简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-21 22:26:24

qinghai7791 发表于 2022-9-21 22:09
各位老师好！
我通过优化分子构象；TS法找到了过渡态（1个虚频）；再计算IRC，IRC中发现产物符合预想，但 ...

输出文件压缩后再上传

lzh1 · 发表于 Post on 2022-9-22 08:47:52

老师们您们好，我在对氯化铁（FeCl3）结构优化+频率计算时分别用3-21G、6-31G、6-311G基组计算的时候总是不收敛，我想请教一下对有金属原子组成的分子结构计算时，是有特定的计算方法与基组选择吗？

liuhui1118 · 发表于 Post on 2022-9-22 08:50:25

体系中使用了Te和I两种原子的赝势，使用m062x/aug-cc-pvdz进行计算。体系中只有C H N Te I五种元素，赝势部分输入如下：
Te    0
S 8 1.00
2111.1900000             0.0006120
311.6910000             0.0032070
   13.8226000             0.4055120
   8.7174800          -0.9325880
   1.9830300             0.9196570
   0.9703770             0.4046710
   0.2797650             0.0123660
   0.1067760          -0.0016040
S 8 1.00
2111.1900000             0.0002510
311.6910000             0.0014570
   13.8226000             0.1637020
   8.7174800          -0.3984550
   1.9830300             0.5780740
   0.9703770             0.3271240
   0.2797650          -0.7846540
   0.1067760          -0.4994510
S 1 1.00
   0.2797650             1.0000000
S 1 1.00
   0.1067760             1.0000000
S 1 1.00
   0.0369000             1.0000000
P 6 1.00
   17.0629000             0.0893400
   10.8306000          -0.2711680
   2.5938000             0.6620230
   1.1267600             0.4607440
   0.3001760             0.0288090
   0.0975510          -0.0038630
P 6 1.00
   17.0629000          -0.0268610
   10.8306000             0.0863040
   2.5938000          -0.2735020
   1.1267600          -0.1513900
   0.3001760             0.5839760
   0.0975510             0.5650140
P 1 1.00
   0.0975510             1.0000000
P 1 1.00
   0.0299000             1.0000000
D 6 1.00
   50.9106000             0.0033540
   18.4647000          -0.0036420
   4.2761700             0.2780800
   1.8977000             0.5163480
   0.7864800             0.3265710
   0.2638000             0.0451520
D 1 1.00
   0.2638000             1.0000000
D 1 1.00
   0.0988000             1.0000000
****
C H N 0
aug-cc-pvdz
****

TE    0
TE-ECP    4    28
g potential
  1
2    1.0000000             0.0000000
s-g potential
  2
2    16.8144730          281.0458430
2    8.7935260          61.6206560
p-g potential
  4
2    14.8778010          67.4494640
2    14.2697310          134.9043040
2    8.7244350          14.6895470
2    8.2915150          29.4150630
d-g potential
  4
2    15.2050080          35.4320570
2    15.2258480          53.1356870
2    6.0717690             9.0698020
2    5.8047600          13.1223040
f-g potential
  2
2    15.2061680          -15.7454500
2    15.2017020          -20.7424480

I    0
S 6 1.00
   2.449790E+03          4.190000E-04
   3.598080E+02          2.240000E-03
   1.440580E+01          3.972230E-01
   9.076320E+00       -9.322490E-01
   2.088100E+00          9.371380E-01
   1.034980E+00          3.920860E-01
S 6 1.00
   2.449790E+03          1.750000E-04
   3.598080E+02          1.057000E-03
   1.440580E+01          1.690000E-01
   9.076320E+00       -4.217930E-01
   2.088100E+00          6.388640E-01
   1.034980E+00          3.201150E-01
S 1 1.00
   3.162840E-01          1.0000000
S 1 1.00
   1.217190E-01          1.0000000
S 1 1.00
   4.200000E-02          1.0000000
P 5 1.00
   1.953010E+01          5.893400E-02
   1.108820E+01       -2.309300E-01
   2.715630E+00          6.648010E-01
   1.204300E+00          4.506730E-01
   3.399450E-01          2.898000E-02
P 5 1.00
   1.953010E+01       -1.883600E-02
   1.108820E+01          8.000600E-02
   2.715630E+00       -3.066520E-01
   1.204300E+00       -1.475940E-01
   3.399450E-01          6.075060E-01
P 1 1.00
   1.108810E-01          1.0000000
P 1 1.00
   3.380000E-02          1.0000000
D 5 1.00
   4.547650E+01          4.266000E-03
   1.319280E+01       -1.362500E-02
   4.227410E+00          3.097560E-01
   1.942800E+00          5.097720E-01
   8.397710E-01          2.974610E-01
D 1 1.00
   3.000000E-01          1.0000000
D 1 1.00
   1.191000E-01          1.0000000
****
C H N 0
aug-cc-pVDZ
****

