把一个算不动的体系变得能算动。
而且计算的泛函和基组也不合理,仔细看http://sobereva.com/272http://sobereva.com/336了解应该选什么泛函和基组。顺便也能解决计算速度的问题,因为这个体系适合纯泛函,用纯泛函的话可以开密度拟合,可以让计算快很多倍
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-9-26 00:37:26 | 只看该作者 Only view this author
ezez 发表于 2022-9-25 04:35
谢谢~
麻烦问下,我给化合物加了氢,这样化合物的电荷数应该是0,对吗?
数未成对电子该如何实现?有 ...

加了氢的分子,电荷未必是0,按照我前一个帖子自己判断。
未成对电子的话,画出最主要的共振式,其中自旋向上的单电子就是alpha单电子,自旋向下的单电子就是beta单电子。至于怎么画最主要的共振式,网上资料很多,自己查
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-26 05:27:50 | 只看该作者 Only view this author
zcdeng 发表于 2022-9-25 16:15
老师,钴胺素大分子(原子>100),在windows下DFT B3LYP/6-31G(d,p),特别耗时。我改成Hartree-fock 6-31G ...

没意义
先用HF再用DFT优化还不如直接用DFT优化省时间,本来HF和普通泛函耗时就在一个数量级,而且HF优化过渡金属配合物很烂
如果初始结构真是特别离谱、值得先用很便宜级别预优化,应当拿xtb在GFN-xTB级别做预优化
这种大小的体系还用Windows版量化程序做DFT的优化是不可思议的事。应当买个正经的做计算的机子拿Linux版跑。如果是Windows的Gaussian,也就跑个几十原子体系还有用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-26 17:25:26 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,向您请教一个TDOS的问题。我是用原子定义的片段,请问吸附了气体后的团簇HOMO附近的最大TDOS峰值比没吸附气体前团簇的要高,这能说明什么问题呢?非常感谢!

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发表于 Post on 2022-9-26 19:32:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-26 00:32
把结构画出来,每个带电的原子的电荷都标出来,数一下几个正号、几个负号,然后减一下就行了。
如果不知 ...

收到,谢谢耐心解答~~

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发表于 Post on 2022-9-26 20:01:22 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,输出文件以“Leave Link  101 ”结尾是什么原因呢?

202209262001204042..png (81.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202209262001204042..png

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发表于 Post on 2022-9-26 20:04:03 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,IRC出现图片1 的突跃是什么原因呢?加上“calcall”后图片2 仍然有突跃,是否说明过渡态找的不对?

202209262001595201..png (88.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

图片 1

图片 1

202209262003173029..png (103.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 06:10:56 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-26 20:04
请教各位老师,IRC出现图片1 的突跃是什么原因呢?加上“calcall”后图片2 仍然有突跃,是否说明过渡态找的 ...

同一个问题别在论坛里两处问

下文说了,正反方向分别跑,都用guess=read
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 06:11:05 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-26 20:01
请教各位老师,输出文件以“Leave Link  101 ”结尾是什么原因呢?

正常提示
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niubaotian85 发表于 2022-9-26 17:25
sob老师,向您请教一个TDOS的问题。我是用原子定义的片段,请问吸附了气体后的团簇HOMO附近的最大TDOS峰值 ...

既然定义片段,那就是PDOS而不是TDOS。TDOS不牵扯定义片段

这什么也不说明,起码在没有更具体、确切的信息的情况下
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发表于 Post on 2022-9-27 07:46:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 06:11
既然定义片段,那就是PDOS而不是TDOS。TDOS不牵扯定义片段

这什么也不说明,起码在没有更具体、确切的 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2022-9-27 08:40:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 06:10
同一个问题别在论坛里两处问

下文说了,正反方向分别跑,都用guess=read

收到老师,谢谢,我下次一定注意。

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发表于 Post on 2022-9-27 08:41:16 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师回复。但是任务断了,不再计算,这也是正常的吗?

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发表于 Post on 2022-9-27 09:00:50 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,在查询双自由基IRC计算问题时看到图片所示的输入文件,请问这里的“guess=mix”是作者重新构造对称破缺态初猜了吗?我计算IRC的时候直接guess=read了过渡态opt+freq的.chk文件,这两种方法都可以吧?

202209270858172407..png (11.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

202209270858172407..png

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发表于 Post on 2022-9-27 09:40:38 | 只看该作者 Only view this author

运行出问题

各位大佬,请教一下这个Orca运行出现“[file orca_mian/run.cpp, line 9893]:Cannot open input file:test.inp"错误,这是为什么,应该怎么解决?已经搞了两周这个软件了,希望得到大家的指点

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