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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-9-24 19:51:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yucci_1111 于 2022-9-24 20:44 编辑

各位老师好,学生最近在进行过渡态的计算,有个很浅显的问题想要问一下各位老师,即我跑完IRC后得到的曲线,两端的反应物和产物的结构优化时用的基组需要大于跑IRC吗?如我在跑IRC时用的是B3LYP/6-31G(d), 两端结构优化时用的是M062X/6-31G(d),这样可以吗?

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发表于 Post on 2022-9-24 22:05:08 | 只看该作者 Only view this author
yucci_1111 发表于 2022-9-24 19:51
各位老师好,学生最近在进行过渡态的计算,有个很浅显的问题想要问一下各位老师,即我跑完IRC后得到的曲线 ...

既然是跑IRC,那说明已经找到了过渡态,而且过渡态和IRC计算级别肯定是一致的。
两端优化又用不同级别,那怎么跟过渡态作比较呢?

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发表于 Post on 2022-9-24 22:22:38 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2022-9-24 22:05
既然是跑IRC,那说明已经找到了过渡态,而且过渡态和IRC计算级别肯定是一致的。
两端优化又用不同级别, ...

好的谢谢老师,我现在就用回同样的方法再去优化。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-9-24 22:24:53 | 只看该作者 Only view this author
ezez 发表于 2022-9-24 18:17
请问如何判断一个化合物的电子,在写orca的输入文件模板template.inp 时遇到这个问题。看论坛里也有不少讨 ...

电荷数和自旋多重度不是一回事。电荷不为零,自旋多重度也可以为1,例如OH-、Cl-、NH4+、CH3COO-。电荷为零自旋多重度也不一定为1,例如O2基态自旋多重度为3。
闭壳层的意思是电子根据Pauli不相容原理两两配对,要算自旋多重度,就数未成对电子(当然可以数全部电子,数未成对电子是简化计算),看未成对电子有多少个自旋向上(alpha电子)和自旋向下(beta电子),自旋多重度=alpha电子数-beta电子数+1。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 02:20:03 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-24 16:43
文献里提到图片1里红色部分的3个结构是“These three structures are edge-to-edge (EE or “0,0”) confor ...

两边的CH2彼此平行就是EE,彼此垂直就是EF
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 02:21:13 | 只看该作者 Only view this author
woshiblake 发表于 2022-9-24 09:50
8个32GB的,没运行别的程序,设%mem=150GB报错: could not allocate memory

进top看到底空余内存有多少

而且有时候内存没插紧/金手指氧化,还可能实际内存量比实际插的更少
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 02:26:31 | 只看该作者 Only view this author
zcdeng 发表于 2022-9-23 21:51
sobereva老师,您好。我是一名从事微生物驱动的污染物降解的研究生,因为涉及到一些污染降解的难易问题,打 ...

DGDZVP2现在几乎没人用,已经是极度非主流的基组了,完全没必要提它
没有叫def2-ZVP的东西。G09从B.01开始就直接内置了def2系列,更何况所有基于Gaussian函数的基组都可以通过自定义使用,因此不存在“没有”

Hirshfeld电荷最主要适合的是亲核反应的优先位点和活性的预测,注意适用条件,看
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章(http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html

其它方面wzkchem5都很详细地说了。做任何耗时的计算都始终不要干等着,经常看输出文件监控计算状态、估计计算走势,是做计算的人最基本的要求。
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发表于 Post on 2022-9-25 10:37:36 | 只看该作者 Only view this author

做一个分子的几何优化和频率计算,始终报错,求各位大神帮忙解答一下。



这是我的报错信息


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发表于 Post on 2022-9-25 11:35:06 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-24 22:24
电荷数和自旋多重度不是一回事。电荷不为零,自旋多重度也可以为1,例如OH-、Cl-、NH4+、CH3COO-。电荷为 ...

谢谢~
麻烦问下,我给化合物加了氢,这样化合物的电荷数应该是0,对吗?
数未成对电子该如何实现?有比较普适性的方法吗?alpha电子数和beta电子数该怎样获得?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-9-25 11:46:48 | 只看该作者 Only view this author
wlj123321 发表于 2022-9-25 10:37
这是我的报错信息

上传完整输入文件
甚至提问时连关键词都没体现出来

如果用了out=wfn之类的,末尾必须写输出文件路径,此文明确说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html
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发表于 Post on 2022-9-25 16:15:19 | 只看该作者 Only view this author
老师,钴胺素大分子(原子>100),在windows下DFT B3LYP/6-31G(d,p),特别耗时。我改成Hartree-fock 6-31G (d,p),来跑,跑完之后再用DFT B3LYP/6-31G(d,p),计算单点能来获得lumo和homo,这样可以吗?

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发表于 Post on 2022-9-25 16:15:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-9-25 02:20
两边的CH2彼此平行就是EE,彼此垂直就是EF

感谢大佬

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发表于 Post on 2022-9-25 16:33:19 | 只看该作者 Only view this author
ezez 发表于 2022-9-24 11:17
请问如何判断一个化合物的电子,在写orca的输入文件模板template.inp 时遇到这个问题。看论坛里也有不少讨 ...

“如何判断一个化合物的电子”是病句,你要判断的是电子数?还是电荷?还是自旋多重度?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-9-25 23:07:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-9-25 16:33
“如何判断一个化合物的电子”是病句,你要判断的是电子数?还是电荷?还是自旋多重度?

不好意思,没有说清楚。我想问的是,如何判断一个化合物的电荷?

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发表于 Post on 2022-9-26 00:32:41 | 只看该作者 Only view this author
ezez 发表于 2022-9-25 16:07
不好意思,没有说清楚。我想问的是,如何判断一个化合物的电荷?

把结构画出来,每个带电的原子的电荷都标出来,数一下几个正号、几个负号,然后减一下就行了。
如果不知道哪些原子带电,说明你没把这个化合物的结构搞清楚,这就不是计算化学能解决的范畴了。
Zikuan Wang
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