简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-28 15:31:30

462855 发表于 2022-9-28 02:58
求助为什么一个在MS用Dmol3能够正常计算的团簇，转成mol格式后在GaussView中打开会报错？是因为结构太大了 ...

同一台机子上打开更小分子的mol文件也会报错吗？

RES · 发表于 Post on 2022-9-28 18:55:23

请问各位老师，我按照sob老师http://sobereva.com/439来安装Gaussian16，安装后pbs可以调用Gaussian，但是我直接输入g16却显示没有这个指令“g16: command not found...” 这是什么呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-28 21:58:29

RES 发表于 2022-9-28 11:55
请问各位老师，我按照sob老师http://sobereva.com/439来安装Gaussian16，安装后pbs可以调用Gaussian，但是 ...

PATH变量里添加了高斯所在目录吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-29 04:32:41

RES 发表于 2022-9-28 18:55
请问各位老师，我按照sob老师http://sobereva.com/439来安装Gaussian16，安装后pbs可以调用Gaussian，但是 ...

把439博文里配置Linux环境下Gaussian的每一行命令的含义搞明白，结合Linux基本常识，特别是什么叫“用户主目录下的.bashrc文件”（不懂就Google），根据实际情况检查自然就知道原因

被source的g16.profile文件里本身已经包含了把Gaussian目录加入到PATH环境变量的步骤。不懂什么叫PATH环境变量的话也去Google

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-9-29 08:45:06

本帖最后由护卫天使于 2022-9-29 09:12 编辑

老师好，请问在文章中使用ETS-NOCV方法和CDA方法分析配位键，写文章的COMPUTATIONAL METHOD时，这两种方法涉及到的很多公式，要不要写？是不是加个参考文献就行了？又或者在补充材料再详细写公式说明这个方法？（第一次写文章，有点不懂）

RES · 发表于 Post on 2022-9-29 08:49:29

wzkchem5 发表于 2022-9-28 21:58
PATH变量里添加了高斯所在目录吗

谢谢老师，我明白了

RES · 发表于 Post on 2022-9-29 08:49:43

sobereva 发表于 2022-9-29 04:32
把439博文里配置Linux环境下Gaussian的每一行命令的含义搞明白，结合Linux基本常识，特别是什么叫“用户 ...

谢谢老师，我明白了

462855 · 发表于 Post on 2022-9-29 10:44:48

wzkchem5 发表于 2022-9-28 15:31
同一台机子上打开更小分子的mol文件也会报错吗？

老师，同一台电脑打开小分子是不会报错的，但是这个大分子就不行

giamhgle · 发表于 Post on 2022-9-29 12:27:42

本帖最后由 giamhgle 于 2022-9-29 14:34 编辑

老师们好，我在计算过氧甲酸氧化二苯并噻吩的两步反应能垒。但是计算出来的结果里面氧化亚砜的那一步的能垒要比氧化二苯并噻吩的能垒高得多，这和常识是完全相反的，所有的过渡态我都做了IRC，路径也没问题，不知道老师们能不能帮我找一下错误的地方。谢谢啦
我优化结构用的是M06-2X/6-31G(d,p)，然后再用M06-2X/def2TZVP计算的单点能。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-29 15:39:27

giamhgle 发表于 2022-9-29 05:27
老师们好，我在计算过氧甲酸氧化二苯并噻吩的两步反应能垒。但是计算出来的结果里面氧化亚砜的那一步的能 ...

首先考虑加溶剂模型，因为你所谓的”常识“估计是从溶液相化学里总结出来的，气相里哪一步能垒更高还真不好说。
其次考虑做构象搜索，可能你找到的反应物、过渡态不是最稳定的构象

giamhgle · 发表于 Post on 2022-9-29 16:20:17

wzkchem5 发表于 2022-9-29 15:39
首先考虑加溶剂模型，因为你所谓的”常识“估计是从溶液相化学里总结出来的，气相里哪一步能垒更高还真不 ...

谢谢老师的回复，我之前在我这个方面的文章都没有看到关于溶剂模型的描述。刚刚我再查了一遍文献，确实只有一篇提到了使用SMD溶剂模型，之前是被前面的那些误导了。感谢老师指出，我再去试一下。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-30 08:01:47

护卫天使发表于 2022-9-29 08:45
老师好，请问在文章中使用ETS-NOCV方法和CDA方法分析配位键，写文章的COMPUTATIONAL METHOD时，这两种方法 ...

没必要写公式，读者感兴趣的也不是这些，引用相关文献就行了，读者感兴趣自然就会去看。只要文中说一下这俩方法是干嘛的就行了

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-9-30 18:23:39

各位老师我在计算的时候出现了下面的这种报错，请问这是什么原因的，相应的输入、输出文件我附在下面了，希望各位老师帮忙解答
Defaulting to unpruned grid for atomic number  92.
AlAXAO:  NMat= 102 NPMax= 4 NPMax1= 0 MaxMat=    0 Max3X=F.
33545470 words are not enough for AlAXAO.
Error termination via Lnk1e in D:\gusassian\gaussian09\G09W\l1002.exe at Fri Sep 30 02:23:09 2022.
Job cpu time:    0 days  1 hours  0 minutes 23.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 359 Int=    0 D2E=    0 Chk=    15 Scr=    1

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-30 18:56:19

KCM@SHU 发表于 2022-9-30 11:23
各位老师我在计算的时候出现了下面的这种报错，请问这是什么原因的，相应的输入、输出文件我附在下面了，希 ...