I    0
I-ECP    4    28
g-ul potential
  1
2    1.00000000          0.00000000
s-ul potential
  3
2    40.03337600          49.98964900
2    17.30057600          281.00655600
2    8.85172000          61.41673900
p-ul potential
  4
2    15.72014100          67.41623900
2    15.20822200          134.80769600
2    8.29418600          14.56654800
2    7.75394900          28.96842200
d-ul potential
  4
2    13.81775100          35.53875600
2    13.58780500          53.33975900
2    6.94763000          9.71646600
2    6.96009900          14.97750000
f-ul potential
  4
2    18.52295000          -20.17661800
2    18.25103500          -26.08807700
2    7.55790100          -0.22043400
2    7.59740400          -0.22164600

out文件出错如下：

Warning:  center  16 has no basis functions!
There are 257 symmetry adapted cartesian basis functions of A symmetry.
There are 242 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
242 basis functions, 438 primitive gaussians, 257 cartesian basis functions
61 alpha electrons    61 beta electrons
   nuclear repulsion energy    767.0498696123 Hartrees.

Warning!  I  atom 16 has 53 valence electrons but only 0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!

NAtoms= 16 NActive= 16 NUniq= 16 SFac= 1.00D+00 NAtFMM= 60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT= 5671 NPrTT= 25997 LenC2= 5669 LenP2D= 20731.
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 6 Len=  172
NBasis= 242 RedAO= T EigKep=  1.68D-05  NBF= 242
NBsUse= 242 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU= 242
Defaulting to unpruned grid for atomic number  53.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
ExpMin= 2.97D-02 ExpMax= 9.05D+03 ExpMxC= 3.09D+02 IAcc=3 IRadAn=       5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor= 1009 and IRadAn=    5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor= 1009 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=       5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
FoFCou: FMM=F IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=          0
      NFxFlg=          0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
      wScrn=  0.000000 ICntrl=    500 IOpCl=  0 I1Cent= 200000004 NGrid=          0
      NMat0= 1 NMatS0=    1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
Petite list used in FoFCou.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=441092264.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on          energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
Defaulting to unpruned grid for atomic number  52.
EnCoef did    5 forward-backward iterations
EnCoef did    2 forward-backward iterations
>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done:  E(RM062X) =  -689.330380896    A.U. after  129 cycles
         NFock=128  Conv=0.35D-05    -V/T= 2.8727
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /gdata/lun5/hlliu/g09/l502.exe

求教怎么改，才能让体系收敛

chands · 发表于 Post on 2022-9-22 09:02:56

本帖最后由 chands 于 2022-9-22 09:27 编辑

没看懂你的输入文件。格式混乱。怎么
C H N 0
aug-cc-pvdz
****
重复了两次？

你基组赝势交叉写估计Gaussian根本没读进去，所以报错了。

chands · 发表于 Post on 2022-9-22 09:04:04

lzh1 发表于 2022-9-22 08:47
老师们您们好，我在对氯化铁（FeCl3）结构优化+频率计算时分别用3-21G、6-31G、6-311G基组计算的时候总是不 ...

