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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-9-27 09:40:53 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,跑IRC利用关键词“rcfc”出现图片里的问题,请问是为什么呢?过渡态计算了频率,下面是输入文件
%oldchk=ts_1.chk
%chk=IRC_ts_1_F.chk
%nprocs=8
#p irc=(rcfc,LQA,maxpoints=100,stepsize=20) forward um062x/6-311g(d,p) guess=read geom=allcheck nosymm

202209270939272243..png (20.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202209270939272243..png

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发表于 Post on 2022-9-27 09:55:35 | 只看该作者 Only view this author
我不清楚cmd是不是大小写敏感,但是你这个例子里的路径,cmd里的路径和文件夹里的路径大小写不一致。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 10:08:55 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-27 09:40
请教老师,跑IRC利用关键词“rcfc”出现图片里的问题,请问是为什么呢?过渡态计算了频率,下面是输入文件
...

reverse写IRC里面
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 10:09:23 | 只看该作者 Only view this author
dengyh 发表于 2022-9-27 09:40
各位大佬,请教一下这个Orca运行出现“[file orca_mian/run.cpp, line 9893]:Cannot open input file:test. ...

你这么运行,test.inp必须放在当前目录下
当前目录是什么在命令行提示符上都写明了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-9-27 10:42:09 | 只看该作者 Only view this author

求助:构建好gjf文件后,递交给Gaussian计算报错

请教大家帮我看看,这个gjf文件有什么问题吗,递交给Gaussian 09 D.01无法正常运行,报错信息在out文件中,也没提示因为什么报错的

WW-S-SN38.gjf

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WW-S-SN38.out

4.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2022-9-27 10:49:20 | 只看该作者 Only view this author
“%chk=C:\Users\006\Desktop\WW-S-SN38\initial structure\WW-S-SN38.chk”应当为%chk=WW-S-SN38.chk
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-27 10:59:51 | 只看该作者 Only view this author
深爱小李 发表于 2022-9-27 10:42
请教大家帮我看看,这个gjf文件有什么问题吗,递交给Gaussian 09 D.01无法正常运行,报错信息在out文件中, ...

Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

32bit Gaussian内存没法给那么大,仔细看上文
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发表于 Post on 2022-9-27 11:09:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-27 10:59
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http://bbs.keinsci.com/thread-10814 ...

噢噢 原来是这样呀 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-9-27 11:10:23 | 只看该作者 Only view this author
alonewolfyang 发表于 2022-9-27 10:49
“%chk=C:%users\006\Desktop\WW-S-SN38\initial structure\WW-S-SN38.chk”应当为%chk=WW-S-SN38.chk

这不是chk文件的保存路径吗,自动生成的,不需要改吧

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发表于 Post on 2022-9-27 14:32:27 | 只看该作者 Only view this author

好的我修改下,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-9-27 14:51:02 | 只看该作者 Only view this author
有个问题想请教一下老师,
我根据老师的这篇文章(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)做了两个分子的构型搜索,
搜索排序完后拿出能量最低的5个构型做了一下高精度单点能(如下图所示);仍然是第一个构型的电子能量最低,我看了一下这五个构型,
只有第一个构型中的一个分子形成了分子内氢键,其余四个构型中的这个分子都没有分子内氢键。
请问老师:
(1)形成分子内氢键是不是第一个构型电子能量最低的原因?
(2)我是不是可以由电子能量确定我的第一个构型就是最稳定构型?然后根据第一个构型算相互作用能和波函数分析等等。
(3)请问老师相互作用能的大小不是我判断稳定构型的依据吧?
谢谢老师。高精度单点能是在M06-2X-D3/ma-TZVP级别下算的。

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发表于 Post on 2022-9-27 15:19:30 | 只看该作者 Only view this author

老师,再打扰您一下。把reverse和forward分别写在irc里重新计算后,发现两个out文件是一样的,您知道这是怎么回事吗?

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发表于 Post on 2022-9-27 15:35:46 | 只看该作者 Only view this author
忘不掉的回忆 发表于 2022-9-27 07:51
有个问题想请教一下老师,
我根据老师的这篇文章(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html)做了两个 ...

(1)很可能是,但是为了完全确定,应该做能量分解分析来确定
(2)如果你只关心能量/自由能,且精度要求不高(比如误差2kcal/mol也可以接受)的话,问题不大;如果对精度要求很高(比如希望误差在1kcal/mol以下),建议做Boltzmann平均;如果要算光谱等,因为能量相差不大的构型的光谱差别可以很大,所以建议对所有构型做Boltzmann平均。
(3)当且仅当计算相互作用能时,计算不同复合物构型所用单体的结构完全一致时可以。因为你考虑了BSSE,所以这样的计算结果会和直接用高精度单点能有一些出入,但我觉得这个出入没有大到让其中一种做法不可信的程度。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-9-27 15:40:34 | 只看该作者 Only view this author
dengyh 发表于 2022-9-27 02:40
各位大佬,请教一下这个Orca运行出现“[file orca_mian/run.cpp, line 9893]:Cannot open input file:test. ...

运行orca时,必须先用cd命令,把cmd的当前所在目录切换到test.inp所在目录,才能调用orca。这是因为orca并不默认输入文件和它自己在同一个文件夹,所以如果你没把cmd的当前所在目录切换到test.inp所在目录,那么orca是找不到test.inp的,即使test.inp就在他“眼皮子底下”也看不见。(即便orca说明书可能没有明确说这一点,但是但凡有cmd常识的,不难看出这一点。orca说明书不能负责教用户cmd常识)
此外不建议让test.inp和orca程序处于同一个文件夹,应该在orca程序目录以外的地方新建一个文件夹用来放输入文件。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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发表于 Post on 2022-9-27 19:01:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-26 00:35
不行。首先HF计算的结果是不能发表的,其次B3LYP只对小体系而言明显比HF慢,对于100原子的体系,B3LYP恐 ...

感谢老师,

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