自己在http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html里面搜，一搜就搜到了
以后遇到高斯问题都先在这个帖子里搜，搜不到再来问

KCM@SHU · 发表于 Post on 2022-10-1 10:04:48

各位老师我想问一下我之前在计算的时候碰到了计算内存不够然后我给他加上自定义内存之后他就算不了，他就报2070错就直接结束了，然后我看输出文件也没找到相关错误信息，下面放的是报错的OUT文件
Entering Link 1 = D:\gusassian\gaussian09\G09W\l1.exe PID=    12328.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2013,
         Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
the Gaussian(R) 03 system (copyright 2003, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.

This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.

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and (c) of the Commercial Computer Software - Restricted
Rights clause in FAR 52.227-19.

Gaussian, Inc.
340 Quinnipiac St., Bldg. 40, Wallingford CT 06492


---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------


Cite this work as:
Gaussian 09, Revision D.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
            01-Oct-2022
******************************************
%mem=16GB
%nprocshared=4
Will use up to 4 processors via shared memory.
%chk=C:\Users\sxs\Desktop\MCK\u\U_AO\U_AO1.chk
----------------------------------------------------------------------
# opt freq genecp scrf=(solvent=water) geom=connectivity em=gd3bj int=
ultrafine pbe1pbe
----------------------------------------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=4,38=1,57=2/1,3;
2/9=110,12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=7,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,70=2201,71=1,72=1,74=-13,75=-5,124=41/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=4/3(2);
2/9=110/2;
99//99;
2/9=110/2;
3/5=7,6=1,11=2,16=1,17=8,25=1,30=1,70=2205,71=1,72=1,74=-13,75=-5,82=7,124=41/1,2,3;
4/5=5,16=3,69=1/1;
5/5=2,38=5,53=1/2;
7//1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15,26=4/3(-5);
2/9=110/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1;
99/9=1/99;
但是当我把%%mem=16GB去掉之后他就有可以运行了，但是我不加内存的话肯定是内存算不够的，所以我想问一下各位老师这个是我哪里写错了吗？
下面是输入文件
%mem=16GB
%nprocshared=4
%chk=C:\Users\sxs\Desktop\MCK\u\U_AO\U_AO1.chk
# opt freq genecp scrf=(solvent=water) geom=connectivity em=gd3bj
int=ultrafine pbe1pbe

Title Card Required

-1 1
U                0.00668200 0.00228300 -0.01063200
O                0.01059400 -0.00905500 1.78459300
O                0.00771700 0.01472600 -1.80572000
C                4.43797206 1.53332204 -0.17334405
C                3.86716906 0.15571804 -0.19145805
N                2.58980306 -0.00715396 -0.21271405
N                4.72038806 -0.91861296 -0.24942505
O                2.12568806 -1.28850496 -0.22050105
H                5.04713506 1.69176804 0.72482395
H                5.08529706 1.69623704 -1.04267505
H                3.63295706 2.27084304 -0.18601205
H                4.26037406 -1.78749296 -0.00183505
H                5.62411306 -0.78946896 0.18424195
C                -3.55112434 3.09005269 0.10489358
C                -2.07394069 3.09114638 -0.10037700
N                -1.50718099 2.07711032 -0.65643376
N                -1.35213216 4.20440084 0.25156444
O                -0.15481743 2.12441827 -0.81501339
H                -4.01469302 3.94098964 -0.40734488
H                -3.97990691 2.16395894 -0.28371403
H                -3.79775315 3.17312527 1.17037651
H                -0.35815182 4.01594672 0.31540771
H                -1.72200849 4.74739993 1.01949682
C                -0.55005457 -4.98293815 0.80849530
C                -1.45245157 -3.79540115 0.80891030
N                -0.94951157 -2.61000715 0.77787130
N                -2.81128857 -3.98964715 0.77610530
O                -1.82136657 -1.56267815 0.78897430
H                -0.75270357 -5.62379915 -0.05725770
H                0.49231643 -4.65926015 0.77564130
H                -0.70238857 -5.58933815 1.70956130
H                -3.32409757 -3.15468015 1.03666530
H                -3.14766557 -4.83621215 1.21387230

1 2 1.0 3 1.0
2
3
4 5 1.0 9 1.0 10 1.0 11 1.0
5 6 2.0 7 1.5
6 8 1.0
7 12 1.0 13 1.0
8
9
10
11
12
13
14 15 1.0 19 1.0 20 1.0 21 1.0
15 16 2.0 17 1.5
16 18 1.0
17 22 1.0 23 1.0
18
19
20
21
22
23
24 25 1.0 29 1.0 30 1.0 31 1.0
25 26 2.0 27 1.5
26 28 1.0
27 32 1.0 33 1.0
28
29
30
31
32
33

U 0
SDD
****
C N O H 0
6-31G*
****

U 0
SDD

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