贴上输入输出文件。

qinghai7791 · 发表于 Post on 2022-9-22 10:21:32

本帖最后由 qinghai7791 于 2022-9-23 17:31 编辑

sobereva 发表于 2022-9-21 22:26
输出文件压缩后再上传

各位老师好！
我通过优化分子构象；TS法找到了过渡态（1个虚频）；再计算IRC，IRC中发现产物符合预想，但是反应物感觉出现了问题，具体是羟胺质子化过程中发现质子与苯环成键了，图片中已圈出问题所在。现将过渡态的gjf文件和IRC的gjf上传。请各位老师指正。麻烦各位老师了！！谢谢！
sobereva老师您好！已附上了out文件，麻烦您指正！谢谢！！

lzh1 · 发表于 Post on 2022-9-22 15:18:40

chands 发表于 2022-9-22 09:04
贴上输入输出文件。

老师您好，我的输入文件文件放在附件中了，输出文件放不进附件。我想计算的是1-丁基-3-甲基氯化吡啶与氯化铁反应后生成的铁基离子液体的结构。但是按照我的计算方法，结果总是不收敛，得不到二者反应后的结构。

wanghaoyu · 发表于 Post on 2022-9-22 16:04:55

请问：
什么叫direct SCF？
在ORCA中几何优化默认使用的是direct SCF嘛？
如果想了解这部分知识应该学习哪些理论呢？
谢谢各位老师们！

chands · 发表于 Post on 2022-9-22 16:17:56

本帖最后由 chands 于 2022-9-22 16:19 编辑

lzh1 发表于 2022-9-22 15:18
老师您好，我的输入文件文件放在附件中了，输出文件放不进附件。我想计算的是1-丁基-3-甲基氯化吡啶与氯 ...

首先你的离子液体体系是什么（溶液是什么）？
我不熟悉你的体系，但觉得可能是吡啶阳离子（季铵盐）+FeCl4-结构

还有你的电荷数和自旋多重度是0 2，这有问题，Cl-是弱场配体，Fe3+应当取高自旋，即3d轨道五个未成对电子自旋平行，自旋多重度为6。

泛函和基组不合适。看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择 http://sobereva.com/272
谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336

我觉得孤立的吡啶盐+FeCl3不能反映实际的离子液体，至少也得做个分子团簇，或者用第一性原理软件做个周期性盒子计算。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-22 16:30:08

请教一下各位老师，把过渡态优化结束后的输出文件拖至gaussview后，我看了下在输入文件里路径都为“# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq 6-311g(d,p) m062x”，左上角有的显示17，有的显示15，请问这个数字代表的是优化到收敛的步数吗？

chands · 发表于 Post on 2022-9-22 16:35:43

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-22 16:30
请教一下各位老师，把过渡态优化结束后的输出文件拖至gaussview后，我看了下在输入文件里路径都为“# opt=( ...

你的输出文件里有多少帧，GaussView就能显示多少帧。
如果优化收敛，normal termination, 这个就是优化到收敛的步数（严格说是这个步数-1，因为第一帧是初始结构）。
如果优化不收敛，输出文件里有多少帧就是多少帧。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-9-22 16:41:28

chands 发表于 2022-9-22 16:35
你的输出文件里有多少帧，GaussView就能显示多少帧。
如果优化收敛，normal termination, 这个就是优化 ...

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-23 05:23:44

wanghaoyu 发表于 2022-9-22 16:04
请问：
什么叫direct SCF？
在ORCA中几何优化默认使用的是direct SCF嘛？

看Introduction to Computational Chemistry (3ed,Frank Jensen,2017)

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-23 05:26:32

liuhui1118 发表于 2022-9-22 08:50
体系中使用了Te和I两种原子的赝势，使用m062x/aug-cc-pvdz进行计算。体系中只有C H N Te I五种元素，赝势部 ...

直接上传完整输入文件，别贴内容

提示得很明白
Warning! I atom 16 has 53 valence electrons but only 0 basis functions.
This is less than a minimal basis set!
明显基组/赝势没定义对

好好看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

小李子赛 · 发表于 Post on 2022-9-23 11:38:02

jun-cc-pvtz这个基组应该怎么写呢？一直报错，算单点
%lindaworkers=:1
%nosave
%chk=D:\APP\gauss\WORK\FENZI-LI\DANDIAN\EA-Li-7-CCSDT-EA.chk
#p ccsd(t)/ jun-cc-pvtz nosymm geom=connectivity

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖（旧版，已关帖）

使用高斯计算时，一个体系使用了两种原子的赝势计算出错

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